| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,196,219 | A→C | intergenic (‑120/+113) | thiC ← / ← rsd | phosphomethylpyrimidine synthase/regulator of sigma D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,196,219 | 0 | A | C | 98.6% | 227.3 / NA | 72 | intergenic (‑120/+113) | thiC/rsd | phosphomethylpyrimidine synthase/regulator of sigma D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base C (37/34); minor base G (0/1); total (37/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTCAGTTTTGTTGCAGACATAGCTCATTCCAAAAAGTTAAGGACGTGGCTTGTCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGATCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAATTAGCCCCGCAAATGGGGCATTGAATGTAAATTACGCGTTAACAGCGCAGAACTCAAGCAGGATGTTTGACGCGGGCGGC > NC_000913/4196080‑4196358 | gTCAGTTTTGTTGCAGACATAGCTCATTCCAAAAAGTTAAGGACGTGGCTTGTCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCa < 2:26348/143‑1 (MQ=255)gTCAGTTTTGTTGCAGACATAGCTCATTCCAAAAAGTTAAGGACGTGGCTTGTCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCa < 1:77369/143‑1 (MQ=255) cAGTTTTGTTGCAGACACAGCTCATCCCAAAAAGTTAAGGCCGTGGCTTGTCAGACGACGGATGCAGCAAGTGATTTTCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAgg < 1:209909/143‑1 (MQ=255) aGTTTTGTTGCAGACATAGCTCATTCCAAAAAGTTAAGGACGTGGCTTGTCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAgtg > 2:957966/1‑141 (MQ=255) cctaCATAGATCATGCCAAGTAGTTATGGACGTGGGTTGCCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCCGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATc < 2:783358/140‑1 (MQ=255) aCATAGCTCATTCCAAAAAGTTAAGGACGTGGCTTGTCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCg > 1:113298/1‑143 (MQ=255) aCATAGCTCATTCCAAAAAGTTAAGGACGTGGCTTGTCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTAAGGTTCCGCGGATCCCg < 2:513905/143‑1 (MQ=255) aCATACCTCACTCCAAAAAGTTAACGACGTGGCTTGTCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCCCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCg < 1:289939/143‑1 (MQ=255) aTAGCTCATTCCAAAATGTTAAGGCCGTGGCTTGGCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGTTAGCAGATGAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGaa < 2:1087343/143‑1 (MQ=255) aTAGCTCATTCCAAAAAGTTAAGGACGTGGCTTGTCAGACGATGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGaa < 1:852589/143‑1 (MQ=255) tAGCTCATTCCAAAAAGTTAAGGACGTGGCTTGTCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAAt > 1:633199/1‑143 (MQ=255) aGCTCATTCCAAAAAGTTAAGGACGTGGCTTGTCCGCCGCCCGACGAAGCAAAAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATGAGCCTGCTCGGGTTCCGCGGATccccacta > 2:612534/1‑138 (MQ=255) aGCTCATTCCAAAAAGTTAAGGACGTGGCTTGTCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATAGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATa < 1:570688/143‑1 (MQ=255) ctaaTTCCAAGAAGGTAAGGACGGGGCTTGTCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGGTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATaaa < 2:519369/140‑1 (MQ=255) cATTCCAAAAAGTTAAGGACGTGGCTTGTCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACg < 1:497079/143‑1 (MQ=255) 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1:235985/1‑143 (MQ=255) aaGGACGTGGCTTGTCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCCCAGCCAGTTa > 2:157052/1‑143 (MQ=255) aGGACGTGGCTTGTCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTaa > 1:69376/1‑143 (MQ=255) ggcGTGGCGTGTCAGGCGAGGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAgg < 2:936082/141‑1 (MQ=255) gACGTGGCTTGTCAGACGACGAATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATGAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTAAGGTTACGCGGATACCGAATAAACGGTCTGAGCCAGTGAAgg > 2:310586/1‑143 (MQ=255) gACGTGGCGAGTCAGACGACGGATGACGCAACACCAACTCTTTGTACGGCGGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAgg < 1:810414/143‑1 (MQ=255) cGTGGCTTGTCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCa < 2:341858/143‑1 (MQ=255) ggCTTGTGAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTc < 2:953726/143‑1 (MQ=255) ggCTTGTCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTc < 2:955679/143‑1 (MQ=255) gCTTGTCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCGGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCCGGTAAGGCACTcc > 1:633379/1‑143 (MQ=255) gCTTGTCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTCAGGCACTca > 1:335014/1‑142 (MQ=255) gCTTGTCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTcc > 1:522536/1‑143 (MQ=255) ttGTCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAGCGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACCCCgc > 2:421506/1‑142 (MQ=255) tGTCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGAc < 2:69376/143‑1 (MQ=255) gTCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCCCAGCCAGTTAACGCACCCCGACa > 2:1078515/1‑143 (MQ=255) aGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGa > 1:1008932/1‑143 (MQ=255) acgacgGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGtt < 1:95543/124‑1 (MQ=255) acgacgGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGtt > 2:95543/1‑124 (MQ=255) cgacgGATGGCGCAAGTGCCGCTCGCCGCAGGTGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCCTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAAt < 2:896908/143‑1 (MQ=255) gacgGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAAtt > 1:961099/1‑143 (MQ=255) gggATGAAGCAATAGACGATCGTCGATAGGGCGATGCGCTGGCAGATTGTCTGTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCGGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAATTAg < 2:664129/142‑1 (MQ=255) aGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTTAATATTGATTTATCCCCATTTGTTGGCCCCCACAGACTCCGCGGATCCCGAGTAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAATTAGCCCCGCa < 2:1090715/143‑1 (MQ=255) aGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGGATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACCAGAAATTCGCCCCGcc > 2:152406/1‑142 (MQ=255) 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1:1089074/143‑1 (MQ=255) cgcAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAATTAGCCCCGCAAATGGGGCATTGAATg > 1:168227/1‑143 (MQ=255) gatgcgatAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAATTAGCCCCGCAAATGGGGCATTGAATGTAAATTAcg < 1:465519/143‑1 (MQ=255) atgcgatAGCAGCTTAACTCTTGTCCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAATTAGCCCCGCAAATGGGGCATTGAATGTAAATTAcgc < 2:931366/143‑1 (MQ=255) gcgatAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAATTAGCCCCGCAAATGGGGCATTGAATGTAAATTACGCGt < 1:200219/143‑1 (MQ=255) gcgatAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAATTAGCCCCGCAAATGGGGCATTGAATGTAAATTACGCGt < 1:200245/143‑1 (MQ=255) tAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAATTAGCCCCGCACATGGGGCATTGAATGTAAATTACGCGTTAAc > 1:41069/1‑143 (MQ=255) aGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAAGAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAATTAGCCCCGCAAATGGGGCATTGAATGTAAATTACGCGTTAACa < 2:28626/143‑1 (MQ=255) cAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAATTAGCCCCGCAAATGGGGCATTGAATGTAAATTACGCGTTAACAgc > 1:672089/1‑143 (MQ=255) cAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAATGAGCCCCGCAAATGGGGCAGTGAATGTAAATTACGCGTTAACAgc > 2:596486/1‑143 (MQ=255) cAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGACCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAATTAGCCCCGCAAATGGGGCATTGAATGTAAATTACGCGTTAACAgc < 2:809049/143‑1 (MQ=255) acctgttGCTCCCTCCGCAGGTATTAGCGTGCTGAGGTTCGGGGGGTCCAGAATAAACGGTCTCAGCGAGTTAAGGCACTCGGACAAGAAATTAGCCCCGCAAATGGGGCATTGAATGTAAATTACGCGTTAACAGCGCAGaa < 1:386655/138‑1 (MQ=255) aaCTCTTGTTCCCTTCGCAGGCATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAATTAGCCCCGCAACTGGGGCGTCGTATGTAAATTACGCGTTAACAGCGCAGaa > 2:228944/1‑143 (MQ=255) ctctTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAATTAGCCCCGCAAATGGAGCATTGAATGTAAATTACGCATTAACAGAGCAGAACt > 1:280042/1‑143 (MQ=255) tctTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAATTAGCCCCGCAAATGGGGCATTGAATGTAAATTACGCGTTAACAGCGCAGAACTc > 1:1114255/1‑143 (MQ=255) ttCCCTTCGCAGGTCTTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAATTAGCCCCGCCAATGGGGCATTGAGTGTAAATTACGCGTTCACCACGCAGAAGTCAAGCa > 1:1071288/1‑143 (MQ=255) ttCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGAGAAGAAATTAGCCCCGCAACTGGGGCATGGAATGTAAATTACGGGTTAACAGCGCAGAACTCAAGCa > 1:346939/1‑143 (MQ=255) tCCCTTCGCATGTATGAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGAGCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAAGTAGCCCCGCAAATGGGGCATTGAATGTAAATTACGCGTTAACAGCGCAGAACTCAAGCAg < 1:200335/143‑1 (MQ=255) tCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAATTAGCCCCGCAAATGGGGCATTGAATGTAAATTACGCGTTAACAGCGCAGAACTCAAGCAg > 2:143900/1‑143 (MQ=255) cccTTCGCAGGTATTAGCCTGCTCAGGTGCCGCGGATCCCGAATAAACGGGCTCAGTCAGTTAAGGCACCCCGACAAGAAATTAGCCCCGCAAATGGGGCATTGAATGTAAATTACGCGTTAACAGCGCAGAACTCAAGCAgg < 1:745018/143‑1 (MQ=255) aGGTATTAGCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAATTAGCCCCGCAAATGGGGCCTTGAATGTAAATTACGCGTTAACAGCGCAGAACTCACGCAGGATGTTTGa > 1:915794/1‑143 (MQ=255) tATTAGCCTTCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAATTAGCCCCGCAAATGGGGCATTGAATGTAAATTACGCGTTAACAGCGCAGAACTCAAGCAGGATGTTTGAcgc < 1:801148/143‑1 (MQ=255) gCCTGCTCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTCAAGGCACTCCGACAAGAAATTAGCCCCGCAAATGGGGCATGGCATGTAAATTCCGCGTTACCAGCGCAGAACCCCAACATGATGTTTCAcgagtccg > 2:270102/1‑137 (MQ=255) cTGCTCAGGTTCCGCAGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAATTAGCCCCGCAAATGGGGCATTGAATGTAAATTACGCGTTAACAGCGCAGAACTCAAGCAGGATGTTTGACGCGggcggc < 1:889437/143‑1 (MQ=255) | GTCAGTTTTGTTGCAGACATAGCTCATTCCAAAAAGTTAAGGACGTGGCTTGTCAGACGACGGATGAAGCAAGAGACGATCGCCGCAGGGGCGATGCGATAGCAGATTAACTCTTGTTCCCTTCGCAGGTATTAGCCTGATCAGGTTCCGCGGATCCCGAATAAACGGTCTCAGCCAGTTAAGGCACTCCGACAAGAAATTAGCCCCGCAAATGGGGCATTGAATGTAAATTACGCGTTAACAGCGCAGAACTCAAGCAGGATGTTTGACGCGGGCGGC > NC_000913/4196080‑4196358 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |