| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,672,640 | G→T | 6.8% | Q198H (CAG→CAT) ‡ | hcaD → | putative 3‑phenylpropionate/cinnamate dioxygenase ferredoxin reductase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,672,640 | 0 | G | T | 6.8% | 157.6 / 3.4 | 60 | Q198H (CAG→CAT) ‡ | hcaD | putative 3‑phenylpropionate/cinnamate dioxygenase ferredoxin reductase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/24); new base T (2/2); total (34/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.64e-01 | |||||||||||
CCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTG‑CCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTATCAGCGCCAACGAGCAAC > NC_000913/2672501‑2672779 | tcGGACCTATTGGTCTGG‑GCTGGCTGTGCAGCGCCGCGCAGCGCAGATGTAGGGTGACAGTGCTTGAGCTGGGGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCGCCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAggtt < 2:141293/142‑3 (MQ=255) gAACTATTGGTCTGGAACTGGCTG‑CCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGAACGAAACTAGTCGTCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGgt > 2:1038348/1‑143 (MQ=255) aCTATTGCTCTGCAACTGGCTG‑CCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCCTGCTGgtgg < 1:803542/143‑2 (MQ=255) cTATTGGTCTGGAACTGGCTG‑CCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGCACACCAGCCTGCTGgtgg < 1:852760/143‑2 (MQ=255) gaTTGGTCTGGAACGGGCTG‑CCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGGCAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTgc < 2:521259/142‑1 (MQ=255) aTTGGTCTGGAACTGGCTG‑CCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTgcg > 1:731248/1‑143 (MQ=255) tCTGGCACTGGCTG‑CCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCAGTGCAACGCTAGCTTCTACAGGGC‑CACCAGCCGGCTGGTGATCGCAGTc > 2:889824/1‑143 (MQ=255) tCTGGAACTGGCTG‑CCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGGAGGCGGGGGTGCGCATTc > 2:258975/1‑143 (MQ=255) tCTGGAACTGGCTG‑CCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTc > 2:979159/1‑143 (MQ=255) 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aaCTGGCTG‑CCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACGGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTc < 1:777836/143‑1 (MQ=255) cTGGCTG‑CCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCaa > 2:878624/1‑143 (MQ=255) gCTG‑CCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCaataa > 1:14867/1‑143 (MQ=255) ccAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCCATCATGcc > 2:302153/1‑143 (MQ=255) cccgcccACGCAGCGCAGATGTTCGGTGCCACTGATTGAACTGGCGGCAGCCGTCATGGGCCGTAACGCACCACCGCCCGTGCAACGCTACCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGAGCGCATTCTGCTCAATAATGCCa < 2:565236/138‑1 (MQ=255) 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1:334284/143‑1 (MQ=255) cACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCACGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAAc > 1:503581/1‑143 (MQ=255) aCGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGATATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCACTAATGCCATTGAACa > 1:1067543/1‑143 (MQ=255) aCGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGGGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCGGGCTGGTGTGCGCATTGTGCTCAATAAGGCGATTGAAcg > 1:278161/1‑142 (MQ=255) cagcgcatATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTTCTCAATAATGCCATTGAACAtgt < 2:130785/143‑1 (MQ=255) cagcgcagATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAAGCGTGAGGGGCCGTAATGCACCACAGGCAGTGAAACGGTATCTTTTACAGGGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCAGTCTGATAGATAATGCGATTggaacggc > 2:214352/1‑136 (MQ=255) 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aCTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTTAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGc < 1:693093/143‑1 (MQ=255) aCTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCGATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGc < 1:912794/143‑1 (MQ=255) tGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCACTGAACATGTGGTCGCTGGTGGAACAGTAG‑AACTGGCGCTg > 2:538467/1‑143 (MQ=255) gcggcAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAGCGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGCTGCa > 1:217810/1‑143 (MQ=255) gcAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGCTGCAAAg < 1:979159/143‑1 (MQ=255) cAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGACGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGCTGCAAAga > 1:334394/1‑142 (MQ=255) aCCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAGCGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGCTGCAAAGTgg < 2:217810/143‑1 (MQ=255) cGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGCTGCAAAGTgggg > 1:297279/1‑143 (MQ=255) gTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCCTTGAACATGTGGTCGCTGGTGGGAAAGTAG‑AACTGACGCTGCAAAGTGAGGa > 1:128340/1‑143 (MQ=255) gggcGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTCCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACGGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCt < 1:25622/140‑1 (MQ=255) ccGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTc < 1:288818/143‑1 (MQ=255) ccGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTc > 1:73406/1‑143 (MQ=255) aTGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGCTGCCAAGTGGGGGAACGCTTCAGGca > 1:732830/1‑142 (MQ=255) aTGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCACCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATACTGCCATTGAACATGTCGTCGATGGTACAAAAGTAG‑AACTGACGCTCCAAAGTCGGGAAACGCTGCAGGcc > 2:341204/1‑142 (MQ=255) tGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑TACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTAc < 1:1038348/143‑1 (MQ=255) gCTATCTGTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTAtt < 1:412235/143‑1 (MQ=255) cTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGGATCAGGCCGACGCGGCGACCTACGGTAGTg > 2:922558/1‑143 (MQ=255) cTACCTTTTACAGCGC‑GAGCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTg < 1:628654/143‑1 (MQ=255) cAGCGC‑TACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTATCAgcgc < 1:305943/143‑1 (MQ=255) aGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTATCAGCGcc > 1:315436/1‑143 (MQ=255) 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caccaGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTATCAGCGCCAACGa < 1:1035943/143‑1 (MQ=255) caccaGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTATCAGCGCCAACGa < 2:933085/143‑1 (MQ=255) caacagcagGCGGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTATCAGCGCCAACGa < 1:521542/140‑1 (MQ=255) caggagGGTGGTGTGCGCATTCTGGTGGACAATGCCAGTGAACAGGTGGTTGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGCTGTAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTATCAGCGCCAACGAGCa < 2:734102/143‑1 (MQ=255) agcagGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTATCAGCGCCAACGAGCaa > 1:698098/1‑143 (MQ=255) gccggCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTATCAGCGCCAACGAGCAAc < 1:258975/140‑1 (MQ=255) | CCGGAACTATTGGTCTGGAACTGGCTG‑CCAGCGCCACGCAGCGCAGATGTAAGGTGACAGTGATTGAACTGGCGGCAACCGTCATGGGCCGTAATGCACCACCGCCCGTGCAACGCTATCTTTTACAGCGC‑CACCAGCAGGCTGGTGTGCGCATTCTGCTCAATAATGCCATTGAACATGTGGTCGATGGTGAAAAAGTAG‑AACTGACGCTGCAAAGTGGGGAAACGCTTCAGGCTGATGTGGTGATTTACGGTATTGGTATCAGCGCCAACGAGCAAC > NC_000913/2672501‑2672779 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |