| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,716,030 | T→G | 16.0% | intergenic (+20/+36) | eamB → / ← grcA | cysteine/O‑acetylserine exporter EamB/stress‑induced alternate pyruvate formate‑lyase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,716,030 | 0 | T | G | 16.0% | 52.3 / 3.7 | 34 | intergenic (+20/+36) | eamB/grcA | cysteine/O‑acetylserine exporter EamB/stress‑induced alternate pyruvate formate‑lyase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/13); new base G (3/3); total (17/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.97e-01 | |||||||||||
CAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGA > NC_000913/2715890‑2716171 | cAATGTGTGTGGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCGGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCg < 1:539604/143‑1 (MQ=255) gtgggCGGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTCGCGCCAGTATGGTCGCCAGTGAAATATCGTGCGTGCCCTGTTGCTGGTCGATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCct < 2:339095/143‑1 (MQ=255) ctcTGGGTGCTGGCGCTGCACTTGTTTCAGCGATTGGTTCGCCAGTATGGCCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTCCGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCtt < 1:515496/141‑1 (MQ=255) gCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTc > 1:538265/1‑143 (MQ=255) cTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGGCGACCTCTTcc < 1:2566/143‑1 (MQ=255) ggCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCt < 1:212085/143‑1 (MQ=255) tGGCGGGGCATCTGTTTCTGCTGTTTTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGGCGACCTCTTCCGCtttttt < 2:1975/143‑5 (MQ=255) gggCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTg > 1:143554/1‑143 (MQ=255) aTCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTAc > 1:157328/1‑143 (MQ=255) tGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAGAAAGCGGAAGAGGGCGCCCTCTTCCGGTTAGTAACTTGCTACTTa > 1:53374/1‑143 (MQ=255) tttCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGTCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAATGGTGATGAGTGTGACAGGCTGCCCTCTTCCGCTTAGTAAATTGCTACtcagg > 2:236775/1‑139 (MQ=255) tttCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAg > 1:42085/1‑143 (MQ=255) gCGATTGGGTCGCTAGGATGGGCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTGTTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGCAGCGGACGCCGTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTa < 1:512088/143‑1 (MQ=255) ttttCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAATTTTCGTGCTTGCCCTGTTGCCGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCt < 1:152770/142‑1 (MQ=255) gCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCCATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTccg > 2:199619/1‑141 (MQ=255) 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1:307905/1‑143 (MQ=255) tGTTGCTGGTCTATTGACCGGTACCTATTTTCTATTAACGTAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCg < 2:348642/143‑1 (MQ=255) ttGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGGCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTAAAACAAATATAAAAAAGTTACGAGCGATAACGTCCCGCTGCTGTTCCGGa > 2:521583/1‑143 (MQ=255) cgcgGCACGCATTTTCTAGTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCGCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCCTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTaaa < 2:282683/143‑1 (MQ=255) tACGCATTTTCGATTGACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGaa < 2:194143/143‑1 (MQ=255) taTTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGCAAGATGGCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGc < 2:157085/142‑1 (MQ=255) tATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCg < 2:419448/143‑1 (MQ=255) tATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCCTTCAGTAAAGGTACGACCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGACAGTTAAAGCGAACTGCATAACCg > 2:143140/1‑143 (MQ=255) gAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGATTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGATTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTAGCGCTCATGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACGGGATacaa > 2:182564/1‑142 (MQ=255) aaaaaaaGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACg < 2:137710/143‑1 (MQ=255) aaaaaGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACggc > 2:525241/1‑142 (MQ=255) gCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTc < 1:286005/143‑1 (MQ=255) cGGAAGAGGGCGACCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGCTGGTCa > 2:420088/1‑143 (MQ=255) gTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACAGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGa > 1:495718/1‑143 (MQ=255) | CAATGTGTGCTGGGCGCTGGCGGGGCATCTGTTTCAGCGATTGTTTCGCCAGTATGGTCGCCAGTTAAATATCGTGCTTGCCCTGTTGCTGGTCTATTGCGCGGTACGCATTTTCTATTAACGAAAAAAAGCGGAAGAGGTCGCCCTCTTCCGCTTAGTAACTTGCTACTTAAGCCTTACAGGCTTTCAGTAAAGGTACGAGCGATAACGTCGCGCTGCTGTTCCGGAGTCAGAGAGTTAAAGCGAACTGCATAACCGGATACACGGATGGTCAGCTGCGGA > NC_000913/2715890‑2716171 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |