| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,183,275 | C→G | 100% | N677K (AAC→AAG) | rpoB → | RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,183,275 | 0 | C | G | 93.5% | 75.8 / 0.1 | 31 | N677K (AAC→AAG) | rpoB | RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (14/15); total (16/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.69e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CTGGTAACTTGCCGTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTG > NC_000913/4183141‑4183408 | cTGGTAACTTGCCGTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCAtt > 2:320544/1‑143 (MQ=255) ttGCCGTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCCGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACCATGACACCCAGCGTGCATTGATCGGTg > 2:224916/1‑143 (MQ=255) aTCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGCGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGAGGGGTGCGAGCATGCAACGTCggg > 2:573717/1‑143 (MQ=255) aTCCAGCTGGTTCCGCCGAGAACATGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAgg < 2:275346/143‑1 (MQ=255) cTTGTTCCGCCGCGCCCAGTTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTc < 2:266085/143‑1 (MQ=255) cTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTc < 2:155206/143‑1 (MQ=255) ttGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACGCAGCAGGGGGTATCCGTCGGTGCGTCCGTGATCCCGTTCCTGGAACACGAGGACGCCGAGCGTGCGTTGATGGGTGCGAACATGCAACGGCACGCCggtgc > 1:73600/1‑139 (MQ=255) aGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGCTGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTGCCGACTCCGCGCGCTGag > 2:213000/1‑142 (MQ=255) aCTACATGGACGTACCCACCCACCAGGTGCTATCCGTCGGCTCGTCCCTGCTCCCGTTCCTGGAACACGATGCCGCCAAGCGTGCATTCATTGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCg < 1:120998/143‑1 (MQ=255) aCATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCtg < 1:327537/143‑1 (MQ=255) ggACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCtggttg < 1:81928/143‑1 (MQ=255) cACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGCTGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTa > 1:30126/1‑143 (MQ=255) aCCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCACCGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTAt > 1:66034/1‑143 (MQ=255) tccAGCGGGGGGTATCCGTCGGGGCGTGCCTTATCTCGTTCATGGAACACGATGACGCCAAGCGTACATTGATGGGTGCCAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCTCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATg < 2:101774/142‑1 (MQ=255) gcagGTGGTATCCGTCGATGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAAc < 2:2172/143‑1 (MQ=255) tggtATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTTATGAGTACAAACATACAACGTGAGGCCGTTCCGGCTCTGCGGCCTGATACGCCGATGATTGGTACTGTGATCGAACATGCt > 2:433671/1‑143 (MQ=255) cGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCACGCGTGCATTTCTGGGTGCGACCACGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATACGCCGCTGGTCGGTACTGGTACCCCACGtgctgctgcac > 2:258863/1‑141 (MQ=255) gTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCAGTCGGGTGGTACTGGGACGGCACGTGCTGTTGCCGt > 1:241048/1‑143 (MQ=255) gTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGAAGCCAAGCGTGCATTGATGGGGGCGAAGAACGCCCGTCAGGCCGGACCGACTCTGCGCGCTGATAGCCCGATGGTAGGTGCTGGTGTGGGACGAGCTgcagcaga > 2:348987/1‑136 (MQ=255) ggTGCGGCCCGCATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCCTTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGa < 1:206341/143‑1 (MQ=255) gTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGGGCTGTCGCCGTTGAc > 2:84172/1‑143 (MQ=255) tGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACt < 1:4081/143‑1 (MQ=255) tCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCgg > 1:571797/1‑143 (MQ=255) cTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGgtgt < 2:162919/143‑1 (MQ=255) tttCCGGGAGCGCGATGACGCCAAGCGTCGATTGCTGGTTGCTGACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCTCTGATAAGCCTCTGGTTTGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGCCTCCGGTGTAACTGCgg < 2:85934/142‑1 (MQ=255) ttCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTCACTGCGGt > 1:498671/1‑143 (MQ=255) ttCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGt > 1:500747/1‑143 (MQ=255) cGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACgtg < 1:251664/143‑1 (MQ=255) cGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTCATACGAAAAAATATGTTGTCGTTGTCTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACgtg < 1:110649/143‑1 (MQ=255) cGATGACGCCAAGCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGAGAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACgtg > 1:517790/1‑143 (MQ=255) ggACGCCGAGCGTGCGGTGAGGGGTGGGGACGTGCAACGTCAGGGCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACgtggtg < 1:201062/142‑1 (MQ=255) | CTGGTAACTTGCCGTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTG > NC_000913/4183141‑4183408 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |