Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,661,821 | C→G | 100% | C104S (TGC→TCC) | iscR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,661,821 | 0 | C | G | 100.0% | 141.7 / ‑8.3 | 46 | C104S (TGC→TCC) | iscR | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (18/26); total (19/27) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTAC > NC_000913/2661690‑2661960 | tcgcgGCGTGATTATGCTGTCGCCTTGACACGTCCAGCACTTGCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAGCCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATcgccg < 2:537260/142‑1 (MQ=255) gcgcGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTGAAGTAAGGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCCAATCCCGCCACCGCGCTCGGGGCCGGCATCTCTcgccc > 1:741310/1‑142 (MQ=255) cgcgTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATcgccgc < 1:724008/143‑1 (MQ=255) gtcgtGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACGTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAACCCGGTGAGACGGGCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCt < 1:318945/143‑1 (MQ=255) atccTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAgccgc < 2:12718/140‑1 (MQ=255) tGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAgccgcc > 1:779110/1‑143 (MQ=255) tGACGACCAGACACATCCAGCACTTCGAGGGTTATCACCACCACGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAAGCACGCCGCAGCGCGTGGGTCAGGGACTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCtac > 2:928498/1‑141 (MQ=255) tGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCttt > 2:897862/1‑143 (MQ=255) gacgacCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTa > 2:1112423/1‑143 (MQ=255) acCAGCCACATCCAGCACTTCCTCGGTATTAACCATTTCGCCTAAATTAATATTGTTTAGAAAACCGGTGAGATGGTCTCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCt < 1:362537/143‑1 (MQ=255) acCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAATCGGTTCGTTTAGTGTAATGTTGTTGAGAATTACGTTGAGATGGTGGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCt > 1:21131/1‑143 (MQ=255) ccATACACACCTAGCTCTTCCTCGTTCCTAACCAGTTTGTCGAATGTACTGTTGTTGAGAATACCGGTGAGACGGTTCCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCATGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTg < 2:1126951/143‑1 (MQ=255) ccccccaTCCCGCTCCTCCTGGTTGTTAACCAGTTCGCCTACAGGCATGTTGTTGAGCCAGCCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTGAc < 2:338179/138‑1 (MQ=255) aGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAATCCGGTGAGTCGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATGGATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTGAc < 1:379659/143‑1 (MQ=255) acacATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTGACaa > 2:977819/1‑143 (MQ=255) ccAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGAGCGTGGGTGAGGGATTTATCGCCGCACTGGCAGCCGCCTTTCC‑GCTGACACCGGGTg > 1:395395/1‑143 (MQ=255) cAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTGACAACGGGAgg > 1:1101044/1‑143 (MQ=255) cACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTGACAACGGGTGGCAt < 2:871824/143‑1 (MQ=255) ttCCTGGTGATTAACCAGGTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTGACAACGGGTGGCATCTa < 2:391861/143‑1 (MQ=255) tGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTGACAACGGGTGGCATCTACAGa > 1:942601/1‑143 (MQ=255) tGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGACAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑ACTGACAACGGCTGGCATCTACCGa > 2:890509/1‑143 (MQ=255) gTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTGACAACGGGTGGCATCTACAGCtt > 2:817266/1‑143 (MQ=255) gTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTGACAACGGGTGGCATCTACAGAtt > 2:326595/1‑143 (MQ=255) ttattaACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACGGCGCGTGCGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTc < 1:422980/143‑1 (MQ=255) tgattaACCAGTTCGACAAAAGCAATGATATTGAGAATAAAGGAGAGAACGTCGAACAAAAAACGCTCAAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCAGGCAG‑GGCAAACACTGCTGCAAACGGGTGGCATCTACAGATTc < 2:21131/141‑1 (MQ=255) caccgggtCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAACCCGGTGAGACGGTCTCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCaa < 2:930157/136‑1 (MQ=255) ccAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGCTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGACAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTGACCACGGGTGGCCTCTACAGCCTCGTCACCg > 2:109941/1‑143 (MQ=255) aGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTGGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGgc < 1:652382/143‑1 (MQ=255) gtacGCCTAAGGTAAGGTTGGTGAGTAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCTGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTCTAC‑CCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGgcg < 2:727694/140‑1 (MQ=255) aGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACtt < 1:311073/143‑1 (MQ=255) gTAATGTTTGTGCGAACTCCGGTGACAGGGTCGCCCCCATCACGCCACAGCGCCTGGTTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTGCCAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTc < 2:522248/143‑1 (MQ=255) gttgttGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCaa 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acaGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCg < 1:977819/143‑1 (MQ=255) aGCGCGTGGGTCAGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTACGAGATAACAACCgac > 1:1029155/1‑141 (MQ=255) tCAGGGATTGATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGt < 2:792722/143‑1 (MQ=255) aGGGATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGATCCACGTAc > 2:332400/1‑143 (MQ=255) | GCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAC‑CCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCACGTAC > NC_000913/2661690‑2661960 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |