| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 1,979,486 | IS5 (+) +4 bp | intergenic (‑271/‑264) | insA‑5 ← / → uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1979486 = | 0 (0.000) | 56 (1.250) | 40/282 | 0.1 | 100% | intergenic (‑271/‑267) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
| ? | NC_000913 | 2101749 = | NA (NA) | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 1979489 | 0 (0.000) | 50 (1.110) | 44/282 | 0.0 | 100% | intergenic (‑274/‑264) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
| ? | NC_000913 | = 2290113 | NA (NA) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
CTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1979622‑1979486‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA > NC_000913/2101749‑2101890 gTCCCGGTGATCATATAATTTGAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTGAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGG < 2:418366/142‑1 CCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGTTTCTCCGCATTAAACAAGTGGTCAATAGATGTAAATCATTTCATTAATATTAAGTTGATTGTTGCTTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGC < 2:334383/143‑1 TCATATAGTTTCAAATGTTATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAACTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAG < 1:676838/143‑1 TATAATTTCAAAGTTAATTATAAAAAAATAGCGCACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGGAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGG < 2:604918/143‑1 TTTCAAATGTAATTATAAGAAAATGGTGTATTGATTCTGCGAATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAA > 1:534738/1‑143 TCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTAATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTATCGAAGGTACGAATAATCGGGcacctg > 2:587416/1‑137 ATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTTGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAATATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGC < 2:772097/143‑1 TAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGGAGGTGCGAATAAGCGGGGACATTCTTCTCGGCTGAC > 2:602328/1‑143 TAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGAC > 1:798091/1‑143 AGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTC > 1:28606/1‑143 TACTGATGCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCAT < 2:351528/143‑1 ACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTAAATTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGAGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATT > 2:333964/1‑143 TGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTAGATTGTTGCCTATCTTTGTATTTAATTAGAGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTC > 2:389767/1‑143 gttGTTAATATATGTAACCCATTTAATTAAGCTTAATTTGTTTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGCAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTT < 2:398987/140‑1 GTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTTTTCTCGGCTGACTCCGTACTTTACTCTCATCATGTTTGAGCCGATTTTTcc > 1:757502/1‑141 ATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGT < 1:384736/143‑1 TGTAAAATATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGTAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAA < 2:666363/143‑1 TAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAGATG > 1:243638/1‑143 TAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATG < 1:277825/143‑1 AAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAACTTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTGATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTATGTCTCCCGTCAATGCC > 2:629445/1‑143 ACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTGGCGTGGTAGATAATGAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTT < 1:713380/143‑1 ACATGTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTT < 1:85761/143‑1 CATTAATATTAAGTTGATTGTTTCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGTTGCTAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCA < 1:139029/143‑1 CATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCA < 2:798091/143‑1 ATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTGTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAG > 1:678033/1‑143 agTAAGTTGAGTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATT < 2:722275/141‑1 ATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCGTGTCATTTCTTCACGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATT > 2:455649/1‑143 TTAAGTCGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGTGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTACATGCCTTAAATAAGCCTTTTT > 2:702714/1‑143 AAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTGATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAG > 2:684789/1‑143 AAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAG > 2:347210/1‑143 tTTGATTGTTGTCTTTTTTTTTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGTGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGAC < 1:256615/142‑1 TTGATTGTTGCCTTTTTTGGTATGTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACC < 2:725272/143‑1 TGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCG > 1:494084/1‑143 ATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTT < 1:816932/143‑1 TGTTGCCTTGTCTTGTATTTAACTGGGGAATGTGCGAATACGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTC < 2:585549/143‑1 TTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGCTTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCGGCCTATTTAGACCGTTCCTT > 2:349335/1‑143 TTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCTTTTTTACGCTGATTCAGCCTATATAGTCCctcactt > 2:826732/1‑136 TTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATAAGCCTATTTAGACCGTTTCTT > 2:633532/1‑143 tgttTTTCTTTGTATTTTATTAGGTATGGTGTGAATAAGGGGGGAAATTCTTCTGGGCTGACTCAGTCAGTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATACCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTC < 1:587416/139‑1 CCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCATCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCATCCTATTGATACCGTTGCTTCac > 2:250042/1‑141 CTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCC > 1:242528/1‑143 TTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTCAATGCCTTGTATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCA > 1:203553/1‑143 TTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATTAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCAGTTTAA > 2:454496/1‑143 TTGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAA > 1:394902/1‑143 TGTATTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAG < 1:837643/143‑1 TATTTTATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGTAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGTGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGC < 2:126463/143‑1 TTTAATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATCTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTCCATCACCCTATTGAGCCCGTTTCTTCCCCACTTAAcgagt > 2:598778/1‑138 ATTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGTCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCGCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATC < 1:281699/143‑1 TTAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGGCTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGAGTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCC < 2:580743/143‑1 tgGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCC < 2:267325/141‑1 tcGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCGGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCC < 1:445822/141‑1 TAGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCC < 1:83603/143‑1 AGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCC > 2:154335/1‑143 AGGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTCGGCCATTTAAGGGGTTATCCCC > 2:800908/1‑143 AGGGAAGGTGCGAATAAGCGAGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCATCATGTTTGAGCCGATTTTCTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACTGTTTCTTCGCCATATAAGGCGTCATCaac > 2:800992/1‑140 GGGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGCCTCAGTCATTTCATTTCTTCATGAAAGAACCGATATTTTCTCCCGTAAATGCCTTAAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA > 1:225961/1‑143 CTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1979622‑1979486‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGTGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA > NC_000913/2101749‑2101890 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |