| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,754,704 | A→T | 7.8% | intergenic (‑276/+269) | yiaW ← / ← aldB | DUF3302 domain‑containing protein YiaW/aldehyde dehydrogenase B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,754,704 | 0 | A | T | 7.8% | 184.0 / 6.8 | 66 | intergenic (‑276/+269) | yiaW/aldB | DUF3302 domain‑containing protein YiaW/aldehyde dehydrogenase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/29); new base T (3/2); total (34/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
ACAGGACGAGGTTTATCATATTGAAATAGTGGAACTATTGGCCAAACTAATGAATAACTCCAGTAAAACATCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAAC > NC_000913/3754562‑3754844 | acacGACGAGGTAGATCATATTGAAATAGGGGAACTATTGGCCAAACTAATGAATAACTCCAGTAAAACACCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGCTTATCGCTGATTGACCCCGGATCAGCaa > 2:232078/1‑143 (MQ=255)aCAGGACGAGGTTTATCATATTGAAATAGTGGAACTATTGGCCAAACTAATGAATAACTCCAGTAAAACATCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTACTGATTGGCCTAGGATCACCaa > 2:508699/1‑143 (MQ=255) cAGGACGAGGTTTATCATATTGAAATAGTGGAACTATTGGCCAAACTAATGAATAACTCCAGTAAAACATCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAAt > 1:899108/1‑143 (MQ=255) aGGACGAGGTTTATCATATTGAAATAGTGGAACTATTGGCCAAACTAATGAATAACTCCAGTAAAACATCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATg < 2:702836/143‑1 (MQ=255) 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1:377664/1‑143 (MQ=255) atTGAAATAGTGGAACTATTGGCCAAACTAATGAATAACTCCAGTAAAACATCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGGGATTTACGGCCTGGt > 2:921007/1‑143 (MQ=255) tGAAATAGTGGAACTATTGGCCAAACGAATGAATAGCTCCAGTAAAACATCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTc < 1:260695/143‑1 (MQ=255) aaaTAGTGGAACTATTGGCCAAACTAATGAATAACTCCAGTAAAACATCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGc < 2:688999/143‑1 (MQ=255) aaTAGTGGAACTATTGGCCAAACTAATGAATAACTCCAGTAAAACATCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGcc < 1:435371/143‑1 (MQ=255) aTAGTGGAACTATTGGCCAAACTAATGAATAACTCCAGTAAAACATCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGccc > 2:351706/1‑143 (MQ=255) tAGTGGAACTATTGGCCAAACTAATGAATAACTCCAGTAAAACATCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCg < 2:12435/143‑1 (MQ=255) tAGTGGAACTATTGGCCAAACTAATGAATAACTCCAGTAAAACATCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCg < 2:145332/143‑1 (MQ=255) aaCTATTGGCCAAACTAATGAATAACTCCAGTAAAACATCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCAcc > 2:376298/1‑143 (MQ=255) aaCTATTGGCCAAACTAATGAATAACTCCAGTAAAACATCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGATTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTcccc > 2:739999/1‑143 (MQ=255) aCTATTGGCCAAACTAATGAATAACTCCAGTAAAACATCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCAcac > 1:506526/1‑141 (MQ=255) tATTGGCCAAACTAATGAATAACTCCAGTAAAACATCCACAGTACAGATTAAACGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGATGATTGGCCTCGGATCACCAATGGAGATTTACAGGCTAGTTCGACCGCTCataata > 2:181948/1‑138 (MQ=255) aTTGGCCAGACTAATGAATAACTCCAGTAAAACATCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCg < 2:411551/143‑1 (MQ=255) ttGGCCAAACTAATGAATAACTCCAGTAAAACATCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGa > 1:73419/1‑143 (MQ=255) ttGGCCAAACTAAAGAATAACTCCAGTAAAACATCCACAGTACAGATGAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATTGTGGTTTACGGCCTTCTTGGCCCGCGCACCCTCGa > 2:135136/1‑143 (MQ=255) tGGCCAAACTAATGAATAACTCCAGTAAAACATCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGaa < 2:716928/143‑1 (MQ=255) ggCCAAACTAGTGAATAACTCCAGTAAAACATCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCGTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGaaa < 2:713875/143‑1 (MQ=255) 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2:226619/1‑143 (MQ=255) cAGTAAAACATCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTCATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACa > 1:457903/1‑143 (MQ=255) tAAAACATCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACaaaa < 2:39352/143‑1 (MQ=255) cacaGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCa < 1:953194/143‑1 (MQ=255) cacaGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGGGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCCCACCAGCGGAAGGCCAGAGTAAACTCCTGACAAAACACGccccc > 1:262305/1‑142 (MQ=255) tACAGATTAAGCGTATTAAATCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCACAAAc < 2:529227/143‑1 (MQ=255) tAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTTACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTc > 1:746079/1‑143 (MQ=255) gCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGCAACGTACTTCTGt > 1:152571/1‑143 (MQ=255) cggaTTAAAGCTTCAATTAGCTACCGTTTATTGGGGAGTGGCCTCGGATCACCAAGGGTGGTGTACGGCCTGGTGCGGCAGCTACACATCGAAACGCGAGATTAAACGCCTGACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGtt < 1:1017026/140‑1 (MQ=255) cGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGtt < 2:487811/143‑1 (MQ=255) tATTAAACCTTCAATTATCTACCGTGTATTGCTGGTTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCATGGCTCGGCCGCTCACCATCGAAACGCGCGGTTAAACTCCTGCCAAAACACGCCCCCGAAACGTACTACTGTTgc > 1:399137/1‑142 (MQ=255) aTTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGGAACGTACTTCTGTTGGc > 1:485340/1‑143 (MQ=255) aaaCCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTa > 1:65232/1‑143 (MQ=255) ttCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTAGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACACCCCAAAAACATACATCTGTTGGCGTAGTCTg > 2:974059/1‑143 (MQ=255) tCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTCATTCTCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTgg < 2:930014/143‑1 (MQ=255) agttATCTACCGTTTAGTGCTGATTGGCCGCGGATCACCAAGGGTGATTTACGGCCTTGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGt < 2:948015/141‑1 (MQ=255) aaTTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGt < 2:947892/143‑1 (MQ=255) cTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGCGATTAAACCCATGACAAAACACGCCCCAGAAACGCACTTCTGTCGGCGGAGACTGAGTTATAgc > 2:757528/1‑143 (MQ=255) tttACTGTTGATTGCCCTCGGATCCCCCATGGTGATTTACGTCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAATACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGt < 2:662868/143‑1 (MQ=255) ttGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGAAACGTACGTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGt > 1:89279/1‑143 (MQ=255) tGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTaa > 2:972740/1‑143 (MQ=255) gATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTaaa < 1:69919/143‑1 (MQ=255) aTTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTaaaa > 1:933694/1‑143 (MQ=255) tGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACg < 1:351706/143‑1 (MQ=255) gCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGAGTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGAAACGTCCTTCTGTTGGCGTAGGCCGGGTTATTGCGCACGTAGGGTTAAAACGTa > 2:200996/1‑143 (MQ=255) cTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGCGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGACACGTACTTCTGCTGGCGTAGTCTGGGTTCTTGCGCACGGAGGTTTAAAACGCaaa > 2:599871/1‑143 (MQ=255) cTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCAGGGTTATTGCGCACGTAGGCTTAAAACGTaaa > 2:309071/1‑143 (MQ=255) ggATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTg < 1:921007/143‑1 (MQ=255) aaTCACCATTGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACACAACAAGCACCAGACACGCCCCAACACTTGCTTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTCAAACGTAAATTGt > 1:729914/2‑143 (MQ=255) aaTCACCATTGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTCGGTTTAAAACGTAAATTGt > 1:369365/2‑143 (MQ=255) aaTCACCATTGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTACTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGt > 2:620372/2‑143 (MQ=255) aTCACAAATGGTGATTTGCGGCCTGGGTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAAGTCCTGACAGAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTa < 2:211171/143‑1 (MQ=255) tCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAGCACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTaa < 1:132971/143‑1 (MQ=255) tCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTaa < 2:152571/143‑1 (MQ=255) tCACAAGTGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGCGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTaa < 1:692113/143‑1 (MQ=255) ccAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGGAGACTGGGTTATAGCGCACGCAGGCCTAAAACGTAAATGGTaacaa > 2:182990/1‑143 (MQ=255) cAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTACAACGTAACTTGTaacaac > 2:641698/1‑143 (MQ=255) | ACAGGACGAGGTTTATCATATTGAAATAGTGGAACTATTGGCCAAACTAATGAATAACTCCAGTAAAACATCCACAGTACAGATTAAGCGTATTAAACCTTCAATTATCTACCGTTTATTGCTGATTGGCCTCGGATCACCAATGGTGATTTACGGCCTGGTTCGCCCGCTCACCATCGAAACGCGAGATTAAACTCCTGACAAAACACGCCCCAGAAACGTACTTCTGTTGGCGTAGTCTGGGTTATTGCGCACGTAGGTTTAAAACGTAAATTGTAACAAC > NC_000913/3754562‑3754844 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |