Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,184,543 | C→A | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB → | RNA polymerase subunit beta |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,184,543 | 0 | C | A | 98.2% | 174.7 / NA | 57 | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB | RNA polymerase subunit beta |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (34/22); minor base G (0/1); total (34/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.04e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCA > NC_000913/4184410‑4184681 | gTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGt < 2:1236758/143‑1 (MQ=255) aaaCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAAATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCATTACGATGAAAACGATACGCCGGTAGACATCGTAATGAAACAGATGGGAGTAcc > 2:387032/1‑143 (MQ=255) aCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTAACGATACCACCTTCGTTATTACTAGCGTGCCAACGCGA‑CG‑ACAGATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGGTGGGCGTACCGt > 1:906698/1‑143 (MQ=255) tcGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGCACCAGCTGGGCGTACCGtctc > 2:369545/2‑143 (MQ=255) cGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCg > 1:223056/1‑143 (MQ=255) tATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGCGCGTACCGTCTCGTa > 1:739390/1‑143 (MQ=255) aTCCAGCCTGGCGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTACGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTTTCGTAt < 1:349032/143‑1 (MQ=255) tCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATg > 1:148694/1‑143 (MQ=255) cAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGaa < 1:372084/143‑1 (MQ=255) agacTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTGATTTCTAAGAT‑‑CAAACCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGAAATCGTAGTGAACCAGCTGGGCGTGACGTCGCGTATGAAc > 2:374983/4‑143 (MQ=255) aGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATCTGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGCGTCGTATGAAc > 2:401837/1‑143 (MQ=255) aGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAc > 1:993099/1‑143 (MQ=255) cTGGTGACAAGATGACAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATc > 1:363640/1‑143 (MQ=255) tGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACCTCg > 1:1000252/1‑143 (MQ=255) aaGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGAACCACCGCGTACGAACATCGGTCCGAt > 2:485152/1‑143 (MQ=255) tgtcacgtcgtcCCTGTAACAATTGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTc < 2:980219/137‑1 (MQ=255) ggCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCg > 2:1090944/1‑143 (MQ=255) tcAGGTCGTCACGGTAACAAGGGGGTAATTTCGAAGAG‑‑CAACACGATCGAAGAGATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCGGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGa < 1:65196/142‑1 (MQ=255) gCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGa < 1:718369/143‑1 (MQ=255) 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tAATTTCTAAGAT‑‑GAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAGACGGTACGCCTGTAGACATCGTGCTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGCTCAGCTACTCGATGCCCACCTGGGTATGGCTGAGaac > 2:619163/1‑142 (MQ=255) tAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGCTCCTCGAAACCCACCTGGGTGCGGCTCCGcaa > 2:475114/1‑143 (MQ=255) tAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa > 1:526629/1‑143 (MQ=255) tAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa > 1:1136529/1‑143 (MQ=255) aaTTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAg < 1:416440/143‑1 (MQ=255) aaTTTCTAAGAG‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCATATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAg < 1:99075/143‑1 (MQ=255) aaTTTCGAAAGT‑‑GAACCTGAGCGAAGATATGCCTTAGGATGAGAGCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCCCCTGGGTATGGCTGCGAAAg < 2:756357/143‑1 (MQ=255) tttCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGt < 1:724711/143‑1 (MQ=255) tttCTAAGAC‑‑CACCCCGTTGGTCTATTTGCCTTACCCTGAAAACGGTCCGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACCTCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGt < 2:1130178/143‑1 (MQ=255) tAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCg > 1:780615/1‑143 (MQ=255) 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2:673544/1‑143 (MQ=255) cccGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGCAGACACCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGa < 1:1032721/143‑1 (MQ=255) aTCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCaa < 1:920577/143‑1 (MQ=255) gAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTACCGGCGACACGAGCAACgg > 1:430630/1‑142 (MQ=255) aaGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACAAGATGGGTGTACGGGCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGcc > 1:231187/1‑143 (MQ=255) atGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACCTCGGTCAGATCCTCGAAGCCCACCTGGGTAGGGCTGCGCACGGTATCGGCGACAAGGTCAACGccgggca > 1:58874/1‑138 (MQ=255) ccTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGag > 1:227213/1‑142 (MQ=255) acgacgAAAACGGTCCGCCGGTAGACAGCGTACTTAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcag < 1:578756/143‑1 (MQ=255) aaaaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCaa < 1:1090944/143‑1 (MQ=255) aaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCaaga > 2:522988/1‑143 (MQ=255) gTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAACTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCCGGATATGCCCGCGAACGGTATCCGCGACACGACCACCCCCCTGCTGCAACAgcaccacccacgc > 2:841184/1‑136 (MQ=255) aTCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGa > 2:667769/1‑143 (MQ=255) tCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTTGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGACGTCACGAAACTCCGCGac > 2:1061100/1‑142 (MQ=255) tCGCACTGCACCAGCTTGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGaa < 1:10938/143‑1 (MQ=255) tGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATACATc > 1:612947/1‑143 (MQ=255) aaCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCa > 1:868786/1‑143 (MQ=255) aaCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCa > 1:531410/1‑143 (MQ=255) aaCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAAATCATCCa > 1:510498/1‑143 (MQ=255) | GTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGAT‑‑CAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCA > NC_000913/4184410‑4184681 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |