Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,548,400 | G→A | 12.1% | C39Y (TGT→TAT) ‡ | fimG → | type 1 fimbriae minor subunit FimG |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,548,400 | 0 | G | A | 12.1% | 112.2 / 8.8 | 50 | C39Y (TGT→TAT) ‡ | fimG | type 1 fimbriae minor subunit FimG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/21); new base A (4/2); total (27/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.20e-01 |
CTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCAC > NC_000913/4548258‑4548538 | ctTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCgtg > 2:476491/1‑143 (MQ=255) aaTATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCGCACAAGTGCGAAGATACAGGCATCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACg < 1:784765/143‑1 (MQ=255) atCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGtt > 2:938619/1‑143 (MQ=255) cAGTAACTGGAGATGGGCAAAAAAGGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATAGTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTACACGGtttg < 1:825363/143‑2 (MQ=255) cAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTACACGGtttg < 1:458615/143‑2 (MQ=255) tAACTGGAGATGCTCATGAACTGGTGTATACGTGAGAATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTccac < 1:955157/143‑1 (MQ=255) aCTGGGGGTGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTccacca < 1:316978/143‑1 (MQ=255) tGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGCACGGTAAGGTAGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTccaccacc > 1:384036/1‑143 (MQ=255) gCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCa > 1:703963/1‑143 (MQ=255) tCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGGCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTAGGGTCTCCACAACCAACGGCAcc > 2:109911/1‑142 (MQ=255) aTGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATGGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGt < 2:319618/143‑1 (MQ=255) aaTGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGAt < 1:476491/143‑1 (MQ=255) aaTGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGGGAACGGTAAGGTCGTCGCCCAACCGTGTACCGGTTCCACCACCACAGCCACGGTTgct > 1:33821/1‑141 (MQ=255) tatTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGAGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGGACGGTGAGGTCGTCGCCAAACGGTGTACGGGTTCCACCACCAATGCCACGGTAGACATCGGCGGTATTTATCCtcta > 2:91881/1‑140 (MQ=255) tGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGt < 2:703963/143‑1 (MQ=255) ggcggcAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCGCCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTCTCCACCACCGATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTc > 1:99844/1‑143 (MQ=255) gcggcAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCCGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGGTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCCGTcc > 2:405099/1‑142 (MQ=255) ggcAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTa < 1:767811/143‑1 (MQ=255) ggcAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGCCGATCTTTATTCTTTCAGtgcga > 2:173590/1‑139 (MQ=255) ggcAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTGGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTa > 1:576988/1‑143 (MQ=255) atTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTAGGGTTTCCACCACCAATGCCAAGGATGATCTCGTCGATCGTTATTCTTTCAGCCTTATGTCTg > 1:540478/1‑143 (MQ=255) gcgcTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTGTCCACCACCAAGGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTTAGTCTTATGTCTGCCgg > 1:535797/1‑143 (MQ=255) tcttCGCAAGTCGGACGATACAGCCAGCCGATGTCGCCAGCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCggg < 2:756256/140‑1 (MQ=255) ctggCAAGTGCGGCGAGACAGGCAGTCGATGTCTCCAGCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGggc < 2:402860/140‑1 (MQ=255) ctggCAAGTGCGCCGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGggc < 1:1036342/140‑1 (MQ=255) cTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCGCGGCGAGGTTTGTTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGggc > 1:310911/1‑143 (MQ=255) tCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCCTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCCCACTTGATCGTTGCGAACACAATTCTTTGAGTCTTATGTCTGCCGGggcg > 1:488507/1‑143 (MQ=255) gCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGggcggc < 1:204609/143‑1 (MQ=255) gacgaTACAGGCCGCCCATGCCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGGTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGCCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCt < 1:45277/143‑1 (MQ=255) tgCACCCGACGTGCCCATCCCGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTGCCACCACCAACGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCatgatg < 2:783530/142‑1 (MQ=255) gCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTgc > 1:454400/1‑143 (MQ=255) gtgATGTGATCATAACCGTGAACGGTAAGGGCGTCGCCAGAGCGTGGACGGTCTCCACCACCAAGGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTgcg < 1:463892/141‑1 (MQ=255) ccGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTCAGTCTGCCGGGGCGGCCTCGGCCTGGCATGATCTTgcg > 2:133530/1‑143 (MQ=255) gtgcccATCACGGTGAGCGGTAAGGTCGGCGGCAAGCCGTGTACGGTTTCCACCGCAGGCGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGa < 2:122490/139‑1 (MQ=255) cACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGGTGTTGCGCTTGAgg > 1:103763/1‑142 (MQ=255) aCCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCAACGGTTGATCTCTGCGATCTTTATTCTTTCGGACTTATGTCTGCCGGGGAGACATCGGCCGGGCTTGATGTGGGGCTTggctt > 1:343765/1‑139 (MQ=255) aTCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCTTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGAc < 2:707007/143‑1 (MQ=255) tAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTaa < 1:924926/132‑1 (MQ=255) tAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTaa > 2:924926/1‑132 (MQ=255) gtcgtcGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTGTCAGTCATATGTATGCAGGGGCGGCACCGTCCTGGCATGATGCTGCGCTTGAGTTGACTCATTGTCCGGTGGGagc > 2:252126/1‑141 (MQ=255) tcgCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGACTCATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGCTGTTGCGCTTGGGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAAGGTCg > 2:337778/1‑143 (MQ=255) tgCCAAACCGTGTAGGGTTGCCACCATCAATCCCGCTGTTGATCTCGGCGATCCTTATTCTCTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGAGGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGCGAACGTCGa < 2:602819/142‑1 (MQ=255) gtggaaaCCGTACACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCCCGGCGATATTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGa > 1:130788/5‑143 (MQ=255) tggaaaCCGTACACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCTGTGGTAACGTCGAg > 1:657702/4‑143 (MQ=255) tggaaaCCGTACACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGCACGTCGAg > 1:132062/4‑143 (MQ=255) ggaaaCCGTACACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAgg > 1:178869/3‑143 (MQ=255) ccAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCGTCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGGCCGGTGGGAACGACGAgg > 1:159493/1‑143 (MQ=255) ccAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAgg < 1:938619/143‑1 (MQ=255) ccAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTGACAGGCATATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAgg < 1:243652/143‑1 (MQ=255) cagaggcGTGTGCGGTTGCCACCGCCGATGCCACGGGTGATCTCGGCGATCTTTATTCGTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGGCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATGGTCCGGTGGGAACGTCGAgg < 2:361727/137‑1 (MQ=255) aaCCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGCTGTTGCGCTTGAGTTGGCTCATTGTCCGGTGGGAACGTCGGGGGTc > 2:1001304/1‑143 (MQ=255) gtcggtAGGGTTGCCACGGCCAGTGCCGCGGTTGATCTCGGCGATCGTTATTCTTTCGGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGGCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCAc < 2:100744/139‑1 (MQ=255) | CTTGAATATCAGTAACTGGAGATGCTCATGAAATGGTGCAAACGTGGGTATGTATTGGCGGCAATATTGGCGCTCGCAAGTGCGACGATACAGGCAGCCGATGTCACCATCACGGTGAACGGTAAGGTCGTCGCCAAACCGTGTACGGTTTCCACCACCAATGCCACGGTTGATCTCGGCGATCTTTATTCTTTCAGTCTTATGTCTGCCGGGGCGGCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCAC > NC_000913/4548258‑4548538 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |