| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 921,997 | C→T | 16.0% | R551W (CGG→TGG) | macB → | ABC‑type tripartite efflux pump ATP binding/membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 921,997 | 0 | C | T | 16.0% | 49.3 / 3.1 | 25 | R551W (CGG→TGG) | macB | ABC‑type tripartite efflux pump ATP binding/membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/12); new base T (2/2); total (11/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
ACCTGGAACATGGACGGCGTCTTGAAAACTGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCA > NC_000913/921856‑922135 | aCCTGGAACATGGACGGCGTCTTGAAAACTGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTCTTGGTGTCATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACcgcgcg > 2:81661/1‑143 (MQ=255) aCATGGACGGCGTCTTGAAAACTGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCgg < 1:392602/143‑1 (MQ=255) ggACGGCGTCTTGAAAACTGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGaaa > 1:274293/1‑143 (MQ=255) agcaaaaCGGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCg < 1:209392/140‑1 (MQ=255) aaaaCTGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGAAGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAACTTGGCATTCGCAt > 1:456856/1‑143 (MQ=255) taCTGTTGAATAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTTTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATgg < 2:244708/142‑1 (MQ=255) cacaCGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTCGGTGCGCGAg > 1:466731/1‑143 (MQ=255) cacaCGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAg > 2:320257/1‑143 (MQ=255) aaCTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAAGATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTg < 1:328831/143‑1 (MQ=255) cTGGTGGCGGTGACTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGAt < 1:220238/143‑1 (MQ=255) tgttggCGTTGATTTCGGTGGTGGTGGGCTGGATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGATCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATc < 2:454103/140‑1 (MQ=255) tgggggCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCAGAAGTCATCTAATGTATATTAGGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATc < 1:392026/143‑1 (MQ=255) ggTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGGGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCCGATCGAAGCCg > 2:470483/1‑143 (MQ=255) tGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTa > 1:107608/1‑143 (MQ=255) gCTGGTGGGGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCGGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGttt < 2:92154/143‑1 (MQ=255) 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1:295177/143‑1 (MQ=255) gtAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGAATCACGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGAACTGGTTTGCCTAGTCGGTGGCGCGTTggg > 2:145401/1‑143 (MQ=255) tGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAAGTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTGTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAAcactgtcactg < 1:535153/143‑1 (MQ=255) gtgtCAGTGACCGAGTGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGtt < 1:4220/143‑1 (MQ=255) gtgtCAGTGACCGAGTGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGtt < 1:4213/143‑1 (MQ=255) cGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGCAGCGATACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGGTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCa > 2:347142/1‑143 (MQ=255) | ACCTGGAACATGGACGGCGTCTTGAAAACTGTTGAAAAGACCACACGTACTTTACAACTGTTTCTGACGCTGGTGGCGGTGATTTCGCTGGTGGTGGGCGGTATTGGTGTAATGAATATTATGCTGGTGTCAGTGACCGAGCGGACGCGGGAAATTGGCATTCGCATGGCTGTAGGTGCGCGAGCAAGCGATGTTTTGCAACAGTTCCTGATCGAAGCCGTACTGGTTTGCCTGGTCGGTGGCGCGTTGGGAATAACACTGTCACTGTTAATTGCTTTCA > NC_000913/921856‑922135 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |