| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,934,086 | A→G | 6.2% | intergenic (‑398/‑149) | fucA ← / → fucP | L‑fuculose‑phosphate aldolase/L‑fucose:H(+) symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,934,086 | 0 | A | G | 6.2% | 183.8 / 2.0 | 64 | intergenic (‑398/‑149) | fucA/fucP | L‑fuculose‑phosphate aldolase/L‑fucose:H(+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (29/31); new base G (2/2); total (31/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
CGGCACAAACAATTAATACGGTCATCTGATTTGTGTTTTTTATGATTTATTTTCTGAAACGGGCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGATATGAAGCCCGAACTCGCTGGTTTTGCACTTTTGAAAACATAACCGATTACGTGCTTAAGCTTCTGAACCTAAGAG > NC_000913/2933948‑2934228 | cGGCACAGACAATTAATGCGGTCATCTGATTTGTGTTTTTTATGATTTATTTTCTGAAACGGGCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTAc < 2:588017/143‑1 (MQ=255) ggCACAAACAATTAATACGGTCATCTGATTTGTGTTTTTTATGATTTATTTTCTGAAACGGGCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACa < 1:1042448/143‑1 (MQ=255) ggCACAAACAATGAATACGGTCATCTGATTTGTGTTTTTTATGATTTATTTTCTGAAACGGGCATGAAATTTCGAATAGTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACa < 1:399897/143‑1 (MQ=255) gCACAAACAATTAATACGGTCATCTGATTTGTGTTTTTTATGATTTATTTTCTGAAACGGGCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACag > 1:799064/1‑143 (MQ=255) acaaacaaTTAATACGGTCATCTGATTTGTGTTTTTTATGATTTATTTTCTGAAACGGGCATGAAATTTCGATTATTACAATGATGGTAGTGACATAAAGACACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACagag > 1:729104/1‑143 (MQ=255) caaacaaTTAATACGGTCATCTGATTTGTGTTTTTTATGATTTATTTTCTGAAACGGGCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGc > 1:469395/1‑143 (MQ=255) aaTTAATACGGTCATCTGATTTGTGTTTTTTATGATTTATTTTCTGAAACGGGCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTATAGCTTATAAGTGTGACGGCCGTCATATTACAGAGCGtttt < 2:647226/143‑1 (MQ=255) aTTAATACGGTCATCTGATTTGTGTTTTTTATGATTTATTTTCTGAAACGGGCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATGTTACAGAGCGttttt > 1:678122/1‑143 (MQ=255) aTTAATACGGTCATCTGATTTGTGTTTTTTATGATTTATTTTCTGAAACGGGCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATGTTACAGAGCGttttt > 1:563529/1‑143 (MQ=255) tattACTGTCATCTGATTTGTGTTTTTTATGATTTCTTTTCTGCAACGGGCATGAAATTTCGCTTATCAGAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGCCCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTa < 2:516104/140‑1 (MQ=255) aaTACGGTCATCTGATTTGTGTTTTTTATGATTTATTTTCTGAAACGGGCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTAt < 1:736753/143‑1 (MQ=255) tACTGTTATCTGATTTTTGTTTTTTATGATTTATTTTCTGAAACCGGCATGTACTTTCGTGTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTAttt < 2:121392/143‑1 (MQ=255) tACGGTCATCTTATTTGTGTTTTTTATGATCCATAATCATAAACTGGCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTAttt < 1:725858/143‑1 (MQ=255) aCGGTCATCTGATTTGTGTTTTTTATGATTTATTTTCTGAAACGGGCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTg < 1:885082/143‑1 (MQ=255) ggTCATCTGATTTGTGTTTTTTATGATTTATTTTCTGAAACGGGCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGaa < 1:503577/143‑1 (MQ=255) 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1:223541/143‑1 (MQ=255) ttttttATGATTTATTTTCTGAAACGGGCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGtt > 1:397000/1‑143 (MQ=255) tttATGATTTATTTTCTGAAACGGGCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCAt < 2:983381/143‑1 (MQ=255) tGATTTATTTTCTGAAACGGGCTTGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCa < 2:692191/143‑1 (MQ=255) tGATTTATTTTCTGAAACGGGCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCa < 1:53444/143‑1 (MQ=255) tttCTGAAACGGGCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTTTTTTTTTATGAATCCATAAGCTGATTTCAGACatggt > 2:553740/1‑139 (MQ=255) 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1:298806/1‑143 (MQ=255) aCGGGCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCa < 1:554883/143‑1 (MQ=255) gggCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCTCCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACt < 2:423412/143‑1 (MQ=255) cATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGat > 2:1016216/1‑143 (MQ=255) tGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGatat < 1:415667/143‑1 (MQ=255) tGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCAAGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGatat > 2:1056534/1‑143 (MQ=255) 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2:492034/1‑141 (MQ=255) ttaAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGATATGAAGCCCGAACTCg > 1:709924/1‑143 (MQ=255) aaGGGATGGTAGTCACATAAAGTCACGTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGATATGAAGCCCGAACTCGCTg < 2:742035/143‑1 (MQ=255) tGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTAAAGAGCGTATTTTATTTGAAAATGAATCCAGGAGATCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGATATGAAGCCCGAACTCGCTGGtt > 1:151490/1‑143 (MQ=255) tCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGATATGAAGCCCGCACTCGCTGGTTTTGCACttt > 2:309446/1‑143 (MQ=255) cacaTAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGATATGAAGCCCGAACTCGCTGGTTTTGCACtttt < 2:773721/143‑1 (MQ=255) acaTAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGATATGAAGCCCGAACTCGCTGGTTTTGCAATTTTg > 2:687185/1‑143 (MQ=255) caTAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATGTTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGATATGAAGCCCGAACTCGCTGGTTTTGCACTTTTGa < 2:563529/143‑1 (MQ=255) caTAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATGTTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGATATGAAGCCCGAACTCGCTGGTTTTGCACTTTTGa < 2:678122/143‑1 (MQ=255) aTAAAGTCACCTTGTAGCTAATCAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGCGCGTTTTTTATTTGACAATGCCTCCATGATTTTATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGATATGAAGCCCGAACTCGCTGGTTTTGCACTTTTGaa < 2:760907/143‑1 (MQ=255) tCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGATATGAAGCCCGAACTCGCTGGTTTTGCACTTTTGAAAAGATa > 2:276206/1‑143 (MQ=255) aCCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGATATGAAGCCCGAACTCGCTGGTTTTGCACTTTTGAAAACATAAc > 1:231739/1‑143 (MQ=255) ccTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGATATGAAGCCCGAACTCGCTGGTTTTGCACTTTTGAAAACATAccc > 1:635017/1‑143 (MQ=255) ttCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGATATGAAGCCCGAACTCGCTGGTTTTGCACTTTTGAAAACATAACCgc > 1:61338/1‑142 (MQ=255) aGCTAATTAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTCTTATTTGAAAATGAAGCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGATATGAAGCCCGAACTCGCTGGTTTTGCACTTTTGAAAACATAACCGATTAc < 1:255473/143‑1 (MQ=255) aGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGATATGAAGCCCGAACTCGCTGGTTTTGCACTTTTGAAAACATAACCGATTAc < 2:729104/143‑1 (MQ=255) cTAATAAGTGTCACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATACTCACTGATGTGAAGCCCGAACTCGCTGGTTTTGCACTTTTGAAAACATAACCGATTACGt < 1:613200/143‑1 (MQ=255) aataaGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGATATGAAGCCCGAACTCGCTGGTTTTGCACTTTTGAAAACATAACCGATTACGTGc > 2:822277/1‑143 (MQ=255) gtgtGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGATATGAAGCCCGAACTCGCTGGTTTTGCACTTTTGAAAACATAACCGATTACGTGCTTAAg > 2:206616/1‑143 (MQ=255) tgtgACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGATATGAAGCCCGAACTCGCTGGTTTTGCACTTTTGAAAACATAACCGATTACGTGCTTAAga > 1:84416/1‑142 (MQ=255) tgtgACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTACTTCACAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGCTATGAAGCCCGAACTCGCTGGTTTTGCACTTTTGAAAACATAACCGATTACGTGCTTAAGc < 1:41586/143‑1 (MQ=255) tCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAATTGAATCCATGATTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGTTTTGAAGCCCGAACTCGCTGGTTTTGCACTTTTGAAAACATAACCGATTACTTGCTTAAGCTTCTTAACCtt > 2:847966/1‑142 (MQ=255) tatatTACAGAGCGTTTTTTATTTAAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGATATGGAGCCCGAACTCGCTGGTTTTGCACTTTTGAAAACATAACCGATTACGTGCTTAAGCTTCTGAACCTaa < 1:150535/142‑1 (MQ=255) atTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGATATGAAGCCCGAACTCGCTGGTTTTGCACTTTTGAAAACATAACGGATTACGTGCTTAAGCTTCTGAACCTAagag > 1:652007/1‑143 (MQ=255) | CGGCACAAACAATTAATACGGTCATCTGATTTGTGTTTTTTATGATTTATTTTCTGAAACGGGCATGAAATTTCGATTATTAAAGTGATGGTAGTCACATAAAGTCACCTTCTAGCTAATAAGTGTGACCGCCGTCATATTACAGAGCGTTTTTTATTTGAAAATGAATCCATGAGTTCATTTCAGACAGGCAAATATTCACTGATATGAAGCCCGAACTCGCTGGTTTTGCACTTTTGAAAACATAACCGATTACGTGCTTAAGCTTCTGAACCTAAGAG > NC_000913/2933948‑2934228 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |