Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 464,356 | A→T | 6.2% | intergenic (+48/‑46) | ybaV → / → fadM | helix‑hairpin‑helix 3 family protein/thioesterase III |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 464,356 | 0 | A | T | 6.2% | 164.6 / 2.2 | 60 | intergenic (+48/‑46) | ybaV/fadM | helix‑hairpin‑helix 3 family protein/thioesterase III |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/21); new base T (2/2); total (36/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.80e-01 |
CCGTTTAAAACTGTGGAGGATCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTGGG > NC_000913/464222‑464498 | ccGTTTAAAACGGTGGAGGATCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGAc < 1:1079826/143‑1 (MQ=255) gtgtAAAACTGTGGAGGATCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACct < 1:22193/140‑1 (MQ=255) gTTTAAAACTGTGGAGGATCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAAGCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGGCATACAAGTTATGAAct > 2:167485/1‑143 (MQ=255) tttAAAACTGTGGAGGATCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACctc > 1:771803/1‑143 (MQ=255) 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(MQ=255) tgGAGGATCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTtatc > 1:1040172/1‑142 (MQ=255) tCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACGTATaacaacga > 2:903059/1‑141 (MQ=255) cTATAGCATGTGCCTTGTATGTGGAATTCGTTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATaacaacaac < 1:32853/143‑1 (MQ=255) cTATAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAAAGTAATCTGGCGGTATTAACCCGGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATaacaacaac < 1:297071/143‑1 (MQ=255) cTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCACTTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTAGaacaacaac > 2:1120174/1‑143 (MQ=255) 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1:301911/140‑1 (MQ=255) gCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGcca > 1:179917/1‑141 (MQ=255) cAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTCTTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCACACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCcaa > 2:391851/1‑143 (MQ=255) cAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTAGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTACGGATATTGAGCAATGaaaa > 2:331318/1‑143 (MQ=255) tCGCTGGGGGAACGTTATGTGGCTGTATTAACGCTGTAGTTGATTTGTATAGTGTCAATTTTTTGCCAGACTGAATAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAAcaca < 2:1068790/143‑1 (MQ=255) cTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGCGCTCTGTACTTATAACAACACAGTAAGGTTATAGAGATATGCAAAAACAAAt > 2:654283/1‑143 (MQ=255) 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1:1013516/143‑1 (MQ=255) tCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGTAAACACAAATCAAAGTTCGTGGat > 1:79672/1‑143 (MQ=255) gCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCACTCACTAATCAAATTTCGTGGATatca > 1:373817/1‑143 (MQ=255) cGGTATTAACGCTGTAATTAAGTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACCACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATatcat < 1:718814/143‑1 (MQ=255) aCCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGt > 1:652607/1‑143 (MQ=255) ccTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCCACGttt > 2:119697/1‑143 (MQ=255) 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1:388833/143‑1 (MQ=255) cAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACAAGCACGTCAACAACGCCCGc < 1:94817/143‑1 (MQ=255) aatttttGCCTGACTGAAGAGGTCATACCAGTAATGACATCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGACAAGAACGACCGCTa > 2:25267/3‑143 (MQ=255) ttttttGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTAc > 1:342195/1‑143 (MQ=255) tttGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCtt > 2:216327/1‑143 (MQ=255) tGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGa < 1:403009/143‑1 (MQ=255) cAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAAtt > 1:834890/1‑143 (MQ=255) cAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAAtt > 1:495916/1‑143 (MQ=255) cAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATATCGCTGTTGAGCATCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAAtt > 2:796020/1‑143 (MQ=255) aGACCGAAGAGGTCAGACCAGTTAGGGCCTCTGTACTTATAACCACAACGTAAGGTGATTGCGCTACGAAAACACAAAACACAAATTGGAGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAAttt < 2:239587/143‑1 (MQ=255) gACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTtc > 2:816604/1‑143 (MQ=255) gACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAACCAACGCTCTATGTTGGGATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCGGCTACCTTGAATTtc > 1:258527/1‑143 (MQ=255) tacagagGTCATAACTGGTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACATTTACCATCACGTCAACAACGCCCGCTACATTGAATTTCTCg > 1:39273/4‑143 (MQ=255) gAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACACATCACAGATCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAACTTCTCga > 2:772945/1‑143 (MQ=255) gAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCga < 2:652607/143‑1 (MQ=255) ggTCATGCCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGaagaag < 2:1004888/143‑1 (MQ=255) cAGTTATGAGCTCTGTACTTAGAACAACAACGTAAGGGTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACGACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTgg < 2:771803/143‑1 (MQ=255) cAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGGAGCCCGCTgg > 1:341413/1‑143 (MQ=255) aGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTggg < 1:56960/143‑1 (MQ=255) | CCGTTTAAAACTGTGGAGGATCTAAAGCAGGTGCCGGGGATGGGCAATTCGCTGGTGGAACGTAATCTGGCGGTATTAACCCTGTAATTAATTTGCATAGTGGCAATTTTTTGCCAGACTGAAGAGGTCATACCAGTTATGACCTCTGTACTTATAACAACAACGTAAGGTTATTGCGCTATGCAAACACAAATCAAAGTTCGTGGATATCATCTCGACGTTTACCAGCACGTCAACAACGCCCGCTACCTTGAATTTCTCGAAGAAGCCCGCTGGG > NC_000913/464222‑464498 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |