| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,661,821 | C→G | 100% | C104S (TGC→TCC) | iscR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,661,821 | 0 | C | G | 100.0% | 155.2 / NA | 48 | C104S (TGC→TCC) | iscR | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (28/20); total (28/20) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGT‑GGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACG > NC_000913/2661681‑2661957 | gggTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACTAGCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGT‑GGGTCAGGGAt < 1:1010279/143‑1 (MQ=255)gggTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGCCGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCTA‑GGGTCAGGGAt > 2:410966/1‑143 (MQ=255) gcggggTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGT‑GGGTCAGGGAtt < 1:618416/138‑1 (MQ=255) gcgTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGT‑GGGACAGGGATTTATCgccgcc > 2:238523/1‑143 (MQ=255) 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< 2:836620/143‑1 (MQ=255) caTCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGT‑GGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTCCCCTGCCACCgg > 1:334539/1‑143 (MQ=255) ttgaGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGT‑GGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGt < 1:53099/140‑1 (MQ=255) ccAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGT‑GGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCGGCCGCCTTTACCCTGGCAGCggggc > 1:847554/1‑141 (MQ=255) ccAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGT‑GGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTg > 2:944225/1‑143 (MQ=255) ccAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGT‑GGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTg > 1:209235/1‑143 (MQ=255) ccAGCACTTCCTGGTTATTAAACAGAACGCCTACAGTAATGTTTTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGT‑GGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTg > 1:203958/1‑143 (MQ=255) aCTTCCTGTTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGT‑GGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATc < 2:356291/143‑1 (MQ=255) ggTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCGTGAATCACGCAACAGCGCGT‑GGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGGAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGAt > 2:126795/1‑143 (MQ=255) ttattaACCAGTTCGCCTCAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGT‑GGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTc < 2:855204/143‑1 (MQ=255) attaACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGT‑GGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGt < 2:1063496/143‑1 (MQ=255) aCCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGT‑GGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCacc 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< 1:511240/142‑1 (MQ=255) ccGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGT‑GGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATgctgct < 2:481035/143‑1 (MQ=255) cGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGT‑GGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGctgctg < 1:1063768/143‑1 (MQ=255) tGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCCAATTACTTCGCCAACGGCGATGCCGCTGGc > 2:516923/1‑143 (MQ=255) cGGTCGCTCAAATCACGCCTCGGCGCGT‑GGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCttt < 2:189466/143‑1 (MQ=255) cGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGT‑GGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCGTTACCCTGACCACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTCCTTCGCCCACGGCGATGCTGCTGGCCTCttc > 1:546455/1‑142 (MQ=255) 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< 1:962710/143‑1 (MQ=255) gatagtaCGCCACAGCGCGT‑GGGTCAGGGATTTATCGCCGCCGTGGCAGCCGCCTGTACGCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACa < 2:707119/137‑1 (MQ=255) aaaTCACGCCACAGCGCGT‑GGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAg > 2:794887/1‑143 (MQ=255) ggTCAGTGATTTATCGCCGCTCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCGAATTACTTCGCCCACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCAc < 1:901900/143‑1 (MQ=255) gTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGTCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTCACAGATCACCACCGCCGCGTCCACg > 2:907533/1‑143 (MQ=255) gTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACGCTGACAACGTGGCGCACCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTCTACCTCACAGATGACCACCGCCTGGTCCACg > 2:478760/1‑143 (MQ=255) | GGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGT‑GGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACG > NC_000913/2661681‑2661957 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |