| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 461,007 | T→G | 100% | I707S (ATC→AGC) | lon → | Lon protease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 461,007 | 0 | T | G | 89.8% | 66.0 / ‑2.9 | 28 | I707S (ATC→AGC) | lon | Lon protease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base G (16/8); total (19/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GAAAAACGTGACATCCACGTCCACGTACCGGAAGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCACTCTGC‑GTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGAAGAGATTCCTGACAACGTAATTGCC > NC_000913/460865‑461146 | gAAACAGGTGACATCCGCGTCCACGTACCGGAAGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGAt < 1:84610/143‑1 (MQ=255)gAAAAGCGTGACATCCACGTCCACGCACCGGAAGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGAt < 1:403659/143‑1 (MQ=255) aCATCCACGTCCGCGTACCGGAAGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGAGCACTCTTC‑Gt < 2:7154/143‑1 (MQ=255) aTCCACGTCCACGTACCGGAAGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGGGAGAGCACTCGGC‑GTgg > 1:328280/1‑143 (MQ=255) cacgtccacgtACCGGAAGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGAGCACTCTGC‑GTGGTCa < 2:150923/143‑1 (MQ=255) gcgtgcacgtACCGGAAGGTGCGACGCGGAAAGCTGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGATGGTTTGTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGAGCACTCTGC‑GTGGTCAg < 2:113050/142‑1 (MQ=255) ggAAGGTGCCACGCCCAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCCCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGAGCACTCTGC‑GTGGTCAGGTACTGCCGATCg < 1:157437/143‑1 (MQ=255) tGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGCTCGTGCGGATGTGGCAATGACCGGTGAGAGCACTCTGC‑GTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGtt > 1:303996/1‑143 (MQ=255) cGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCACTCTGC‑GTGGTGAGGTACTGCCGATCGGTGGttgg > 1:166965/1‑141 (MQ=255) aCGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTCTGTGCACCGCGCTGGCTACTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGAGCACTCTGC‑GTGGTCAGGTACTGCCGATCGGGGGTGTgaa > 1:139446/1‑143 (MQ=255) caccGAAAGGTGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGAGCACTCTGC‑GTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTgaaa < 1:248138/141‑1 (MQ=255) cGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACACGGTTCGGTTCAAGGTGGCGATGCAATAAAAGAGCTGTCTGC‑GTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTgaaagaa > 1:448616/1‑143 (MQ=255) aaaGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACGGGTAACCAGGTTCGTGGCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATGACTCTGC‑GTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGGTTGGAAGaaaa > 1:190544/1‑143 (MQ=255) ccGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCCATGACCGGTGAGAGCACTCTGC‑GTGGCCAGGTACTGCCGAGCGGAGGTTTGAAAGAAAACCTCCTGGCCGCGCAt > 2:272605/1‑143 (MQ=255) ccGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGAGCACTCTGC‑GTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTTCTGGCAGCGCAt > 1:365139/1‑143 (MQ=255) cGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGAGCACTCTGC‑GTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATc < 1:566641/143‑1 (MQ=255) ggTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGAGAACTCTGC‑GTGGTCAGGTACCGCCGATCTGTGGTTTGAATGAGAAACTCCTGGCAGCGCATcg > 1:333561/1‑143 (MQ=255) tATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGCGCACTCTGC‑CTGGCCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTGCTGGCAGCGCATcgcg > 1:336175/1‑143 (MQ=255) cTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGAGCACTCTGC‑GTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCggg > 1:595892/1‑143 (MQ=255) gCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGAGCACTCTGC‑GTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGACTaaa > 1:319277/1‑143 (MQ=255) tcgcTGTTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGACGATGTGGCAATGACCGGTGAGAGCACTCTGC‑GTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGt < 1:168137/142‑1 (MQ=255) gcgcTGGTTTCTTGCCTGACCGGTACCCCGCTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGCGAGAGCACTCTGC‑GTGGGCAGGTCCTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAACACCTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAACCAGt < 1:322289/143‑1 (MQ=255) tggcatGCCTGAACGGCAGCCCCGTTCGTGCGGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCACTCTGC‑GTGGCCAGCTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAAtt < 2:190544/138‑1 (MQ=255) tGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGAGCACTCTGC‑GTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGaa > 1:123839/1‑143 (MQ=255) ccGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGAGCACTCTGC‑GTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAACATAAACGCGa > 2:609362/1‑143 (MQ=255) ccGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGA‑CACAAAACGGGGGTCAGGTACTGCCGCTCGGTGGTCTGAAAGAGAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAAGTCCGTACGAAAATACAcggca > 2:537111/1‑140 (MQ=255) cGATGTGGCAATGACCGGTGAGAGCACTCTGC‑GTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGAAgaga > 1:401058/1‑143 (MQ=255) aTGTGGCAATGACCGGTGAGAGCACTCTGC‑GTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGCAGAGAtt > 1:580539/1‑143 (MQ=255) aaTGACCGGTGAGAGCACTCTGC‑GTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGCAGAGATTCCTGACa > 1:317183/1‑143 (MQ=255) gTGAGAGCACTCTGC‑GTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGCTCGAAAATAAACGCGATCGGGAAGAGATCCCTGACAACGTAAtt > 2:45671/1‑143 (MQ=255) agagCACGCTGC‑GGGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGAAGAGATTCCTGACAACGTAATTGcc < 1:148257/143‑1 (MQ=255) | GAAAAACGTGACATCCACGTCCACGTACCGGAAGGTGCGACGCCGAAAGATGGTCCGAGTGCCGGTATTGCTATGTGCACCGCGCTGGTTTCTTGCCTGACCGGTAACCCGGTTCGTGCCGATGTGGCAATGACCGGTGAGATCACTCTGC‑GTGGTCAGGTACTGCCGATCGGTGGTTTGAAAGAAAAACTCCTGGCAGCGCATCGCGGCGGGATTAAAACAGTGCTAATTCCGTTCGAAAATAAACGCGATCTGGAAGAGATTCCTGACAACGTAATTGCC > NC_000913/460865‑461146 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |