Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
MC JC | NC_000913 | 1,299,499 | Δ1,199 bp | insH21 | insH21 |
Missing coverage evidence... | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
* | * | ÷ | NC_000913 | 1299499–1300697 | 1300697 | 1–1199 | 55 [0] | [0] 55 | insH21 | insH21 |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1299498 | 0 (0.000) | 50 (1.590) | 47/246 | 0.0 | 100% | intergenic (+253/‑33) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
? | NC_000913 | 1300698 = | 0 (0.000) | intergenic (+151/‑484) | insH21/oppA | IS5 transposase and trans‑activator/oligopeptide ABC transporter periplasmic binding protein |
AGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1299367‑1299498 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTA > NC_000913/1300698‑1300824 AGTTATCAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCGCCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGC < 2:152208/129‑1 AGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGC < 2:614580/129‑1 AGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGGGC > 2:581567/1‑129 TTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAAGTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTA < 2:590090/129‑1 TATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGAAAAATTAACAACATAATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA > 1:380596/1‑129 TAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCGACATCATAATCCTGGGCTTGCGGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGACTTTGGTAGAGGAAAGGACTAAAT > 2:175899/1‑129 agtATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGTGCTTGCTGAAGATTAATTTAAATTTTATTATTAATTCCAATGCCTGTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAA < 1:39271/126‑1 AGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAA > 1:192071/1‑129 CTTAACTGCTTCGCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAAACCTGGGCTGGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTCAATAATAATCAAT > 2:34434/1‑129 ACTGCTTCTCCTCACCCTCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATCATAATCAATTGTT > 1:422517/1‑129 TGCTTCTCCTCACCATCCTGTTATTTTCGCCACATAATAAACATAAAATTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAA > 1:271937/1‑129 GCTTCTCCTCACCATCTTGTTATTTTTGCCACAGCATAATCCTGGAATAGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGGAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAA > 1:495891/1‑129 CTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGCATAATTGAAATGATATTATTACTTCCACTGCCTTTGATAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATCGT > 2:534183/1‑129 TCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTATG > 2:304222/1‑129 CATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAAATGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCA > 1:554420/1‑129 TGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTACCTTTGGTAGAGGAAAGTGTTAATTATTAATCAATTGTTAAAGTATTGTGCATTTCACT < 1:383237/129‑1 TTATTTTCGATACATCATAATCCTGGGTTTGATTATGATTAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTAC < 2:313109/129‑1 TATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCAAAAAAATAATAGAAATAATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACT > 1:514181/1‑129 TATGTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACT < 2:386623/129‑1 TTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGG > 1:296943/1‑129 TTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAA > 2:540452/1‑129 CGCCACATCAGAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTTCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTTATTAATAATTAATTGTTAAATTATTGTGCAGTTCACTACTGGAACT < 1:354894/129‑1 CACATCATAACCCTGAGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGTTAAATATTAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTA < 1:260124/129‑1 ACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATTATATTTATTTGTTATATTATTGAACAATTCACTACTGGAACTGTAA < 1:621834/129‑1 CATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTACACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAAT > 1:660086/1‑129 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTTGTAGAGGATAGTGCTATATAATAATTAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGA < 1:111060/129‑1 ATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAA < 2:46667/129‑1 TCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAG > 2:595229/1‑129 TGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTACACTGCATTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATA > 1:351123/1‑129 tGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTTTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAG < 1:400826/128‑1 GAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTA < 1:540452/129‑1 AAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTAT < 2:402357/129‑1 AATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATT > 1:455176/1‑129 AATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAAGAAAAAACAAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTGCACTACTGGAACTGTAATAAGAAAAGAAAGACATGCTTAGCCAATCTCTATT > 1:138752/1‑129 TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGA < 2:547185/129‑1 TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTACTAAATAAAAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGA > 1:154556/1‑129 TTAATTCCACTGCCTTTGGTATAGGAAAATACTAAATAATAAACAATAGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATT > 1:319571/1‑129 TTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAAGAAAATACTAAATAATAATAAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATT > 1:299542/1‑129 TAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTATTAAAATATAATGCATAACACTAATGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATGTGATTGAATag > 1:86817/1‑127 AATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTTCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGA < 2:499219/129‑1 ATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAACAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAA > 2:348188/1‑129 TTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATAATTAAATTATTGTACATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGACAATCTCTATTTGATTGAATTGAAA > 1:75944/1‑129 TCCACTGCCTTTGGTATAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAG < 2:263758/129‑1 CACTGCCTTTGGTAGTGGTAAGTGCTAAATAATAATAAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGAT > 1:198912/1‑129 ACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTAAATTGAAAGATG > 2:294967/1‑129 GCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATAAGAAAAGAAAGAGATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTT > 1:456402/1‑129 ccaTTGGTAGAGGAAAGTGATAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTG < 2:375110/126‑1 CTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGATCTGTAATCAGTAAAGATATACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGT < 1:54722/129‑1 TTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCACTCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTc > 2:22060/1‑128 TAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGC < 2:271937/129‑1 GAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCACTATTTGATTGAATTGAAAGATGTATATTAAGGCATGGA > 2:32109/1‑129 AAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGTAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTTTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATG < 1:501450/129‑1 GTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCA > 1:486727/1‑129 TGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTAAAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAA > 1:340361/1‑129 TGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAATAATGGAATTGAAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAA > 1:72908/1‑129 gcgAAATAATAATAAATTGTTAAATTATTGTACACTTCATTACTGGAATTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAACGCATGGATGCAAG < 2:260733/126‑1 TAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCT > 2:265397/1‑129 TAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGAATTAAACAACTAGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCT > 1:374954/1‑129 AAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGACAGCAAGCga > 2:309263/1‑127 AGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1299367‑1299498 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ctaaATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCACTACTGGAACTGTAATCAGAAAAGATAGACATGCTTAGCCAATCTCTATTTGATTGAATTGAAAGATGTTTGTTAAGGCATGGATGCAAGCTA > NC_000913/1300698‑1300824 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |