Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,551,422 | T→A | 9.4% | intergenic (‑126/‑214) | gntP ← / → uxuA | fructuronate transporter/D‑mannonate dehydratase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,551,422 | 0 | T | A | 9.4% | 110.7 / 5.2 | 47 | intergenic (‑126/‑214) | gntP/uxuA | fructuronate transporter/D‑mannonate dehydratase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/19); new base A (2/2); total (23/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.95e-01 |
ATGTTAAGCACATGCATAACGTTTTACCTTACCTGGTTGAACCGTTGTTATTTTGGGCGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGCAACGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTC > NC_000913/4551280‑4551561 | aTGTTAAGCACATGCATAACGTTTTACCTTACCTGGTTGAACCGTTGTTATTTTGGGCGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAAt < 2:267651/143‑1 (MQ=255) tGTTAAGCACATGCATAACGTTTTACCTTACCTGGTTGAACCGTTGTTATTTTGGGCGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAAtt > 1:270401/1‑143 (MQ=255) ttAAGCACATGCATAACGTTTTACCTTACCTGGTTGAACCGTTGTTATTTTGGGCGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGCCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAACTTg > 2:514884/1‑143 (MQ=255) tAAGCACATGCATAACGTTTTACCTTACCTGGTTGAACCGTTGTTATTTTGGGCGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTgc < 1:170014/143‑1 (MQ=255) caTGCATCACGTTTTACCTTACCTGGGTGCACCGTTGTTATTTTGGGCGATATGCTATGTAAATTGGGCAACCATTGCTCCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGcaac < 1:136519/143‑1 (MQ=255) caTGCATAACGTTTTACCTTACCTGGTTGAACCGTTGTTATTTTGGGTGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCCATTACCCTTTGCTGCACTTTGCAGccac > 2:56768/1‑143 (MQ=255) caTGCATAACGTTTTACCTTACCTGGTTGAACCGTTGTTATTTTGGGCGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAAATTGCAGcaaa < 1:700386/143‑2 (MQ=255) gCATAACGTTTTACCTTACCTGGTTGAACCGTTGTTATTTTGGGCGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTGGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAAATTGCAGcaaaggg < 1:271392/143‑5 (MQ=255) ttttACCTTACCTGGTTGAACCGTTGTTATTTTGGGCGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATACTCTGATCAATAAGCATCGATTACCCTTTCCTACAATTTGCAGCAACAACAATGagag > 2:418847/1‑143 (MQ=255) ttctaccttacctGGTTGAACCGTTGTTATTTTGGGCGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGagag < 1:468945/140‑1 (MQ=255) cctGGTTGAACCGTTGTTATTTTGGGCGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCtt < 2:552662/143‑1 (MQ=255) ttGAACCGTTGTTATTTTGGGCGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGAt > 2:417855/1‑143 (MQ=255) tgtcccGTTGTTTGTTTGGGCTATATTTTATGTATATTGGTTCAGCACAGTTGTGGTTGAAGTCACATCCTCTGATCAACAACCAGCTTCCATGCTTCGCCGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGAtg < 2:131264/139‑1 (MQ=255) aaCCGTTGTTATTTTGGGCGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCGCAGCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAGTTCTTGTGAtgtg > 1:597243/1‑143 (MQ=255) aaCCGTTGTTATTTTGGGCGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACACACATCAAACTTCACTTCTCGTGAtgtg > 2:600861/1‑143 (MQ=255) aaCCGTTGTTATTTTGGGCGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGAtgtg < 1:651352/143‑1 (MQ=255) ccGTTGTTATTTTGGGCGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGt < 2:148678/143‑1 (MQ=255) ttgttATTTTGGGCGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTaa > 1:508443/1‑143 (MQ=255) ttttGGGCGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTTTGATGTGGTTAACCAAtt > 1:76772/1‑143 (MQ=255) atgtAAATTGGTCAACCATTGTTGCGAGGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGa > 2:706522/1‑143 (MQ=255) tAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGACATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGCGTTGACAt > 2:409266/1‑143 (MQ=255) aTTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTCCCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTc < 1:337731/143‑1 (MQ=255) gTCCACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGAGCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCGTGAACAACCATGAGAGTGACATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTAc < 2:284205/143‑1 (MQ=255) gTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTAc < 1:435763/143‑1 (MQ=255) aaCCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCCATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGACATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATCTCAGACTTCGGGACGACATGTCTGGCCaa > 2:124195/1‑143 (MQ=255) ccATTGTTGCTATGAATTTCCCATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGACATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCaaaa < 2:300419/143‑1 (MQ=255) ttgCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCCTCGATTACCCTTTGCTTCAATTTGCATCAACACCCCTGTGAGTGAAATTCTTGTGATATGGTTAACCAATTTAAGAATTTGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGa > 1:286680/1‑143 (MQ=255) tgCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGaa < 2:174235/143‑1 (MQ=255) gCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAAAGTCAAATGCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAAc < 1:303149/143‑1 (MQ=255) cGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGGATTCGGGTTGACATGTCTTACCAACAGGTGGAACt > 1:758833/1‑143 (MQ=255) gAAGGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTtata < 1:420497/143‑1 (MQ=255) gAACGTCACCTCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAACTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTtata < 1:42321/143‑1 (MQ=255) tGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTACAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAAATCTTGTGATGTGGTTAAACAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAACGGTAGCACTTATACGc > 2:77564/1‑143 (MQ=255) tCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGACAGAACTtattctcta > 1:497823/1‑137 (MQ=255) ctctGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCGCATc > 1:342883/1‑143 (MQ=255) tGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGa < 1:277413/143‑1 (MQ=255) tGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATCTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCTCTCTCATCCGa > 2:513019/1‑143 (MQ=255) gATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGAt < 1:779080/143‑1 (MQ=255) aTCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATg < 1:417855/143‑1 (MQ=255) aTCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACAATGAGAGTCAAATTCTTGTGATGCGGTTAAACAATTCGAGAATTCGGATTGAGATCTCTCACCAAAAGGGAGAACTTATACGACCACGCATCCGacg > 2:282185/1‑141 (MQ=255) tCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGc < 2:769086/143‑1 (MQ=255) aTAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAACTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGCAAc < 1:514514/143‑1 (MQ=255) tCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGCAACGCCACgg > 1:610907/1‑143 (MQ=255) tACCCTGTGCTGCAATTTGCAGCAACACCCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAATCACTTTCAGAATTCGGGCTCACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATTTCATCCGATGCAACGCCACGGCTGCg < 1:479511/143‑1 (MQ=255) cccTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAAGTCGGGTTGACATGTCGTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGCAACGCCCCGGCCGCGGt > 2:182087/1‑143 (MQ=255) gttGCTGCAAATTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGCAACGCCACGGCTGCGGTccg > 2:17191/2‑141 (MQ=255) ttGCTGCAAATTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGCAACGCCACGGCTGCGGTCTgg > 1:78055/1‑143 (MQ=255) tgcAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAAGGAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAGGGTAGAACTTATACGCCATCTAATCCGATGCAACGCCACGGCTGCGGGCTGgttgt > 1:777107/1‑143 (MQ=255) cAAGTTGCAGTAACAACCATGAGAGTGAAATTCGTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACAGGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGCAACGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTc < 2:270401/143‑1 (MQ=255) | ATGTTAAGCACATGCATAACGTTTTACCTTACCTGGTTGAACCGTTGTTATTTTGGGCGATATGTTATGTAAATTGGTCAACCATTGTTGCGATGAATGTCACATCCTCTGATCAATAACCATCGATTACCCTTTGCTGCAATTTGCAGCAACAACCATGAGAGTGAAATTCTTGTGATGTGGTTAACCAATTTCAGAATTCGGGTTGACATGTCTTACCAAAAGGTAGAACTTATACGCCATCTCATCCGATGCAACGCCACGGCTGCGGTCTGGTTGTTC > NC_000913/4551280‑4551561 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |