Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,661,821 | C→G | C104S (TGC→TCC) | iscR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,661,821 | 0 | C | G | 97.7% | 141.2 / NA | 44 | C104S (TGC→TCC) | iscR | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (30/13); minor base T (0/1); total (30/14) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.18e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGG > NC_000913/2661685‑2661951 | gCGTGGCGCTTCGTGAGTATGCTGACGACCAGTCACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTAt < 1:490259/143‑1 (MQ=255) gCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAGCCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTAt < 2:237977/143‑1 (MQ=255) ggCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATcgcc < 1:390536/143‑1 (MQ=255) gcgTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGACACGGCCGCTCAAATCACGCCACACCGCGTGGCCCCGGGATTTATCgccgcc > 2:383019/1‑143 (MQ=255) aGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGACATTAACGAGGTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAgc < 1:931140/143‑1 (MQ=255) acgacCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTGAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAc < 2:210477/143‑1 (MQ=255) gacCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGGTTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAccc > 1:497481/1‑143 (MQ=255) acCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTCAGCCAAAGGGAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGGCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTATCCCt > 1:576306/1‑143 (MQ=255) cAGACGCATCCAGCACTTGCTGGTTATTATCCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTC‑AATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGAc < 2:1104620/143‑1 (MQ=255) cAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTCCCCTGa > 1:158576/1‑143 (MQ=255) cAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGa > 1:955701/1‑143 (MQ=255) acaTCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCCCGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTCCCCCGACAACg > 2:213937/1‑143 (MQ=255) acaTCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACg > 1:1057673/1‑143 (MQ=255) acaTCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCACGGATTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGGCTTTCCCCTGACCACg > 2:667251/1‑143 (MQ=255) acaTCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGCCAGGGCTTTATCGCCGCCCTGGCCGCCGCCTTTACCCCGACCACg > 1:17454/1‑143 (MQ=255) aTCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGCTGTATCGCCGCCCTCGCAGCCGCCTTGACCCTGACAACtgg > 2:474272/1‑143 (MQ=255) cgggCAGTTCCTCGTGATGAACCAGTTCGCCTAGAGTAATGTTGTTGAGAAAGCCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTg < 2:929638/140‑1 (MQ=255) ttCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATcga > 1:619131/1‑141 (MQ=255) gTTATTACTCATTTCGCCGAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGAtt < 1:52182/143‑1 (MQ=255) attaACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGAGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTAAGGGATTTATCGCCGACATGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGt > 2:19757/1‑143 (MQ=255) atcaaCCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGATCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGt < 1:313022/140‑1 (MQ=255) taACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCa > 1:910970/1‑143 (MQ=255) aaCCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCaa > 1:429228/1‑143 (MQ=255) aCCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTCCAGATTCGTCAAc > 1:614806/1‑143 (MQ=255) aCCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAAc > 1:812330/1‑143 (MQ=255) aCCAGTTCGCATAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCATTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCaca > 1:316832/1‑141 (MQ=255) ccTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAAt > 1:168008/1‑143 (MQ=255) ttgttgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTCATTACTTCGCCAAc > 1:147696/1‑143 (MQ=255) ttgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACCGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCGACGGc > 1:421490/1‑143 (MQ=255) ttgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGc > 1:951975/1‑143 (MQ=255) ttgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGc > 1:292585/1‑143 (MQ=255) ttgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCACGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATCCGTCAACGGCGCTAATCACTACGACAAGGGc > 2:1460/1‑143 (MQ=255) gaAAACCGGTGAGACGGTCGCTGAAATCACGCCACAGCGCGTGTGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGAtg < 2:840297/143‑1 (MQ=255) cGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGctgctg > 1:733679/1‑143 (MQ=255) cGGTCCCTCACTGCACGCCACAGCGCGTGGGGCAGGGGTTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCGTTACCCGGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCAAACGTGGATGCTGCTGGCATCttt < 2:982548/143‑1 (MQ=255) cTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCtca > 1:356695/1‑141 (MQ=255) cTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTaa > 1:718771/1‑143 (MQ=255) cTCAAATCACGCCACAGCGCGTGCGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTaa < 2:1043007/143‑1 (MQ=255) tCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACGTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTGTGCGTAAc > 2:70151/1‑143 (MQ=255) aaTCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGACATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTACGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGa > 1:891275/1‑143 (MQ=255) cccGCCACAGCGCGTCGGTCAGGTATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTCCAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATaa < 1:693618/141‑1 (MQ=255) cACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCAGCTTTGCCTAACAggtga > 1:455360/1‑139 (MQ=255) cacaGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAaccacc < 1:649964/143‑1 (MQ=255) gcgTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTgg > 1:1079045/1‑143 (MQ=255) | GCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGG > NC_000913/2661685‑2661951 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |