Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 802,778 | G→T | V298L (GTG→TTG) | ybhI → | putative tricarboxylate transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 802,778 | 0 | G | T | 76.7% | 33.6 / 9.2 | 31 | V298L (GTG→TTG) | ybhI | putative tricarboxylate transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/5); new base T (12/11); total (14/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.01e-01 |
TGGATAACAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAG > NC_000913/802638‑802913 | tGGATAACAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTCGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCTTg < 1:304601/143‑1 (MQ=255) ggATAACAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGCACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGGGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCTTgg > 1:93934/1‑143 (MQ=255) tAACAAAACCATCGCTAAAGCGGTACTTGCCGAACTAGGACCGATGAAACTCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGGATTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCGCTGGGGGTTGATGAATCCACCTTGGCaa < 1:507716/143‑1 (MQ=255) cAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGAGTCTGTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTGTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCTTGGCAATCg > 2:215418/1‑143 (MQ=255) gCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGCTTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGGTGAGTCCCCCTTGGCAATCGTTGTTATGGCAAccct > 1:519019/1‑141 (MQ=255) gggCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAGAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTAGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCAtgc < 2:406272/143‑1 (MQ=255) ttcccaaCTAGGAGCGATGAAAATCCGCGAACAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCTTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCAtgctgctgc < 2:218219/138‑1 (MQ=255) cGACCTAGGGCCGATGAAACGCCGCCAAAAAATGCTGCTCGGTGTCGTTGTGGTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTgg < 2:306349/143‑1 (MQ=255) cGAACTAGGACCGATCAAATTCCGCGAAAATATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTgg < 1:315190/143‑1 (MQ=255) gATGACAATCCGCGAAAAAGTGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTAGATGAATCCACCTTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCt < 2:330397/143‑1 (MQ=255) gATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGAATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCTTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCt > 1:716375/1‑143 (MQ=255) aaaTCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCAACCTTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGGTGGGTATCGTTACCTGGGaa > 1:53419/1‑143 (MQ=255) gggAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCTTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTg < 1:546016/141‑1 (MQ=255) gagAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTATCAGTAAGGCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCTTGGCAATCGTTGTTATTGCAACCATGAGGCTGCTGGGTATCGTTACATGGGAAGACGTg > 2:325401/3‑143 (MQ=255) cgAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGCTAGTTAAGCTGTGTTGATGAATCCACCTTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTgg < 1:582196/143‑1 (MQ=255) aaaaaTGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGtga > 1:604116/1‑141 (MQ=255) aaggctgccCGGTGTCGTTGGGCGGGCGCGGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTaaaa < 2:604116/140‑1 (MQ=255) gctgctCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCTTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGCTCAAAATa > 2:749403/1‑143 (MQ=255) tgctCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGGATCCACCTTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGCAGACGTGGTTAAAAATaaa > 2:788498/1‑143 (MQ=255) tttGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCTTGGCAGTCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTAACTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGaa > 1:68663/1‑143 (MQ=255) ttGTGCTGGCGCTGCTGGGGTGGATTTTCAGTAAGTCGCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATAGTTGTTAGGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAAt < 2:690123/143‑1 (MQ=255) gctgctGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCTTGGCAATCCTTGTTATGGCAACCCTGCTGCTGCTGGGTATCGTTGCCTTGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGAGGCTGGAATACCTTAAtat > 1:380797/1‑141 (MQ=255) ctggATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCTTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGGTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGATTACCTTTGTCTGTTAcggcg > 1:281558/1‑143 (MQ=255) ctggATTTGCAGTAAGTCTCCGGGGGTTGATGAAGCCACCTTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGTCGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTAcggcg < 1:763585/143‑1 (MQ=255) tggATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGACGACGTGGGTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTCcggcgg > 2:449428/1‑143 (MQ=255) tAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCTTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCt > 1:757726/1‑143 (MQ=255) ctGGGGGTTGATGAATCCACCTTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTc < 2:657801/143‑1 (MQ=255) tGGGGGTTGCTGACTGCAGGTTGGCAATCGTTGTTATGGCAGCCATGCTGCTGCGGGGTATCGTTACCTGGGAAGGCGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTAGTATCGGCTTAAGCTcc < 2:346127/143‑1 (MQ=255) tGGGGGTTGATGACTCCACCTTGGCTATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTcc < 1:631064/143‑1 (MQ=255) gTTGATGAATCCACCATGGCAAACGATGTTATGGCAACGATGCTGCGGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCttatt < 1:120180/143‑1 (MQ=255) aTCCACCTTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGCTATTATCGGCTGAAGCTCCTTATTATCGAAAg < 2:416614/143‑1 (MQ=255) | TGGATAACAAAACCATCGCTAAAGCGGGCCTTGCCGAACTAGGACCGATGAAAATCCGCGAAAAAATGCTGCTCGGTGTCTTTGTGCTGGCGCTGCTGGGCTGGATTTTCAGTAAGTCTCTGGGGGTTGATGAATCCACCGTGGCAATCGTTGTTATGGCAACCATGCTGCTGCTGGGTATCGTTACCTGGGAAGACGTGGTTAAAAATAAAGGCGGCTGGAATACCTTAATCTGGTACGGCGGTATTATCGGCTTAAGCTCCTTATTATCGAAAG > NC_000913/802638‑802913 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |