| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,184,543 | C→A | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB → | RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,184,543 | 0 | C | A | 97.4% | 114.6 / NA | 39 | P1100Q (CCG→CAG) | rpoB | RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (14/24); minor base G (1/0); total (15/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCA > NC_000913/4184404‑4184677 | cTGGCGGTTAATCGCCGTATCCAGCCTGGTAACAAGAGGGCAGGGCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCt < 2:314574/143‑1 (MQ=255) tGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTg < 1:395910/143‑1 (MQ=255) tGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTg < 1:546392/143‑1 (MQ=255) gCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGTAGGAATTACTAAGATCAACCCGATCGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCGGCTggg > 1:290026/1‑143 (MQ=255) ttACACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGAGGGCAGGTCGTCACGGTAACGAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTa < 2:790909/143‑1 (MQ=255) tAAACGCCGTGTCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAGCCCGATCTAGGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTAc < 2:1005559/143‑1 (MQ=255) cGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGtc > 1:732594/1‑143 (MQ=255) cGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGAGTGTAATTTCTAAGATCAACCCCATCGACGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACAGTACACCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGCGCGTACAGTCACg > 2:170607/1‑143 (MQ=255) ggaTCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAAAGCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGt < 2:918324/141‑1 (MQ=255) tATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTa > 1:793444/1‑143 (MQ=255) aTCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTAt > 1:373156/1‑143 (MQ=255) cAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGACGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGCAGACATCGTACTGCACCAGCAGGCCGCACCGCCTCgcccgaa > 2:189897/1‑137 (MQ=255) aggcTGGGGCCAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAGAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAAc < 1:592855/140‑1 (MQ=255) tGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATAGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGATACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTc < 1:99238/143‑1 (MQ=255) aGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGACAATGATG‑CGTACGCTGCACACCGGCCTCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaaa < 2:805931/143‑1 (MQ=255) aGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGaaa < 2:599773/143‑1 (MQ=255) cGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTgg < 1:578915/143‑1 (MQ=255) cGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTgg < 1:659529/143‑1 (MQ=255) cGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTgg < 1:100126/143‑1 (MQ=255) ggTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTggg < 1:193670/143‑1 (MQ=255) aggaggtAATTTCTAAGATCAACGCGATCGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCt < 2:701185/138‑1 (MQ=255) gggTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACATGGGTATGGCTg > 2:663224/1‑143 (MQ=255) ggTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCCCCTGGGTACGGCTGc > 2:912011/1‑143 (MQ=255) tgtAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGAGCATGGCAGCGa > 2:1065935/1‑143 (MQ=255) tAATTTCTAAGATCATCCCGATCGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGaaa < 1:992252/143‑1 (MQ=255) tAAGATCAACCCGATCGAAGCT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTAAGCCGGTAGACATCGTACTGACCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTCTGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGTAAGGTCTCg > 1:648505/1‑143 (MQ=255) 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< 2:776323/143‑1 (MQ=255) cgctGAAAACGGTCCGCCGGTAGACATCGTACTGAACGAGCTGGGCGTACCGTCGCGTATGAACATCGGTCAGATCCGCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagc < 1:785966/140‑1 (MQ=255) cGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAAcagc < 2:191107/143‑1 (MQ=255) caaaCGGCACGCCGGTAGACATCGTACTGACCCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCAAAACCCACCTGGGTATGTCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCaa < 1:342023/142‑1 (MQ=255) aaaaCGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCaa < 1:877338/143‑1 (MQ=255) aGACATCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGACACAGCAGCAAGAAGTCGCGAACCTgc > 2:884953/1‑143 (MQ=255) aTCGTACTGAACCAGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGa > 1:847701/1‑143 (MQ=255) aCTGAACCAGCTGGGGGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCa < 2:467399/143‑1 (MQ=255) | CTGGCGGTTAAACGCCGTATCCAGCCTGGTGACAAGATGGCAGGTCGTCACGGTAACAAGGGTGTAATTTCTAAGATCAACCCGATCGAAGAT‑ATGCCTTACGATGAAAACGGTACGCCGGTAGACATCGTACTGAACCCGCTGGGCGTACCGTCTCGTATGAACATCGGTCAGATCCTCGAAACCCACCTGGGTATGGCTGCGAAAGGTATCGGCGACAAGATCAACGCCATGCTGAAACAGCAGCAAGAAGTCGCGAAACTGCGCGAATTCA > NC_000913/4184404‑4184677 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |