Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,184,543 | C→A | 100% | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB → | RNA polymerase subunit beta |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,184,543 | 0 | C | A | 100.0% | 124.8 / NA | 40 | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB | RNA polymerase subunit beta |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (19/21); total (19/21) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
AAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTA‑AGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCA > NC_000913/4184413‑4184677 | aaaCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAAATAGGGCGTAATGCCGACCAACCAATTTTAATG‑ACATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTAcc > 1:401292/1‑143 (MQ=255) ccggacccAGCCGGGTGACAAGATGGTAGGTCGTCACGGTAACGAGGGTGTAATTTCTA‑AGATCTACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGtctc < 2:442153/137‑1 (MQ=255) ccGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTA‑AGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGACCCAGCTGGGCGTACCGtctc > 2:340273/1‑143 (MQ=255) aTCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTA‑AGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGATATTCTAGGTTAGTTTGTACTGCACCATCTGCGCGTACCGTCTCGTAt > 1:396216/1‑143 (MQ=255) tCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTA‑AGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATg < 2:33896/143‑1 (MQ=255) acaaggcTGGTGACAAGATCGCGGGTCGGCACGGTAACAAGGGTGTAAGTTCTA‑AGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGACAACGGTACGCCGGTAGACATCCTACTGAACCAGCCGGGCGTACCGTCTCGTATg < 2:543743/137‑1 (MQ=255) ccAGCCTGCTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTA‑AGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGa < 1:311381/143‑1 (MQ=255) ccTGTTGACAAGATTGCAGGTCGTCTCGGTGACAAGCGTGTAATTTCTA‑AGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTGACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACAt < 1:67684/143‑1 (MQ=255) ggTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTA‑AGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCgg > 1:31822/1‑143 (MQ=255) aCAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTA‑AGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGGACTGAACCAGCTGGGCGTAGCGTGTCGTATGAACATCGGTGAg > 1:216446/1‑143 (MQ=255) aaGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTA‑AGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGAt > 1:108977/1‑143 (MQ=255) agagGGCAGGCCGTCACGGTAACAGGGGTGTAATTTCCA‑AGACCACCCCCATCGAATATATGCCTTACGATGCAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATc < 1:310897/143‑1 (MQ=255) aGATCGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGGAATTTCTA‑AGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGATATCGTACTGAACCAGCTGCGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATc < 2:286315/143‑1 (MQ=255) aTGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTA‑AGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAGCCGGTACGCAGATAGTCTTGGTATTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCt < 2:388806/143‑1 (MQ=255) ggTCGGCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTA‑AGAAGAGTGCGATCGAAGCTATGCCTTACGATGAAAACGGTACTCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAAc < 2:112155/143‑1 (MQ=255) gtcACGGTAACAAGGGGTTAATTTCTA‑AGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAATGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCAc < 2:69243/143‑1 (MQ=255) cACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTA‑AGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCt < 1:428759/143‑1 (MQ=255) aaGGGTGTAATTTCTA‑AGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGc < 1:473048/143‑1 (MQ=255) gggTGTAATTTCTA‑AGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGGCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTg > 1:272620/1‑143 (MQ=255) aaTTTCTA‑AGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTGGTATGAACATCGGTCAGATGCTCGAAACCGACGGGGGGATGGCCGCGAAAg > 1:29349/1‑143 (MQ=255) tA‑AGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCg > 1:171815/1‑143 (MQ=255) aTCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGACACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCgc > 1:547716/1‑142 (MQ=255) aTCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCCGGGTGCGTCTGCGAATGGTATCGGCGa > 2:212758/1‑143 (MQ=255) tCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGAGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGAc < 1:79193/143‑1 (MQ=255) aaCCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACaa > 1:102806/1‑143 (MQ=255) cccGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGACAGGTATCGGCGACACGa > 1:153200/1‑143 (MQ=255) tCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAAc > 1:153802/1‑143 (MQ=255) gAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGACTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTCTGGCTGCGAACGGTATCGGCGCCCAGAGCAACga > 2:153085/1‑142 (MQ=255) aaGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACACACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACGAGATCAACGcc > 1:359957/1‑143 (MQ=255) aaGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGGCTCGTATGCACATCGGTCAGATCCGCGAAACCCACCTGGGAATGGCTGCGAAAGGAATCGGAGACAAGACCCACGcc > 2:55967/1‑143 (MQ=255) cTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTAAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGaaa < 2:445520/143‑1 (MQ=255) ttACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGaacc > 2:400693/1‑141 (MQ=255) gATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagca < 2:31822/143‑1 (MQ=255) gATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagca < 1:169902/143‑1 (MQ=255) aaaaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCaa < 1:83775/143‑1 (MQ=255) gtctgCCGGTAGCCCTCGTACTGAACCAGCTTGCCGTACTGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGTTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTc < 2:225132/139‑1 (MQ=255) gACAGCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCGCCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTgcg < 2:401292/143‑1 (MQ=255) tggTACTGGACCAGCTGGGCCTACCGTCTCGTATGTACATCGCTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGaa < 2:142984/141‑1 (MQ=255) tcttACTGTACCAGCCAGGCGTACCGTCTCAAGTTTAGATCGGTCAGAGCCTCGAAACCCACATGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGaa < 2:357104/140‑1 (MQ=255) aCTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCa > 1:474748/1‑143 (MQ=255) | AAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTA‑AGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCA > NC_000913/4184413‑4184677 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |