| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,405,158 | (A)8→7 | intergenic (‑86/+545) | nuoA ← / ← lrhA | NADH:quinone oxidoreductase subunit A/DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,405,151 | 0 | A | . | 98.2% | 235.7 / ‑3.4 | 54 | intergenic (‑79/+552) | nuoA/lrhA | NADH:quinone oxidoreductase subunit A/DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base . (29/24); total (30/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAAGAAAGATAGCGAATGCCCAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAATAAAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACATTAGTTTACATAATATCAACACCATTAGCATT > NC_000913/2405012‑2405289 | tAAGAAAGATAGCGAATGCCCAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAATaaaa > 1:20518/1‑143 (MQ=255)tAAGAAAGATAGCGAATGCCCAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAATaaaa < 1:653833/143‑1 (MQ=255) aaagaTAGCGAACGCCCAGTGAGGGGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAATaaaaaaac < 1:319245/143‑2 (MQ=255) aTGCCCAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGCGGCAT‑AAAAAAACCTTCCAATCAc > 2:744216/1‑143 (MQ=255) 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1:392668/143‑1 (MQ=255) ttCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGCAT‑AAAAAAACCTTCCAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGc > 2:46063/1‑143 (MQ=255) ttCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGc > 1:563723/1‑143 (MQ=255) gTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAAt > 1:555626/1‑143 (MQ=255) taTGTCGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTACACCGCAGATGGAAGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGa < 2:451377/142‑1 (MQ=255) aTACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACCTCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACCGCTAACTGGTGTGGgttt > 1:649917/1‑143 (MQ=255) 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2:456866/143‑1 (MQ=255) acaTCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACATTAGTTTACataata < 1:896471/143‑1 (MQ=255) acaTCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACATTAGTTTACataata > 2:7014/1‑143 (MQ=255) aTCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACATTAGTTTACataat < 2:294703/140‑1 (MQ=255) aTCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACATTAGTTTACataat > 1:294703/1‑140 (MQ=255) aTCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACATTAGTTTACATAATATc < 2:244252/143‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |