| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,666,468 | A→T | 14.2% | Q385L (CAG→CTG) | clcB → | putative chloride:H(+) antiporter ClcB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,666,468 | 0 | A | T | 14.2% | 83.2 / 7.4 | 35 | Q385L (CAG→CTG) | clcB | putative chloride:H(+) antiporter ClcB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/17); new base T (3/2); total (16/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.88e-01 | |||||||||||
ATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCAGTTCACGCTGTTCGGCGCGC > NC_000913/1666337‑1666608 | aTTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTCTGTGCTTCTCCCCg < 1:250911/143‑1 (MQ=255) aTGGTTCCCTGATGGCCAAGAAATTACACTTTTCCTCGGATCGACCGGGACGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGtt < 1:46834/143‑1 (MQ=255) cccTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTAGCTGATACTCCCCGGtcatttca < 1:162619/143‑8 (MQ=39) ccTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTattgat > 1:6503/1‑143 (MQ=255) ccTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTattgat > 1:6499/1‑143 (MQ=255) cTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTattgatt < 2:98180/143‑1 (MQ=255) tGATGGCGGAGATATTACACTTTCACTCCGCTTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTattgattg < 2:428062/143‑1 (MQ=255) tGGCGAAGTATTTACTTTTTTACTCGGAGTTACCGGTATGTCTTCATTGTTGGCGGTGACCACGCACGCGTCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGTCCGGGGAGTATCAGCTTCTCCCCGGTTTATTGATTGCCt < 2:337860/143‑1 (MQ=255) aaaTCACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAAtt < 1:487069/143‑1 (MQ=255) aaaCTACACTTTTCCGCGGCTGGAACGGGACAGCGACACTGTGGGCGGCGACCACGCACGGGTCGATTATGTCGACGTTCATGATATGTGAAATGACCGGTGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAAtt < 2:465203/143‑1 (MQ=255) tCGGATGGACCGGGATGGCAACACTGTTGGCGGCGACCGTGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTcg < 2:133929/143‑1 (MQ=255) ggATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTcgcg < 1:284680/143‑1 (MQ=255) actGACCGGGATGTCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGa < 1:70888/141‑1 (MQ=255) aTTGGCCGGGACGGCGACACTGTTGGCGGCGCCCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGa < 1:160372/143‑1 (MQ=255) ggATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTacac > 1:179503/1‑143 (MQ=255) ggCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCAGGGTGGGTGTGTTTCGTCGGTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTGCGCGGACGGTACGCCGTg > 1:539742/1‑143 (MQ=255) gCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCCCGCGCCGATTATGTCGACGTTGCNGATATGTGAAATTACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCTTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACCCCGTGa < 1:271334/143‑1 (MQ=255) cGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGCCCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAAATGCGTCCGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGAc > 1:98328/1‑143 (MQ=255) gcgACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACGGTGACTCTATCTACCGCCa > 1:71784/1‑143 (MQ=255) cacgcacgCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGGCTCTATCTCCCGCCCGccca > 2:442577/1‑143 (MQ=255) ccGTTTATGTCGACGTTGATGCTATGTGAGATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCgcagca < 2:277933/143‑1 (MQ=255) tCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGc < 2:6503/143‑1 (MQ=255) tCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGc < 2:6499/143‑1 (MQ=255) cGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCCGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCg > 1:492920/1‑143 (MQ=255) tgatgaTATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCGGCATAGCTAAGCGGATGTa > 1:350354/1‑143 (MQ=255) atgatATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATTTTCCGCTATCGCACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTAtt > 1:364565/1‑143 (MQ=255) gatAGGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTCCTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTCCCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGc < 1:459608/143‑1 (MQ=255) atatGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGcc < 1:11536/143‑1 (MQ=255) gtgAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCAg > 1:201308/1‑143 (MQ=255) ataaaCCGGGGAGTAGCTGATACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGGCTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCAGTTCa > 1:95012/5‑143 (MQ=255) tgcccGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGTTTTGTTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGTTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCAGTTCACg < 2:69821/140‑1 (MQ=255) ctggggAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGAGGATGTATGGCCACAGTTCACGCTg > 1:428450/3‑143 (MQ=255) ccGGGGAGTAGCTGATACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGGCCGAGTTCACGCTg > 1:46286/1‑143 (MQ=255) cGGGGAGTAGCTGATACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCGACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCAAAGCGGATGTAATACCCCCGTTCGCGCTGt > 2:134919/1‑143 (MQ=255) tCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGGGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCAGTTCACGCTGTTCGgcgcgc > 1:536174/1‑143 (MQ=255) | ATTATGGTTCCCTGATGGCGAAGAAATTACACTTTTACTCGGATTGACCGGGATGGCGACACTGTTGGCGGCGACCACGCACGCGCCGATTATGTCGACGTTGATGATATGTGAAATGACCGGGGAGTATCAGCTACTCCCCGGTTTATTGATTGCCTGCGTAATTGCGTCGGTAATTTCGCGGACGTTACACCGTGACTCTATCTACCGCCAGCACACTGCGCAGCATAGCTAAGCGGATGTATTGCCCCAGTTCACGCTGTTCGGCGCGC > NC_000913/1666337‑1666608 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |