| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 802,778 | G→T | 48.4% | V298L (GTG→TTG) | ybhI → | putative tricarboxylate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 802,778 | 0 | G | T | 48.4% | ‑2.3 / 23.1 | 21 | V298L (GTG→TTG) | ybhI | putative tricarboxylate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/5); new base T (5/5); total (11/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.26e-01 | |||||||||||
GTGGATAACAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATT > NC_000913/802637‑802905 | gTGGATAACAAAACCATCGCGAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGt < 1:270230/143‑1 (MQ=255) aaaCCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCTTGGCAATCgtt > 2:539495/1‑143 (MQ=255) aaaCCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTGCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCgtt < 1:536334/143‑1 (MQ=255) aCCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCTTGGCAATCgttgt < 2:91952/143‑1 (MQ=255) gcgAGAAGATGCTGCTCGGTGGCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCTTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTg < 2:203613/143‑1 (MQ=255) gAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGt > 1:427826/1‑143 (MQ=255) gaTGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCTTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTaaaa < 2:191628/142‑1 (MQ=255) gctgctCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCTTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATa < 1:539495/143‑1 (MQ=255) gctCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTGTCTGGGGGTTGGTGAATCCAGCGTGTCAATCGTTGTTATTGCAACCATGCTGCGGCTTGGTATCGTTAACGGGGAAGACGACGTTAAAAATGAAg > 2:464908/1‑143 (MQ=255) ctCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTCCTGGGCTGGTGGTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCTTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAgg > 1:271684/1‑143 (MQ=255) tttGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCTTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGCCGTGGTTAAAAATAAAGGCCGCGGGag > 1:293928/1‑142 (MQ=255) tGGCGCTGCTGGTGGGGATGTTCAGTAGGTCTTTGGGTGTTGAGGAATCCACCGGGGCCATCGCTGGTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTa < 2:143626/143‑1 (MQ=255) gggcggctgggcttgAGTGCTAGGAAGGCTCGGGGGGTGGATTAATCCAACGTGGCAATCGGTGATATGGCGACCATGCTGCTGCTGGGGATCGTTACCTGGGAAGACGGGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAAt < 2:316095/138‑1 (MQ=255) ctgcggGGCGGGATTTTCAGTTAGTCTAGGGGGGTTGATGAATCCACCTTGGGAATCGTTGTTATGGCAAGCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTg < 2:41596/143‑1 (MQ=255) ttttCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCTTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGtatt > 1:494363/1‑143 (MQ=255) ttttCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATATGGTACGGCGGtatt > 1:425434/1‑143 (MQ=255) tttCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCTTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGtatta > 1:526198/1‑143 (MQ=255) gTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGc > 1:221034/1‑143 (MQ=255) aaGTCTCAGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTAGCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCtt < 2:19076/143‑1 (MQ=255) gggggTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATAACTTAATCTGGTACGGCGGTATTGTCTGCTTAAGCTCCt > 1:256803/1‑143 (MQ=255) gTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTTGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCtgatt > 1:472780/1‑143 (MQ=255) | GTGGATAACAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATT > NC_000913/802637‑802905 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |