Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,184,543 | C→A | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB → | RNA polymerase subunit beta |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,184,543 | 0 | C | A | 97.4% | 111.0 / NA | 40 | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB | RNA polymerase subunit beta |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (20/18); minor base G (0/1); total (20/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
GGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATC > NC_000913/4184406‑4184679 | ggCGGTTAAACGCCGTATACAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTgg < 1:772855/143‑1 (MQ=255) cttttAAACGCTTTATCCATCCTTGTTACATGATGGCAGGTCGTCACGGCAAGAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATAGTACTGAACCAGCTGGGc < 1:418346/140‑1 (MQ=255) gTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGt < 2:331120/143‑1 (MQ=255) gCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCACCCCGCTCGAAGATATGCCTTACAATGAAAACGGTACTCCGGTAGAAATAGAACAGAACCAACTGAGCGTACCGtat > 1:303383/1‑141 (MQ=255) aTCCAGCTTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTAt < 1:749156/143‑1 (MQ=255) tCCAGCCGGGTGGCAAGAGGGCAGGTCGCCGCGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAACCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATg < 2:438631/143‑1 (MQ=255) cAGCATGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGaa < 1:625663/143‑1 (MQ=255) aGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGCTCGAAGATATGCCTTACGCTGCCAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTAACGTCTCGTATGAAc > 1:196505/1‑143 (MQ=255) aTGGCAGGTCGTCAGGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCt < 1:152523/143‑1 (MQ=255) tGGCAGGTAGTCACGTTAACAAGAGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGTAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTc < 2:419486/143‑1 (MQ=255) cAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGCATGAACATCGGTCAGATCCCCGaa > 2:714935/1‑143 (MQ=255) aGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCTGATCGAAGATATGCCGTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaaa < 1:374268/143‑1 (MQ=255) aGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaaa < 2:416663/143‑1 (MQ=255) gtcACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACACCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGCAAccccc > 1:704780/1‑141 (MQ=255) aCGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCATACTGAACCAGCTGAGCGAACCGTAACTGATGAACATCAGTCAGAACCTCCGAACCCAccag > 1:399076/1‑141 (MQ=255) aaGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTAAGAACATCGGTAAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGc > 1:474099/1‑143 (MQ=255) atggTGTAATTTCTAAGATCATCCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAATCCACCTGGGTATGGCt < 2:712275/141‑1 (MQ=255) aaattCTAAGACGAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAg < 2:508520/140‑1 (MQ=255) aTTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCGCGAAACCCACCTGGGTATGGCAGCGAACgg > 2:656454/1‑143 (MQ=255) aTTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGCCAGATCCTCGAAACCCCCCAGGGAATTGCTGCGCAAgg > 2:237417/1‑143 (MQ=255) aTTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTAGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACGTGAGAATGGCTGCGaaaca > 2:465298/1‑141 (MQ=255) tAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGAGCGTACCGTCACGTATGAACATCGGACAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCg > 1:462063/1‑143 (MQ=255) tAAGATAAACTCTATCGAAGATATGCCTTACGATGAGAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCGGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCg < 1:520301/143‑1 (MQ=255) cAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACa > 1:512745/1‑143 (MQ=255) atcgcGATCGAAGGTAGGCGTTACGTGGTGGGCGGTACGCCTGTAGACATCGTACTGAACCGGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACaa < 2:343076/139‑1 (MQ=255) aaCCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACaa > 1:593576/1‑143 (MQ=255) cccGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTCCCGTCTCGTCTGAACATCGGTCAGATCCTCGAACCCCACCTGGGTACGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGa > 2:569237/1‑143 (MQ=255) gCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGCCAAGATCAACGCCATGCTGa > 1:466701/1‑143 (MQ=255) tttACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATGGTACTGGCCCAGTGGATCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGaaa < 1:358829/142‑1 (MQ=255) ttACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACCAGATCAACGCCCTGTTGAAAc > 1:163480/1‑143 (MQ=255) aTGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagcag < 2:110546/143‑1 (MQ=255) gAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCAGTCAGATCCGCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACCgccgca > 1:258306/1‑143 (MQ=255) aaaaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCATCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCaa > 2:512372/1‑143 (MQ=255) aaaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGGACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGTTGAAACAGCAGCaag < 2:333779/143‑1 (MQ=255) gTACGCCGGTAGACTTCGTACTTCACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACTTCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAGAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTc < 2:8012/143‑1 (MQ=255) gCCGGTGGAGAGCGGACTGAACCAGCGGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGa < 1:476791/143‑1 (MQ=255) aTCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCCCCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAACCAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGa > 1:769561/1‑143 (MQ=255) gTACTGACCCTGCTGTTCTTAACTGCTCGTATTAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAAtt < 1:754893/143‑1 (MQ=255) gTACTGAACCAGCTGGGCGTACC‑TCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTAGGTATGGCTGCGAAACGAATCGGCGACAAGATCGAAGACCTGCTGAAACCGCAGCCAGACCACGCGAAACTGCGCGAAttg > 2:439928/1‑142 (MQ=255) tGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAACCCATc > 1:502745/1‑143 (MQ=255) | GGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGATATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCATC > NC_000913/4184406‑4184679 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |