| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,661,821 | C→G | C104S (TGC→TCC) | iscR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,661,821 | 0 | C | G | 97.3% | 107.4 / NA | 37 | C104S (TGC→TCC) | iscR | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (20/16); total (21/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
GGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACG > NC_000913/2661682‑2661957 | ggTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCCGGGAtt > 1:544933/1‑143 (MQ=255) tGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCCCTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATcgc < 1:878200/143‑1 (MQ=255) gcgcGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCGTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGGCGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATcgccg > 2:829492/1‑143 (MQ=255) gtcgtGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGGCAGGGATCTATCGCCGCCCt > 1:839504/1‑143 (MQ=255) cgtGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAATACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTgg < 2:436033/143‑1 (MQ=255) agtGAGTATGCCGACACCCGAAGATATTCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTgg < 1:858599/142‑1 (MQ=255) acgacCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTCTCGCCGCCCAGCCAGCCGCCTTTAc > 1:614606/1‑143 (MQ=255) acgacCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAc > 1:79194/1‑143 (MQ=255) cAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGCGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGa > 1:250532/1‑143 (MQ=255) ccAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGCTTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGCTg > 1:324478/1‑143 (MQ=255) ccAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTg < 2:471211/143‑1 (MQ=255) ccAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTg < 1:795683/143‑1 (MQ=255) aCTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATc > 2:200937/1‑143 (MQ=255) aCTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGACGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATGTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCGTc > 1:279598/1‑143 (MQ=255) ccTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATTTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACa < 1:396607/143‑1 (MQ=255) cTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTCTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAg > 2:550947/1‑143 (MQ=255) tGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCATGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGa < 1:422847/143‑1 (MQ=255) tGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGa < 1:313589/143‑1 (MQ=255) ttccccAGTTCGCCTCTAGTCATGTTGTTGAGAAAACCGGTTAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTTGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTc < 2:813986/139‑1 (MQ=255) gCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTaa > 1:480924/1‑143 (MQ=255) cTAAAGTAATGTAGTTGAGAAATCCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAAtt < 2:236429/143‑1 (MQ=255) tAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGGGACGCTCGCTGAAATCACGCCCCAGGGCTTGGGAGAGCCATGTATCGGCGCCGTGGCCGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCGTCTACAGAGTCGTCAACGCCGCTAAtgg > 2:649653/1‑141 (MQ=255) tgttgtTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCa > 2:584683/1‑143 (MQ=255) gttgttGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTCCGCCac > 2:396348/1‑142 (MQ=255) gttgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGCCGCTAATTACTTCGCCAACga > 2:723165/1‑142 (MQ=255) ttgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGTATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATGACTTCGCCACCGGc > 1:570607/1‑143 (MQ=255) agaAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCCTGGGTCAGGGGTTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTGTACCCTGACAACGGGCGACATCTACAGATTCGTCCACCTGGCGGACTTCTTCGCCAACGGCGAt > 2:357734/1‑143 (MQ=255) gagaCGGTCGCTCAGATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCAt < 2:259922/143‑1 (MQ=255) agaCGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTCCACATTCGTCAACAGCGCTAATTACTTCGGCAACGGCGATGCTGCCGGCATc > 2:241466/1‑143 (MQ=255) cGGTCTCTCAAATCCCGCCACACCGCGTGGGTCAGGGACTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTTGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCttt < 1:374956/143‑1 (MQ=255) cGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCTGCCTTTTCCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCttt < 2:404215/143‑1 (MQ=255) cTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTaa < 1:859559/143‑1 (MQ=255) aTCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTTCCGAACCGAt > 1:792229/1‑143 (MQ=255) cGCCAGCGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGGCGCGCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAacc < 2:666607/143‑1 (MQ=255) cacaGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAaccacc < 1:550947/143‑1 (MQ=255) ggTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGACAACCACGGCCTGGTCCAc > 1:400057/1‑143 (MQ=255) gTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATGACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACg > 1:462606/1‑143 (MQ=255) | GGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACG > NC_000913/2661682‑2661957 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |