| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 33,170 | Δ1 bp | 11.8% | coding (2354/3222 nt) | carB → | carbamoyl phosphate synthetase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 33,170 | 0 | C | . | 11.8% | 82.5 / 8.6 | 34 | coding (2354/3222 nt) | carB | carbamoyl phosphate synthetase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/11); new base . (2/2); total (21/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
TTCCAGACGGCGGTCAGCGTGTCTAACGATGCGCCAGTGTTGCTGGACCACTTCCTCGATGACGCGGTAGAAGTTGACGTGGATGCCATCTGCGACGGCGAAATGGTGCTGATTGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCATGTTCTCTGCCAGCCTACACCTTAAGTCAGGAAATTCAGGATGTGATGCGCCAGCAGGTGCAGAAACTGGCCTTCGAATTGCAGGTGCGCGGCCTGATGAACGTGCAGTTTGCG > NC_000913/33028‑33309 | ttCCAGACGGCGGTCAGCGTGTCTAACGATGCGCCAGTGTTGCTGGACCACTTCCTCGAGGACGCGGTAGAAGTTGACGTGGATGCCATCTGCGACGGCGAAATGGTGCTGATTGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAggc > 1:14952/1‑143 (MQ=255) tCCAGACGGCGGTCAGCGTGTCTAACGATGCGCCAGTGTTGCTGGACCACTTCCTCGATGACGCGGTAGAAGTTGACGTGGATGCCATCTGCGACGGCGAAATGGTGCTGATTGGCGGCACACTGGAGCAGATTGAGCAggcg > 1:358272/1‑143 (MQ=255) tCCAGACGGCGGTAAGCGCGTCTAACGATGCGCCAGTGGGGCTGGACCACTTCCCCGATGACGCGGTAGAAGGGGACGTGGATGCCATCTGCGACGGCGAGATGGTGCTGATTGGCGGTATCATGGAGCATATTGAGCAggcg < 2:175219/143‑1 (MQ=255) cAGACGGCGGTCAGCGTGTCTAACGATGCGCCAGTGTTGCTGGACCACTTCCTCGATGACGCGGTAGAAGTTGACGTGGATGCCATCTGCGACGGCGAAATGGTGCTGATTGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAggcggg < 1:157443/143‑1 (MQ=255) ggTCAGCGTGTCTAACGATGCGCCAGTGTTGCTGGACCACTTCCTCGATGACGCGGTAGAAGTTGACGTGGATGCCATCTGCGACGGCGAAATGGTGCTGATTGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAGGCGGGCGTGCACt > 1:121489/1‑143 (MQ=255) ctcgcTAACGTTGTGCGAGTGTTGCTGGACCACTTCCTCGCCGGCGCGCTAGTAGTTGACGTGGATGCCATCTGCGACGGCGAAATGGTCCTTATTCGCTTCATCATGGAGCATATTGAGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGa < 2:93909/139‑1 (MQ=255) tAACGATGCGCCAGTGTTGCTGGACCACTTCCTCGATGACGCGGTAGAAGTTGACGTGGATGCCATCTGCGACGGCGAAATGGTGCTGATTGGCGGCATCAGGGAGCAGATTGGGCAGGCGGGCGCGCACTCCGGGGACTCCg > 2:113398/1‑143 (MQ=255) aCGATGCGCCAGTGTTGCTGGACCACTTCCTCGATGACGCGGTAGAAGTTGACGTGGATGCCATCTGCGACGGCGAAATGGTGCTGATTGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCa > 1:543456/1‑143 (MQ=255) cAGTGTTGCTGGACCGCTTCCTCGATGACGCGGTAGAAGTTGACGTGGATGCCATCTGCGACGGCGAAATGGTGCTGATTGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCATGTTCTCTg < 1:521410/143‑1 (MQ=255) aGTGTTGCTGGACCACTTCCTCGATGACGCGGTAGAAGTTGACGTGGATGCCATCTGCGACGGCGAAATGGTGCTGATTGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAGG‑TGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCATGTTCTCTGcc > 2:488556/1‑143 (MQ=255) aGTGTTGCTGGACCACTTCCTCGATGACGCGGTAGAAGTTGACGTGGATGCCATCTGCGACGGCGAAATGGGGCTGATTGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAGG‑TGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCATGCTCTCTGcg > 2:328956/1‑142 (MQ=255) tgtTGCTGGACCACTTCCTCGATGACGCGGTAGAAGTTGACGTGGATGCCATCTGCGACGGCGAAATGGTGCTGATTGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAGGCGGGCGTGCACGCCGGTGCCTCCGCAAGTTCTCTGCCa > 2:15382/1‑143 (MQ=255) gtTGCTGGACCACTTCCTCGATGACGCGGTAGAAGTTGACGTGGATGCCATCTGCGACGGCGAACTGGTGCTGATTGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCATGTTCTCTGCCAg > 2:381871/1‑143 (MQ=255) tGGACCACTTCCTCGATGACGCGGTAGAAGTTGACGTGGATGCCATCTGCGACGGCGAAATGGTGCTGATTGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCATGTTCTCTGCCAGCCTac > 1:548737/1‑143 (MQ=255) aCTTCCTCGATGACGCGGTAGAAGTTGACGTGGATGCCATCTGCGACGGCGAAATGGTGCTGATTGGCGGCATCATGGCGCATATTGAGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCATGTTCTCTGCCAGCCTACACCTTa > 2:440710/1‑143 (MQ=255) cTTCCTCGATGACGCGGTAGAAGTTGACGTGGATGCCATCTGCGACGGCGAAATGGTGCTGATTGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCATGTTCTCTGCCAGCCTACACCTTaa < 1:402160/143‑1 (MQ=255) cTCGCTGCCGCGGTAGACGTTGACGTGGATGCCATCTGCGACGGCGAAATGGTGCTGATTGGCGGCATCATGGAGCCTATTGCGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACGCCGCATGTTCTCTGCCAGCCTACACCTTAAGTCa < 2:419594/143‑1 (MQ=255) gcgGTCGAAGTTGACGTGGATGCCATCTGCGACGGCGAAATGGTGCTGATTGGCGGCATCTTGGAGCATATTGACCAGGCGGGCGGCCACTCCGGTGACTCCGCATGTTCCCTGCCAGCCAGCACCCTACCGCAGGaactcaa > 2:77874/1‑138 (MQ=255) gcgGTAGAAGTTGACGTGGATGCCATCTGCGACGGCGAAATGGTGCTGATTGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCATGTTCTCTGCCAGCCTACACCTTAAGTCAGGAAATTCa > 2:293866/1‑143 (MQ=255) gTAGAAGTTGACGTGGATGCCATCTGCGACGGCGAAATGGTGCTGATTGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCATGTTCTCTGCCAGCCTACACCTTAAGTCAGGAAATCCAGGa > 2:218379/1‑143 (MQ=255) ggtcggtgATGCCCTGTGCGACGTCTCACTAGTGCTGGTTGGCGCGATCATGGAGCATATTGAGCGGGCGGGCGTGCACTCCGGTCACTCCGAATGTTCGCTGCCAGCCTACACCTTAAGTCATGAAATTCAGGATGTGATgc < 2:193603/136‑1 (MQ=255) ggATGCCATCTGCGACGGCGAAATGGTGCTGATTGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCATGTTCTCTGCCAGCCTACACCTTAAGTCAGGAAATTCAGGATGTGATGCGCcagc < 1:307084/143‑1 (MQ=255) aTGCCATCTGCGACGGCGAAATGGTGCTGATTGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCATGTTCTCTGCCAGCCTACACCTTAAGTCAGGAAATTCAGGATGTGATGCGCcagcag > 1:419602/1‑143 (MQ=255) gcgggcTGCGGCGGCGAAGGGGTGCTGGGTGGGGGGCTCATGGAGGATATTGAGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGGATGTTCTCTCCCAGCCTAAACCTTAAGTCAGGAAATTCAGGATGTGATGCGCCAGCAGGt < 2:553279/138‑1 (MQ=255) gCGACGGCGAAATGGTGCTGATTGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCATGTTCTCTGCCAGCCTACACCTTAAGTCAGGAAATTCAGGATGTGATGCGCCAGCAGGTGCAGaaa < 1:89263/143‑1 (MQ=255) gCTGATTGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAGG‑TGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCATGTTCTCTGCCAGCCTACACCTTAAGTCAGGAAATTCAGGATGTGATGCGCCAGCAGGTGCAGAAACTGGCCTTCGAATTGCa < 1:488556/143‑1 (MQ=255) gCTGAGTGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAGG‑TGGCGTGCACTCCGGTGCCCCCGCATGTTCTCTGCCAGCCTACACCTTAAGTCAGGAAATTCAGGATGTGATGCGCCAGCAGGTGCAGAAACTGGCCTTCGAATTGCa < 1:328956/143‑1 (MQ=255) tGATTGGCGGCATCACGGAGCATATTGAGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGGATGATCTCTGCCAGCCTACACCGTAAGTCAGGAAATTCAGGATGTGATGCGCCAGCAGGTGCGGAAACTGGCCATCGAAGTGCAg > 2:488118/1‑143 (MQ=255) ttGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCATGTTCTCTGCCAGCCTACACCTTAAGTCAGGAAATTCAGGATGTGATGCGCCAGCAGGTGCAGAAACTGGCCTTCGAATTGCAgggg > 1:189121/1‑141 (MQ=255) tGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCATGTTCTCTGCCAGCCTACACCGTAAGGCAGGAAATTCAGGATGTGATGCGCCAGCAGCGGCAGAAACTGGCCGACGAATTGAAgggca > 2:106839/1‑140 (MQ=255) tGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGCGACTCCGCACGTTATCTGCCAGCCTACACCTTAAGTCAGGAAAATCAGGATGTTATGCGCCAGCGGGTGCAGAAAATGGCCTTCGAATTGCAGGTgc > 2:136846/1‑143 (MQ=255) gcggcATCATGGAGAATGTGGAGCATGCGTTCGTGCACTCCGGTGACTCGGCATGTTATATGCCAGCCTACAGCGTGAGTCAGGAAATTGAGGATGGGATGCGCCAGCAGGTGCAAAAACTGGCCTTCGAATTGCAGGGgcgc < 2:76037/143‑1 (MQ=255) gAGCATATTGAGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCATGTTCTCTGCCAGCCTACACCTTAAGTCAGGAAATTCAGGATGTGATGCGCCAGCAGGTGCAGAAACTGGCCTTCGAATTGCAGGTGCGCGGCCTGATGaa > 1:198027/1‑143 (MQ=255) atTGAGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCATGTTCTCTGCCAGCCTACACCCTAAGTCAGTACACCCGGGATGTGACGCGCCAGCCGGTACAGCAACTGTCCTTCGACTTGCAGGTGCGCGGCCTGATGAGCGTGCa > 2:103243/1‑143 (MQ=255) ttGAGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCATGTTCTCTGCCAGCCTACACCTTAAGTCAGGAAATTCAGGATGTGATGCGCCAGCAGGTGCAGAAACTGGCCTTCGAATTGCAGGTGCGCGGCCTGATGAACGTGCAg < 1:97397/143‑1 (MQ=255) aGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCATGTTCTCTGCCAGCCTACACCTTAAGTCAGGACATTCAGGATGTGATGCGCCAGCAGGTGCAGAACCTGGCCTTCGAGTTGCAGGTGCGCGCCCTGATGAACGTGCAGgtt > 2:167160/1‑143 (MQ=255) cAGGCGGTCGTGCACTCCGGTGCCTCCGCATGTTCTCTGCCAGCCTACACCTTAAGTCAGGAAATTCAGGATGTGATGTGCCAGCAGGTGCAGAAACTGGCCTTCGAATTGCAGGTGCGCGGCCTGATGAACGTGCAGTTTGc < 2:358272/143‑1 (MQ=255) aGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCATGTTCTCTGCCAGCCTACACCTTAAGTCAGGAAATTCAGGATGTGATGCGCCAGCAGGTGCAGAAACTGGCCTTCGAATTGCAGGTGCGCGGCCTGATGAACGTGCAGTTTGCg > 1:210242/1‑143 (MQ=255) | TTCCAGACGGCGGTCAGCGTGTCTAACGATGCGCCAGTGTTGCTGGACCACTTCCTCGATGACGCGGTAGAAGTTGACGTGGATGCCATCTGCGACGGCGAAATGGTGCTGATTGGCGGCATCATGGAGCATATTGAGCAGGCGGGCGTGCACTCCGGTGACTCCGCATGTTCTCTGCCAGCCTACACCTTAAGTCAGGAAATTCAGGATGTGATGCGCCAGCAGGTGCAGAAACTGGCCTTCGAATTGCAGGTGCGCGGCCTGATGAACGTGCAGTTTGCG > NC_000913/33028‑33309 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |