| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,661,821 | C→G | C104S (TGC→TCC) | iscR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,661,821 | 0 | C | G | 94.6% | 106.3 / NA | 37 | C104S (TGC→TCC) | iscR | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (23/12); minor base T (1/1); total (24/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCAC > NC_000913/2661690‑2661956 | gcgcGTCGTGAGTATGCGGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATcgccg < 2:413987/143‑1 (MQ=255)gcgcGTCGGGAGTGTGGTGACGACCAGACACATCAAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTGGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATcgccg < 1:729273/143‑1 (MQ=255) gtcgtGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCt < 2:613588/143‑1 (MQ=255) tcgtGAGGATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGGTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTg < 1:559673/143‑1 (MQ=255) 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2:953031/1‑137 (MQ=255) acacATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACaa > 2:661296/1‑143 (MQ=255) tCCAGCACTTCCTGGTTATCAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGt < 1:817419/143‑1 (MQ=255) ccAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGCGACGGTCGCTCCAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGCCCGCCGCCGTTACCCTGCCAAccgccg > 1:978013/1‑138 (MQ=255) ccAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACCCCGGGTg > 1:222199/1‑143 (MQ=255) cAGCACTGCCTGGTTATTAACCAGTTCGACTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCCAATCACGCCACAGCGCGTGGGGCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGGCTTTACCGCGACAGCGGGTgg > 2:27522/1‑143 (MQ=255) tGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCGGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGCGGCATCCACAGa > 2:156688/1‑143 (MQ=255) ttaACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGCTTCGTc > 2:703298/1‑143 (MQ=255) ttaACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTc > 1:987492/1‑143 (MQ=255) cAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTAAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGAGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGCCAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACga > 1:61093/1‑142 (MQ=255) tAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATGCGTCACCGGCGCTactgc > 1:282670/1‑139 (MQ=255) aaGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACt > 1:88967/1‑143 (MQ=255) tAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGACAGGTAGGTGGCGCCGGCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTACTTACCTCg > 1:426870/1‑143 (MQ=255) ttgttgAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAAc > 1:536997/1‑143 (MQ=255) agaagaCCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGAt < 2:1120957/143‑1 (MQ=255) aaaaCCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCACCGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGAcgc > 1:413029/1‑143 (MQ=255) aaCCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTGATTACTTCGCCGACGGCGGtgctg > 1:86971/1‑143 (MQ=255) tGAGACGGTCGCTCAAATCACGACACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCTGCCCTGGCAGCCGGCTTTACAGTGACAACGGGTGGCATGTACAGATCCGTAAACGGCGCTAAATAGTTCGCAAACGGAGATGCTGCTggaa > 2:912617/1‑141 (MQ=255) cagTCGCTCAAATCATGCCAAAGCACGTGGGTAAGTGATTTATGGCCGCCCTGGCAGACGCCATGACCCTGACAACGGGTGGCAGCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCttt < 1:53999/141‑1 (MQ=255) gTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGc > 2:164738/1‑143 (MQ=255) cGCTCAAGTCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGTATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCt < 2:362468/143‑1 (MQ=255) tCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTCCCTCAc > 2:624303/1‑143 (MQ=255) aTCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTCGCCCTCACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGAt < 1:828345/143‑1 (MQ=255) cACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATaa > 1:806356/1‑143 (MQ=255) tatcgcgcGTGGGCCAGTGCTTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGCTTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAaccacc < 2:973647/139‑1 (MQ=255) cacaGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTCCCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGGTGGCTTATATGCGTAACACATAaccacc > 2:736631/1‑143 (MQ=255) cacaGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGATGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTAGCCAACGGCAATGCTGCTGGCATCTTGGCCTAACAGATAaccacc > 2:195404/1‑143 (MQ=255) ggTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCGGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCAc < 1:195809/143‑1 (MQ=255) | GCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCAC > NC_000913/2661690‑2661956 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |