Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,883,027 | C→G | 6.5% | intergenic (+30/‑161) | dmlA → / → yeaV | D‑malate/3‑isopropylmalate dehydrogenase (decarboxylating)/putative transporter YeaV |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,883,027 | 0 | C | G | 6.5% | 179.9 / 5.6 | 62 | intergenic (+30/‑161) | dmlA/yeaV | D‑malate/3‑isopropylmalate dehydrogenase (decarboxylating)/putative transporter YeaV |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (34/24); new base G (2/2); total (36/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.66e-01 |
CTGGCAGCAATTGAAGAAGTGATTGCTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTATGTAACATGCAAATTTTGTTACGCG > NC_000913/1882887‑1883162 | cTGGCAGCAATTGAAGAAGTGATTGCTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTAACTg > 1:639585/1‑143 (MQ=255) aaTTGAAGAAGTGATTGCTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGCTTACCAACAGAATTTTGCGGTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGtt > 1:823748/1‑143 (MQ=255) aaTTGAAGAAGTGATTGCTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGtt > 1:611642/1‑143 (MQ=255) aTTGAAGAAGTGATTGCTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTATGCGTTACAGCCCAACCAGTTTATTGGAACCGCGGCACTGAcgcgtgta > 2:285751/1‑139 (MQ=255) 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2:104739/1‑143 (MQ=255) gCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTaaa > 2:848117/1‑143 (MQ=255) cGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATa > 1:991698/1‑143 (MQ=255) aaaaCACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAACTTATCTCGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACGGACGCGGATTATTTAGTCGTTCTTTGCAGTAAATAAc > 2:65758/1‑143 (MQ=255) acCTGGTATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACATGTTGCCTGCGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCg < 2:121861/143‑1 (MQ=255) acCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCg > 1:200511/1‑143 (MQ=255) 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1:135859/1‑143 (MQ=255) caccacGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCGCCTTTTATTGttt > 2:904558/1‑143 (MQ=255) accacGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAACATTATTTTGCGTTGAGGTCAAACCGGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTCGTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATGACCGGCGTGATTCGAACTTGTATTggtgc > 2:378628/1‑139 (MQ=255) accacGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCCTTTCCCCTTTTATTGTTTc > 2:960794/1‑143 (MQ=255) ccACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAACAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTc > 2:926385/1‑143 (MQ=255) cacaGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTCTCAGttccgttccg > 2:837531/1‑143 (MQ=255) 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2:1020455/1‑143 (MQ=255) aCGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTAGTCACCAGCCTGAAAGAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCt > 1:520522/1‑143 (MQ=255) gcgATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCttt > 1:749562/1‑143 (MQ=255) gcgATTTGCAAAATTATATTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTAACCTTTTATTGTTTCCGTTTCATGTATTATGGCttc > 2:436026/1‑142 (MQ=255) gcgATTTGCAAAAGTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCttt < 2:878556/143‑1 (MQ=255) cgATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTc < 1:772502/143‑1 (MQ=255) 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1:869870/143‑1 (MQ=255) tattTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAAtt < 1:848117/143‑1 (MQ=255) tGCGTTAAGGTTCATCCAGTGTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTGATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTa < 2:919846/143‑1 (MQ=255) tGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTa < 1:878553/143‑1 (MQ=255) gCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCTTCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTaa < 1:648198/143‑1 (MQ=255) tAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTa < 1:607536/143‑1 (MQ=255) tAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTa < 1:469135/143‑1 (MQ=255) aGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTCATTGTTTAATTTATg > 1:289873/1‑143 (MQ=255) aGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTTATTTATg > 1:30827/1‑143 (MQ=255) gTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTACAGTAAATAACCTGCGCCATTTTTCGTTTTTTTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTCTCCCTTTTCTTAATTGTTTATTTTATGtt > 2:467619/1‑142 (MQ=255) gTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTCTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTTTTTAATTTATGTa > 2:531857/1‑143 (MQ=255) tCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTATGTaa < 2:157990/143‑1 (MQ=255) cAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTATTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTAATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATGGTTTAATTTATGTagc > 2:158786/1‑141 (MQ=255) tATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTATGTAACATGCAAAttt < 2:209826/143‑1 (MQ=255) tttGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTATGTAACATGCAAATTTTg < 1:463627/143‑1 (MQ=255) gAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTATGTAACATGCAAATTTTGTTa < 1:1059193/143‑1 (MQ=255) aaCCGCGTCAGTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTATGTAACATGCAAATTTTGTTa < 1:771531/142‑1 (MQ=255) aaCCGCGTCAGTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTATGTAACATGCAAATTTTGTTa > 2:771531/1‑142 (MQ=255) aaCCGCGTCAGTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGACATTTCACCGTTCATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCCTTCCGTATTCCTAATTATTTAATTTTTGTAACACTCACATTTCGTTAc > 2:215138/1‑143 (MQ=255) cgcgTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTATGTAACATGCAAATTTTGTTAcgcg > 1:1017969/1‑143 (MQ=255) | CTGGCAGCAATTGAAGAAGTGATTGCTCACGGGCCGAAAACACCTGATATGAAAGGCAATGCCACCACGCCACAGGTTGCCGACGCGATTTGCAAAATTATTTTGCGTTAAGGTCAAACCAGTTTATTTGAACCGCGTCACTGACGCGGTTTTTTTATTCGTTCTTTGCAGTAAATAACCTGCGTCATTTCACCTTTTATTGTTTCCGTTTCGTGTTTTATGGCTTTCCGTATTCTTAATTGTTTAATTTATGTAACATGCAAATTTTGTTACGCG > NC_000913/1882887‑1883162 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |