| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,184,543 | C→A | 100% | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB → | RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,184,543 | 0 | C | A | 100.0% | 138.5 / ‑6.7 | 49 | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB | RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base A (25/22); total (25/24) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCA > NC_000913/4184408‑4184681 | cGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCACCCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGc < 1:74095/143‑1 (MQ=255) ttAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCCACCCGATCGAAGATATCCCTTACGATGAAAACCGTCCGCCGGCCGACATCGTCCTGCACCAGCCGGGCgga > 1:54890/1‑141 (MQ=255) ttAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAGACGGTACGCCGGCAGACATCGTACTGAACAAGCTGGGCGTa > 2:41340/1‑143 (MQ=255) aaCGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCg > 1:608842/1‑143 (MQ=255) 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1:434086/143‑1 (MQ=255) ccTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACAt > 2:589382/1‑143 (MQ=255) ttgTGACACGATCGCAGCTCGTCACGGTAACACGGGTGTAATTTCTAAGCTCAACCCGCTCGAAGATATCCCCTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCg < 1:382671/141‑1 (MQ=255) ggTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCgg > 1:203258/1‑143 (MQ=255) gTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAGCCAGCTGGGCGTACCGTCTCCTATGAACATCggc > 2:54739/1‑142 (MQ=255) gTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGt < 1:165406/143‑1 (MQ=255) 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2:44814/1‑143 (MQ=255) tAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAGCCCCATCGATGATATGCCTAACGATCAGAGCGGTACGCCCGTTGCCACCGTACTCAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGGCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTa < 2:374250/143‑1 (MQ=255) aCAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATG‑AAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATgg < 1:609557/143‑1 (MQ=255) ggTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACCTCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAGATCGGTCAGGTCCTCGAAACCCCCCGGGGAATgggggc > 2:245632/1‑139 (MQ=255) tgtAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCGCGTATGAACATCGGTCAGATCCCCGAAACCCGCCTGGGCAGGGCTGCGa > 2:491998/1‑143 (MQ=255) tAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCGTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa < 2:550653/143‑1 (MQ=255) 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2:436194/1‑138 (MQ=255) aaCCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACaa < 1:347681/143‑1 (MQ=255) aaCCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACaa < 1:558298/143‑1 (MQ=255) aCCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACCAg > 1:7652/1‑143 (MQ=255) tcGATCGAAGATAGGCCTGACGAGGAAGACGGTGCGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGGGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGAt < 1:96231/142‑1 (MQ=255) ccGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTCCCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGTTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGAt < 1:189902/143‑1 (MQ=255) 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1:615687/143‑1 (MQ=255) aCGCCGGTAGACACCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTcgc < 1:491136/143‑1 (MQ=255) aCGCCCGTTGGCATCGCACTGAACCAGCTGAGCGTACCGTCTCGTATGAGCGTCGGTCAGATCCTCGACACCCACCTGTGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACCAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTcgc < 2:415512/143‑1 (MQ=255) tAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGGCGCGAAACTg > 2:266139/1‑143 (MQ=255) gcaCTGACCCGGCTGCGCGTACCTTGTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAAtt < 1:117584/141‑1 (MQ=255) cTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCAt > 1:235902/1‑143 (MQ=255) aaCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCCTCCa > 1:397405/1‑143 (MQ=255) | CGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATCCA > NC_000913/4184408‑4184681 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |