Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 694,189 | G→A | 12.0% | P256L (CCG→CTG) | miaB ← | isopentenyl‑adenosine A37 tRNA methylthiolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 694,189 | 0 | G | A | 12.0% | 66.7 / 4.1 | 34 | P256L (CCG→CTG) | miaB | isopentenyl‑adenosine A37 tRNA methylthiolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/18); new base A (2/2); total (14/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.56e-01 |
GAATATCTGGACGCGCCGCACGCAGTTTACGGATGATCGCTTTGTACTCCAGCGCCGTATGGGTACGGCCCATCAGGTTCAGAATGCGATCGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATATCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGACGCAGCAGATCGGCAAACGATCCGGTGGTGCCGTCGTAGT > NC_000913/694055‑694327 | gAATATCTGGACGCGCCGCACGCAGTTTACGGATGATCGCTTTGTACTCGAGCGCCGTGTGGGTACGGCCCATCCGGGTCAGAATGCGATCGGAACCGCTCTGTACCGGCGGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTATcg > 2:561695/1‑143 (MQ=255) tatCTGGACGCGCCGCACGCAGTTTACGGATGATCGCTTTGTACTCCAGCGCCGTATGGGTACGGCCCATCAGGTTCAGAATGCGATCGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGa < 2:53386/143‑1 (MQ=255) ggACGCGCCGCACGCAGTTTACGGATGATCGCTTTGTACTCCAGCGCCGTATGGGTACGGCCCATCAGGTTCAGAATGCGATCGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCAGCGTGTCGCGATacac > 1:578215/1‑143 (MQ=255) ggACGCGCCGCACGCAGTTTACGGATGATCGCTTTGTACTCCAGCGCCGTATGGGTACGGCCCATCAGGTTCAGAATGCGATCGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCAGCGTGTCGCGATacac > 1:578214/1‑143 (MQ=255) 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2:422501/142‑1 (MQ=255) atgatCGCTTTGTACTCCAGCGCCGTATGGGTACGGCCCATCAGGTTCATAATGCGATCGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATATCGTCGGTGAATTc < 1:572555/143‑1 (MQ=255) gcGCTGTGTACGCCAGCGCCGGATGGGTACGGCCCATCAGGTTCAGACTTCGATCGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATATCGTCGGTGAATTCGATc < 1:65405/142‑1 (MQ=255) tttGTACTCCAGCGCCGTATGGGTACGGCCCATCAGGTTCAGAATGCGATCGGAACCGCTCTGTCCAGGCAGATGCAAGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTACGATGAAGTCGTCGGTGAATCCGATGGGAt > 2:69286/1‑143 (MQ=255) cAGCGCCGTATGGGTACGGCCCATCAGGGTCAGAATGCGATCGGAACCGCTCAGTAACGACAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGACGCGATACACTTCGATCATATAGTCGCTGAACTCGATCGGATGGCtcaggc > 2:415603/1‑138 (MQ=255) ccGTATGGGTACGGCCCATCAGGTTCAGAATGCGATCGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATATCGTCGGTGCATTCGATCGGATGGCTGGTGGCAAAg > 2:348238/1‑143 (MQ=255) 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1:466746/141‑1 (MQ=255) aTCAGGTTCAGAATGCGATCGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATATCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATccc < 1:469159/143‑1 (MQ=255) gTTCAGAATGCCAGCGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGCAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATATCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTAGTAAAGCGAATACGATCGATCCCTTCGa < 2:538036/143‑1 (MQ=255) aggCGATCGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTGCGATGATATCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCgcagc < 1:98498/141‑1 (MQ=255) cGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATATCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGa < 2:229284/143‑1 (MQ=255) cGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATATCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGACgcagc < 1:112164/143‑1 (MQ=255) tACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCAGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATATCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGACGCAGCAGATCgg < 2:578214/143‑1 (MQ=255) tACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCAGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATATCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGACGCAGCAGATCgg < 2:578215/143‑1 (MQ=255) gCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATATCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAACGCGAATACGATCGATCCCGTCGACCGCAGCAACCAGACGCAGCAGATCGGCAAAc > 2:50732/1‑143 (MQ=255) gATGCAGGATGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATATCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAATCAGACGCAGCAGATCGGCAAACGAt < 2:529571/143‑1 (MQ=255) ttGCAGCAGGCCCACCAGCCCTGGCGTGTCCCTTTACATTTCGATGATATCGCCGGTGAACTCGATCGGATGGCCGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGAAACTAGACGCAGCAGACCGGCAAACGATc < 2:195650/142‑1 (MQ=255) tCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATATCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGACGCAGCAGATCGCGAAACGATCCGGTGGTGcca > 2:164436/1‑142 (MQ=255) ccAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATATCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGACGCAGCAGATCGGCAAACGATCCGGTGGTGCcgtcg > 1:521667/1‑143 (MQ=255) cTCCGGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATATCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGACGCGGCAGATCGGCAAACGATCCGGTGGTGCCGTCGTAGt > 1:213533/1‑143 (MQ=255) | GAATATCTGGACGCGCCGCACGCAGTTTACGGATGATCGCTTTGTACTCCAGCGCCGTATGGGTACGGCCCATCAGGTTCAGAATGCGATCGGAACCGCTCTGTACCGGCAGATGCAGGAAGCTCACCAGCTCCGGCGTGTCGCGATACACTTCGATGATATCGTCGGTGAATTCGATCGGATGGCTGGTGGTAAAGCGAATACGATCGATCCCGTCGATCGCAGCAACCAGACGCAGCAGATCGGCAAACGATCCGGTGGTGCCGTCGTAGT > NC_000913/694055‑694327 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |