| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,661,821 | C→G | C104S (TGC→TCC) | iscR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,661,821 | 0 | C | G | 97.7% | 135.8 / NA | 44 | C104S (TGC→TCC) | iscR | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (21/22); total (22/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCAC > NC_000913/2661682‑2661956 | gttGCGTGTCGCGTCGGGAGTAGTGTGACGACCAGACACGTCTAGCACTTCCTGGTTATGAACCAGTTCGCCTTAGCTATTGGTTTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGAtt < 2:318360/141‑1 (MQ=255) gctgcccgtcgtGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTCGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATcg < 1:767732/137‑1 (MQ=255) tGGCGCGTCGTGCGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATcgc < 2:230153/143‑1 (MQ=255) tGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGCTGAGCCCGTCGTCGACACGACGCCACAGCGCGTGGATCAGGGACATATcgc > 2:350044/1‑143 (MQ=255) gcgTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCgccgcc > 2:252628/1‑143 (MQ=255) gtcgtcAGTATGCTCATCACCTGGCGCATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCt < 1:494508/143‑1 (MQ=255) gtcgtGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGATAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGCCAGGGATTTATCGCCCCCCt > 2:351005/1‑143 (MQ=255) tATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCCCGCCACAGCGCGGGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGCCCgccc > 1:246210/1‑142 (MQ=255) tGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAgccgcc > 1:147121/1‑143 (MQ=255) gCTGACGACCGCGCTCATCCCGCGCTCCCTGGTTATTAACCAGGTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCACATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCt < 2:721281/143‑1 (MQ=255) cTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTGCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCtt < 1:171771/143‑1 (MQ=255) acgagCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATCAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCCAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAc < 1:551515/143‑1 (MQ=255) ccAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGTTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTg > 1:98366/1‑143 (MQ=255) cAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGa < 1:100012/143‑1 (MQ=255) tCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGt < 1:252628/143‑1 (MQ=255) aCTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATc < 1:82358/143‑1 (MQ=255) cgtCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCt < 1:745337/141‑1 (MQ=255) ccTCGTTAGTAGCCTGTTCGCCTAAATTAATGTTGTTGCGAAAACCGGTGAGACCGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGAGTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACa < 2:677922/143‑1 (MQ=255) tattaACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACACATTCg > 1:114692/1‑143 (MQ=255) ttaACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTc > 1:341964/1‑143 (MQ=255) aaCCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACACCGGGTGGCATCTCCAGATTCGTCaa > 2:130214/1‑143 (MQ=255) aCCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACGGGTCTATCGGCTTCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGACAGGGATTTATCGCCGACCTGGCAGCCGCCTGTACCCTGACAACGTGTGGACGCTACAGATTCGCCagc > 2:171234/1‑141 (MQ=255) aGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAACCCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGgc < 1:754492/143‑1 (MQ=255) ttCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACGACGGGTGGCCTCTACAGATTCGTGAAGGccgc > 2:10093/1‑143 (MQ=255) gCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGAGTCAGGGATTTACCGCCGCCCTGGCATCCGCCGGTACCCCGACAACGGGCGGCGTCGCCAGACTGGACAACGgcaccac > 2:681028/1‑138 (MQ=255) aGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACtt < 1:225067/143‑1 (MQ=255) tgttgtTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATATCAAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCa > 1:751522/1‑143 (MQ=255) gttgttGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCaa < 1:385594/143‑1 (MQ=255) tgttgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACg > 1:475503/1‑143 (MQ=255) ttgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTACTTACTTCGCCACCGGc > 1:230542/1‑143 (MQ=255) ttgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGc > 1:6655/1‑143 (MQ=255) ttgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGc < 1:479807/143‑1 (MQ=255) ttgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCAGCTACAGATTCGTCAACGGCGCGGATGACTTCGCCAACGGc > 1:708705/1‑143 (MQ=255) gagaAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGa < 1:554090/143‑1 (MQ=255) agaAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGAGTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCCCCAACGGCGAt > 1:625788/1‑143 (MQ=255) aCCGTTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGGTAATTACTTCGCCAACGGCGAtgctgc < 2:98366/143‑1 (MQ=255) aCCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGAtgctgc > 1:491292/1‑143 (MQ=255) gTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGc < 1:27956/143‑1 (MQ=255) tCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTCCTGGCACCTTTGCCTAAc > 2:256392/1‑143 (MQ=255) cgaTCGCGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGCCAACGGGTGGCATCTACTGATTCGTCAACGGCGCTAACTCCTGCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAg < 2:282312/141‑1 (MQ=255) cacaGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCGAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCCAACAGCTTaccacc > 1:38762/1‑143 (MQ=255) gTGGGTGAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTc < 2:713054/143‑1 (MQ=255) gggTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTGCCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTCGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCa < 2:586008/143‑1 (MQ=255) ggTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCAc > 1:627808/1‑143 (MQ=255) | GGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCAC > NC_000913/2661682‑2661956 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |