| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,898,291 | C→A | 12.2% | D90E (GAC→GAA) | cbrC → | UPF0167 family colicin E2 tolerance protein CbrC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,898,291 | 0 | C | A | 12.2% | 73.5 / 5.1 | 33 | D90E (GAC→GAA) | cbrC | UPF0167 family colicin E2 tolerance protein CbrC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/13); new base A (2/2); total (18/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.94e-01 | |||||||||||
GGGTCCCTTTTATTGCGTTGATGAAGTTGAACATCTCTGTCCGTGGTGTATTGCGGACGGTTCTGCTGCTGAAAAGTTTGCAGGTAGTTTTCAGGATGATGCCAGCATAGAAGGTGTTGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGCCAGGTTATCATGGATGGCAGCAGGAATTCTGGCTCGCGCATTGTGGCGATTTCTGTGTTTTTATCGGCTATGTGGGC > NC_000913/3898150‑3898432 | gggTCCCTTTTATTGCGTTGATGAAGTTGAACATCTCTGTCCGTGGTGTATTGCGGACGGTTCTGCTGCTGAAAAGTTTGCAGGTAGTTTTCAGGATGATGCCAGCATAGAAGGCGTTGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACg > 2:336558/1‑143 (MQ=255) ggTCCCTTTTGGTGCGTTGGTGGAGGTGGACATCTCGGTCCGTGGTGTAGTGCGGACGGTTCTGCTGCTGAGAAGTGTGCAGGTAGTTTGCAGGATGATGCCAGCATAGAAGGTGTTGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGa < 2:455703/143‑1 (MQ=255) aTTGCGTTGATGAAGTTGAACATCTCTGTCCGGGGGGTATTGCGGACGGTTCTGCTGCTGAAAAGTTTGCAGGTAGGTTTCAGGATGATGCCAGCATAGAAGGTGTTGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGt > 1:85584/1‑143 (MQ=255) gatgaAGTTGAACATCTCTGGCCGTGGTGTATTGCGGACGGTTCTGCTGCTGAAAAGTTTGCAGGGAGTTTTCAGGATGAGGCCAGCATAGAAGGTGTTGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGaa < 1:267639/143‑1 (MQ=255) gacgaAGTTGAACATCTCTGTCCGTGGTGTATTGCGGACGGTTCTGCTGCTGAAAAGTTTGCAGGTAGTTTTCAGGATGATGCCAGCATAGAAGGTGTTGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGaa < 1:484700/140‑1 (MQ=255) aTCTCTGTCCGTGGTGTATTGCGGACGGTTCTGCTGCTGAAAAGTTTGCAGGTAGTTTTCAGGCTGATGCCAGCATCGGGGGTGTTGAAGTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCtgat < 1:547407/143‑1 (MQ=255) tctGTCCGTGGTGTATTGCGGACGGTTCTGCTGCTGAAAAGTTTGCAGGTAGTTTTCAGGATGATGCCAGCATAGAAGGTGTTGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGAGTTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGaa > 1:95337/1‑143 (MQ=255) tCCGTGGTGTATTGCGGACGGTTCTGCTGCTGAAAAGTTTGCAGGTAGTTTTCAGGATGATGCCAGCATAGAAGGTGTTGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCGGGTATTAAGAACACATATCCTGATGGAATGc > 1:232558/1‑143 (MQ=255) gtgtATTGCGGACGGTTCTGCTGCTGAAAAGTTTGCAGGTAGTTTTCAGGATGATGCCAGCATAGAAGGTGTTGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAag > 1:499347/1‑143 (MQ=255) gtctATTGCGGAGGGTTCTGCTGCTGAAAAGTTTGCAGGTAGTTTTCAGGATGATGCCAGCATAGAAGGTGTTGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAag < 1:149158/140‑1 (MQ=255) gCGGACGGTTCTGTGGCTGAAAAGTTTGCAGGTAGTTTGCAGGATGATGCCAGCATAGAAGGTGTTGAATGTAAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAAGAgttggt < 2:156729/143‑1 (MQ=255) gACGGTTCTGCTGCTGAAAAGTTTGCAGGTAGTTTTCAGGATGATGCCAGCATAGAAGGTGTTGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGa > 2:297932/1‑143 (MQ=255) tgctgctgAAAAGTTTGCAGGTAGTTTTCAGGCTGATGCCAGCATAGAAGGTGTTGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGCAATGCTGAAAGAGCTGGTTGCaagcacgc > 2:144846/1‑143 (MQ=255) tgctgAGAAGTGTGTCGGTAGTATACAGTATGATGCCAGCATAGAAGGTGTTGAATTTGAGTATGGTGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGAGCACATCTCCTGATGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGCCAg < 2:342616/143‑1 (MQ=255) tgctgAAAAGTTTGCAGGTAGTTGTCAGGATGATGCCAGCATAGAAGGTGTGGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGCCAg < 2:64589/143‑1 (MQ=255) tttGCAGGTAGTTTTCAGGATGATGCCAGCATAGAAGGTGTTGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGCCAGGTTATCatgg > 2:141485/1‑143 (MQ=255) ttGCAGGTAGTTTTCAGGATGATGCCAGCATAGAAGGTGTTGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGCCAGGTTATCatgga > 1:113359/1‑143 (MQ=255) ttCAGGATGATGCCAGCATAGAAGGTGTTGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGCCAGGTTATCATGGATGGCAGCAGGaa > 2:30450/1‑143 (MQ=255) ttCAGGATGATGCCAGCATAGAAGGTGTTGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGCCAGGTTATCATGGATGGCAGCAGGaa < 1:297932/143‑1 (MQ=255) gatgagTCCAGCGTAGAAGGTGGTGGATTTGAGGAGGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGCTGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGCCAGGTTATCATGGATGGCAGCAGGAATTCTg < 1:302522/143‑1 (MQ=255) cAGCATAGAAGGTGTTGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGCCAGGTTATCATGGATGGCAGCAGGAATTCTGGCTCgcgc > 1:497850/1‑143 (MQ=255) cAGCATAGAAGGTGTTGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGCCAGGTTATCATGGATGGCAGCAGGAATTCTGGCTCgcgc < 1:473158/143‑1 (MQ=255) ctgaggaGGTGTTGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATGTGCCGGGATTAAGAACACATAACCTGATGAAATGCTGAAAGAGTAGGTTGAACGCACGCCAGGGTAGCACGGATGGCAGCAGGCATTCAGGCACGCGCAtt > 2:151257/7‑143 (MQ=255) gAAGGTGTTGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGCCAGGTTATCATGGATGGCAGCAGGAATTCTGGCTCGCGCATTGTgg > 1:172935/1‑143 (MQ=255) tGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGCCAGGTTATCATGGATGGCAGCAGGAATTCTGGCTCGCGCATTGTGGCGCTTGCt > 1:330427/1‑143 (MQ=255) tGAATTTGAGTATGATGAAGAGGAAGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGcc < 1:474272/90‑1 (MQ=255) tGAATTTGAGTATGATGAAGAGGAAGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGcc > 2:474272/1‑90 (MQ=255) tGAATTTGAGTATGATGAAGAGGAAGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGcc > 2:477633/1‑90 (MQ=255) tGAATTTGAGTATGATGAAGAGGAAGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGcc < 1:477633/90‑1 (MQ=255) gAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGCCAGGTTATCATGGATGGCAGCAGGAATTCTGGCTCGCGCATTGTGGCGATTTCtg > 1:242632/1‑143 (MQ=255) aaacttGGGTATGATGAAGAGGACGAAGTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGCCAGGTTATCATGGATGGCAGCAGGAATTCTGGCTCGCGCATTGTGGCGATTTCtg < 1:388298/139‑1 (MQ=255) aaTTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGAACAGATATCCTGATGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGCCAGGTTATCATGGATGGCAGCAGGAATTCTGGCTCGCGCATGGTGGCGATTTTtgt > 2:243397/1‑143 (MQ=255) tATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGCCAGGTTATCATGGATGGCAGCAGGAATTCTGGCTCGCGCATTGTGGCGATTTCTGTGTTTTTAt < 1:141485/143‑1 (MQ=255) aggaggGATGTGACGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGGCAGGTTATCATGGAGGGCAGCAGGAATTCTGGCTCGCGCATTGTGGCGATTTCTGTGTTTTTATCGGCTAtgtg < 1:144846/143‑1 (MQ=255) gcGAGTTGGCCGGTATTAAGACCACATATCCGGATGACAGGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGCCAGGTTATCATGGATGGCAGCAGGAATTCTGGCTCGCGCATTGTGGCGATTTCTGTGTTTTTATCGGCTATGTGGGc < 2:301040/142‑1 (MQ=255) | GGGTCCCTTTTATTGCGTTGATGAAGTTGAACATCTCTGTCCGTGGTGTATTGCGGACGGTTCTGCTGCTGAAAAGTTTGCAGGTAGTTTTCAGGATGATGCCAGCATAGAAGGTGTTGAATTTGAGTATGATGAAGAGGACGAATTTGCCGGTATTAAGAACACATATCCTGATGAAATGCTGAAAGAGTTGGTTGAACGCACGCCAGGTTATCATGGATGGCAGCAGGAATTCTGGCTCGCGCATTGTGGCGATTTCTGTGTTTTTATCGGCTATGTGGGC > NC_000913/3898150‑3898432 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |