| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 1,978,503 | Δ776 bp | 100% | insB‑5–insA‑5 | insB‑5, insA‑5 | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 1978503–1979270 | 1979278 | 9–776 | 66 [0] | [0] 69 | insB‑5–insA‑5 | insB‑5,insA‑5 |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1978502 | 0 (0.000) | 60 (1.120) | 53/248 | NT | 100% | intergenic (‑305/+16) | flhD/insB‑5 | DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhD/IS1 protein InsB |
| ? | NC_000913 | 1979279 = | 0 (0.000) | intergenic (‑64/‑474) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C | |||||
AATGGGTCTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1978358‑1978502‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTG > NC_000913/1979279‑1979417 AATGGGTCTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTCCTAG‑CTCTCACATTTACTTACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAA < 1:520618/143‑1 ATGGGTCTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAAT < 2:437832/143‑1 TCTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATg > 2:877424/1‑142 CTTTACACTTATCTAAGCTTTTTCCGAAAGCGACGCAACTGTATGCGTCACT‑ACACGCAGATACAACGGAGGGAGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAA < 2:235162/143‑1 CTTTACACTTATCTAAGACTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAA < 1:192973/143‑1 TTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAG > 2:710444/1‑143 TTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAG > 1:399351/1‑143 TTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGAATTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAACTGTATGAGTCATACT > 1:19670/1‑143 TATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACGCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTT < 2:26881/143‑1 ATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGATGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCACTTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTT > 2:947018/1‑143 TCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGCTCACGGGAGACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTCTT > 1:1008926/1‑143 TAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGACTGCGATTTTCAATACTGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTCCTTAACATAAATGTATACGTCATACTTTTGT > 1:343624/1‑143 AAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATACATGTCTAAGTCATACTTTTGTT > 1:907803/1‑143 ATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTG < 1:1021462/143‑1 TTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACT‑ACACGCACATACATGGGGGGGGGGCTACAAAAATCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGG < 1:1124928/143‑1 TTTTCCCTAAATCGACGCATCTGTACTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACGCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGG < 1:221467/143‑1 TTTTCCCTAAATCGACCACACTGTACTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTTATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGG < 2:18680/143‑1 CCTAAATCGACGCAACTGTTCTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTA < 2:899985/143‑1 GACGCAACTGTACTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATC > 1:932807/1‑143 ACGCAACTGTACTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATTAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCT < 1:188095/143‑1 GCAACTGTACTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGT < 2:862087/143‑1 GCAACTGTACTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATCTATACGTCATCCTTCTGTCTTGGGCGTATCTCACTCCGT > 1:525914/1‑143 AACTGTTCTCGTCACT‑ACACGCACAGACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTA < 2:92802/143‑1 CTGTACTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAGATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAA > 1:945034/1‑143 TACTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCCCACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCCTCCTTTTGTTTTGGTCGTATTTCAATCTGTGAAAAAc > 2:779605/1‑142 TACTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAcatg > 1:850415/1‑139 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CT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCT > 1:300717/1‑143 ctcCACGCGCATACAACGGAGGGGTGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACTCTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCT < 2:544171/140‑1 T‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAATAAGTTTTTCGCTA > 1:172887/1‑143 GCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTA < 1:725303/143‑1 GCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTA > 1:781882/1‑143 ACATACAACGGAGGTGGGCTGAGATTTTCAATAATGCGTGATTCAGATCACACAAATCACTCAATTACTTAATATATATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGC < 1:733527/143‑1 ACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATATGGTGGACGTGTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGC > 1:824242/1‑143 CATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAACGCCAGATGGGGAGCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCA < 1:206779/143‑1 AACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCga > 2:702449/1‑141 AACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGCTTTGGGTATATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAACAAGCAA > 2:419549/1‑143 AGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACGCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATG < 1:705662/143‑1 GGGGGGCGGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCATTTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGA < 2:1080874/143‑1 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TTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGAATTAAT > 1:297965/1‑143 TTTCAAGAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTGGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATC < 1:475612/143‑1 TGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGT > 2:948294/1‑85 TGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGT < 1:948294/85‑1 TGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTATTAAAAAGTGGTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATGATCGAAATGGGATGTT > 1:100732/1‑143 CACACAAATCACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTC < 1:272504/143‑1 ACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATAGAAATGGGATGTTGCGCAAAGTCA > 2:164390/1‑143 AAACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAGTCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATA > 1:712788/1‑143 AACACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAA < 1:179483/143‑1 ACTCAATTACTTAACATAAATGTATAAGGCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACTCTAGCAAGCAAAAATAAAAAAGGAATAAGCGAAATGGGACGTTGCACACAGTCAAAAAAACac > 2:787873/1‑141 TCAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAACATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGAGGTTGCGCACAGTCAAAATGACTCAC > 2:202795/1‑143 TCAACTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCAC < 1:791288/143‑1 CAATTACTTAACATAAATGTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACC < 1:947018/143‑1 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AATGGGTCTTTACACTTATCTAAGATTTTTCCTAAATCGACGCAACTGTACTCGTCACT‑ACACGCACATACAACGGAGGGGGGCTGCGATTTTCAATAATGCGTGATGCAGATCACACAAAACACTCAATTACTTAACATAAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/1978358‑1978502‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cataaatgTATAAGTCATACTTTTGTTTTGGGTGTATTTCAATCTGTTAAAAAGTTTTTCGCTACGCTAGCAAGCAAAAATGAAACAGGAATAATCGAAATGGGATGTTGCGCACAGTCAAAATAACTCACCGTAAATAATCATCTG > NC_000913/1979279‑1979417 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |