| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,679,434:1 | +C | 7.8% | intergenic (‑67/+30) | yphF ← / ← yphG | putative ABC transporter periplasmic binding protein YphF/DUF5107 domain‑containing protein YphG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,679,434 | 1 | . | C | 7.8% | 240.3 / 15.5 | 64 | intergenic (‑67/+30) | yphF/yphG | putative ABC transporter periplasmic binding protein YphF/DUF5107 domain‑containing protein YphG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (33/26); new base C (2/3); total (35/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.39e-01 | |||||||||||
CTGGCAAATAGTGCGCTACCTAATAGCGTAGCCATTAATAATAGATTACGGGTTGTTCTCATTTTTGTAGGCATAGAGCCTCCTGTAGGGTTTTTATTAACAACGGCTTATTCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCATATTGCGCAA > NC_000913/2679294‑2679573 | cTGGCAAATAGTGCACTACCTAATAGCGTAGCCATTAATAATAGATTACGGGTTGTTCTCATTTTTGTAGGCATAGAGCCTCCTGTAGGGTTTTTATTAACAACGGCTTATTCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGCGCG‑Tg < 1:230883/143‑1 (MQ=255)cTGGCAAACATTGCGCTACCTAATAGCGTAGCCATTAATAATAGATTACGGGTTGTTCTCATTTTTGTAGGCATAGAGCCTCCTTTAGGGTTTTTATTAACAACGGCTTATTCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGCGCG‑Tg < 2:561588/143‑1 (MQ=255) tGGCTAATAGTGCGCTACCTAATAGTGTAGCCATTAATAATAGATTACGGGTTGTTCTCATCTTTGTAGGCATAGAGCCTCCTGTAGGGTTTTTATTAACAACGGCTTATTCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGCGCG‑TGc < 1:184203/143‑1 (MQ=255) tGGCAAATAGTGCGCTACCTAATAGCGTAGCCATTAATAATAGATTACGGGTTGTTCTCATTTTTGTAGGCATAGAGCCTCCTGTAGGGTTTTTATTAACAGCGGCTTATTCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGCGCG‑TGc < 2:426728/143‑1 (MQ=255) 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< 1:558034/143‑1 (MQ=255) ttATGCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGCGCG‑TCCCGCTGAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGAGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCa < 2:902621/143‑1 (MQ=255) tATTCCAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCaa < 1:1068986/143‑1 (MQ=255) ttCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAAtt > 2:422087/1‑143 (MQ=255) tCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTCATCGCCGCCAATTc > 2:749873/1‑143 (MQ=255) tCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTc > 1:657450/1‑143 (MQ=255) 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tgaGCGGCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATCCCGCGCGAGCAGCCTCa > 1:145701/1‑143 (MQ=255) tgaGCGGCAGCGCG‑TGACGAAAAAATAGTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACACGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCa < 2:776309/143‑1 (MQ=255) tgaGCGGCA‑CGCGCTGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGAGTAATCGACGTCAATTCAGCGCGAGCAGACCCa > 2:886610/1‑143 (MQ=255) gaGCGGCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTcgt > 1:491786/1‑141 (MQ=255) gCGGCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCatat > 1:769013/1‑143 (MQ=255) cgcg‑TGCTGCGCAAATTTTACAGTCAATAGGCTTCAGTGAACGAGTTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCATATTGCGCaa < 2:641117/143‑1 (MQ=255) | CTGGCAAATAGTGCGCTACCTAATAGCGTAGCCATTAATAATAGATTACGGGTTGTTCTCATTTTTGTAGGCATAGAGCCTCCTGTAGGGTTTTTATTAACAACGGCTTATTCTAATTATTTTGTGATGAGCGGCAGCGCG‑TGCCGCTCAAATATTACAGTTAATAGGGTTTAGTGAACGCGGTTAAAAATAAAAGGCATCACGGTGGTGAATAATGCCGCTTTCGGCCAAGCCGGATTAATCGCCGTCAATTCAGCGCGAGCAGACTCATATTGCGCAA > NC_000913/2679294‑2679573 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |