| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,335,654 | T→A | 5.1% | intergenic (‑64/+40) | eptA ← / ← adiC | phosphoethanolamine transferase EptA/arginine:agmatine antiporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,335,654 | 0 | T | A | 5.1% | 214.6 / 2.4 | 78 | intergenic (‑64/+40) | eptA/adiC | phosphoethanolamine transferase EptA/arginine:agmatine antiporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/39); new base A (2/2); total (36/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.34e-01 | |||||||||||
AGAGATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCAGGGTGACAA > NC_000913/4335516‑4335791 | agagATATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTcct > 2:907775/1‑141 (MQ=255) gtgaTATGAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAACTCAGAGTGGGCCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTa < 2:1024378/141‑1 (MQ=255) gagagaTAAAGAGCGGCCGACAACAGCCAGGCGACTACATTCAAAGCGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTa < 1:91159/143‑1 (MQ=255) gaTATAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAg > 1:834874/1‑143 (MQ=255) atatAAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTGGTGGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCCTCGACCAAAGTGCGCCTATGCTCGCACAGCGACATTGAGCCAACCTTATGTTCTTAAgg > 1:328480/1‑143 (MQ=255) ataAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGtt < 2:620921/143‑1 (MQ=255) ataAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGAACTTAAGGtt < 1:450655/143‑1 (MQ=255) taAAAAGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGCAGCCTCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTg < 2:122331/143‑1 (MQ=255) aaGCGGCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTCCCATTCAACAAAGTGCGCATCTGCTCGCAAAGCAACATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGcgt > 2:803252/1‑141 (MQ=255) gCCAACAATAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGATGGcactcatg > 2:856542/1‑136 (MQ=255) aacaaTAGCCAGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGttt > 1:632598/1‑143 (MQ=255) cgacaGCCAGGCGAGTAAATGCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGc < 2:970879/139‑1 (MQ=255) aGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTACGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATCTTTGCTGGATTac > 1:999873/1‑142 (MQ=255) aGGCGAGTAAATTCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTaa < 2:61994/143‑1 (MQ=255) ggCGAGTAAATTCAAAGATGGTCTTTTTAGTCGGCGCTTTAACATCACGGTGTTTCCATAGTGTGAACGGCGTGGAGCGCCGCTAAATAATTTTGGTGTATGCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAg < 1:496185/143‑1 (MQ=255) 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2:751404/1‑143 (MQ=255) ttCAAAGAGGGTCTTTTTTTTTTTCGCTTCAACATCACGATGTTTCCATCGTACAAAGTGCGCATATGCTTGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTTCTGGATTAAGGGGAATTatt > 2:591603/1‑141 (MQ=255) ttCAAAGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAAt < 1:309449/143‑1 (MQ=255) aagctggTCTGTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTTGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTACGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCatt < 2:1026466/138‑1 (MQ=255) aaGAGGGTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACTGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCttt < 1:432150/143‑1 (MQ=255) ggTCTTTTTAGTAGGCGCTTCAACATCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTa < 1:737098/143‑1 (MQ=255) 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1:345371/143‑1 (MQ=255) aTCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTCAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGCATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTCAGGGATACggga > 1:189178/1‑142 (MQ=255) tCACGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTACGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGCATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTCAGGGAGACGGGtt > 2:846235/1‑143 (MQ=255) cACGGTGTTTCCATCGAACCACGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAACTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGttt < 1:856542/143‑1 (MQ=255) aCGGTGTTTCCATCGACAAAAGAGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGtttt < 2:507747/143‑1 (MQ=255) aCGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGtttt < 1:284563/143‑1 (MQ=255) aCGGTGTTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGgttt > 2:658094/1‑143 (MQ=255) aCGGTGTGTCCATCGAACAAAGTGCGCGTATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGtttt < 2:11699/143‑1 (MQ=255) ggTATTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTa < 2:1030776/143‑1 (MQ=255) gtgtgtCCATCGAACAAAGTGTGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTAAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTAt < 2:169171/143‑1 (MQ=255) gtgtTTCCATCGAGCAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTAt < 2:860839/143‑1 (MQ=255) gtgtTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTAt < 1:661537/143‑1 (MQ=255) gtgtTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGATTGCTGGATTAAGGGGAATTCATATTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTAt > 1:541094/1‑143 (MQ=255) gtgtTTCCATCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAAACTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTGTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGGTGCGGGTTTTTAt > 1:15539/1‑143 (MQ=255) tCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGATTATTGGTGGATCTAAGGGATACGGGGTGTTATGTCGCCGGt > 1:638273/1‑143 (MQ=255) tCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTAGGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGt > 1:12672/1‑143 (MQ=255) tCGAACAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGGTGGCTTTTATGTTTGCGCGAGTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATATAAGGGATACGGGTTGTTATGTAGCCTGt > 1:98692/1‑143 (MQ=255) cGAACAAAGTGCGTATATGCGCGCAAAGCAAAAGTAAGCCAACCATAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGtt < 1:862622/143‑1 (MQ=255) aaCAAAGTGCGCATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGt > 1:470317/1‑143 (MQ=255) cgcATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAgcg < 1:392137/143‑1 (MQ=255) cgcATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTAGTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAgcg < 2:554776/143‑1 (MQ=255) gcATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTCAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCGGGTTGTAATTCAgcgc > 1:793699/1‑143 (MQ=255) gcATATGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCAAACCTTACAAGCTGAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAgcgc > 1:735246/1‑143 (MQ=255) atatGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTCTGTAGCCTGTTGTAATTCAGAGCAt > 1:33164/1‑143 (MQ=255) tatGTTCGCTAAGCGAAGTTTAGTCAACCTTAAGTTCTTAATGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATa < 2:563814/143‑1 (MQ=255) tatGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGCTTTTATGTAGCCGCTTGTAATTCAGCGCaga > 1:952929/1‑141 (MQ=255) tatGCTCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATAAGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTGAGCGCAtc > 2:710455/1‑142 (MQ=255) tCGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATgg < 1:355169/143‑1 (MQ=255) cGCAAAGCAAAATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGATCATACATGGc > 2:614036/1‑143 (MQ=255) gcaaagcaaaATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTAAGCGCATACATGGCg > 2:887509/1‑143 (MQ=255) aagcaaaATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGATGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCGTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGATTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATGCATGGCGGtg > 2:787384/1‑143 (MQ=255) agcaaaATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGtga > 1:758138/1‑143 (MQ=255) agcaaaATTAAGCCAACCTTAAGTCATTGTGGTTGGCATTTTTGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCGTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTCGCCGGTTGTAATTTAGCGTCTACGTGGCGGtga > 2:589592/1‑143 (MQ=255) gcaaaATTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGtgct > 1:694465/1‑141 (MQ=255) aaaTTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGAc < 1:803252/143‑1 (MQ=255) aaTTAAGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGAcc < 2:54168/143‑1 (MQ=255) caGCCACCCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTGTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCa < 1:683241/142‑1 (MQ=255) aaGCCAACCTTAAGTTCTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGCATCTAAGGGATACGGGTTTTTATGTAGCCGGTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATCa < 1:407858/143‑1 (MQ=255) aGCCAACCTTAAGAACTTAAGGTTGGCTTTTATGTTTGCTGGATTAAGGGGAATTAATCTTTGCTTATTGGTGGATCTAAGGGCTACGGGTTTTTATGTAGCCGCTTGTAATTCAGCGCATACATGGCGGTGATGACCATccg > 1:311084/1‑141 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |