| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 167,295 | T→C | 6.1% | intergenic (+31/‑189) | mrcB → / → fhuA | peptidoglycan glycosyltransferase/peptidoglycan DD‑transpeptidase MrcB/ferrichrome outer membrane transporter/phage receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 167,295 | 0 | T | C | 6.1% | 180.0 / 2.8 | 66 | intergenic (+31/‑189) | mrcB/fhuA | peptidoglycan glycosyltransferase/peptidoglycan DD‑transpeptidase MrcB/ferrichrome outer membrane transporter/phage receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/41); new base C (2/2); total (23/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-02 | |||||||||||
ATCAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCGAATATTATCTTATCTTTATAATAA > NC_000913/167155‑167437 | aTCAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGATCAGCAAGAGCAGAAAGACCGCGACGGCGAAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGc < 1:42553/143‑1 (MQ=255) cAGTCTTCGCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCa < 1:213574/143‑1 (MQ=255) cgactcAGACGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCAACTCGCCATCCg < 1:69188/140‑1 (MQ=255) ttctCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCgg < 1:223805/143‑1 (MQ=255) ttctCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCAACTCGCCATCCgg < 2:147125/143‑1 (MQ=255) aGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTaaaa < 1:589236/143‑1 (MQ=255) ccGCAGCTATTGCCTCAACCACAACCGGCTCAGAAACAGCAGAAAGACGGCGACGGTGTAGCCGGTGGGATCAAGGAGATGTTGGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATa < 1:149653/143‑1 (MQ=255) cagcaACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCACGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACa > 2:243245/1‑143 (MQ=255) caACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATcc > 1:904614/1‑143 (MQ=255) aCAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCa > 2:255522/1‑143 (MQ=255) aCAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGGTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCa > 2:873406/1‑143 (MQ=255) aGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGGAAGATAACATCCCATc > 1:932690/1‑143 (MQ=255) cGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGGCAGGGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGGAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTaa < 2:178876/143‑1 (MQ=255) ggaaCAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAg < 1:870296/141‑1 (MQ=255) gCAACAGGAACCTTCTCAGCAAGAGCAGAAAGGCATCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAg < 2:205873/143‑1 (MQ=255) 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1:608543/143‑1 (MQ=255) cAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATCTTAACCctgtctt > 2:1111644/1‑143 (MQ=255) aaGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCa < 1:255522/143‑1 (MQ=255) cAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTgg > 2:613195/1‑143 (MQ=255) aGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGgt > 1:178317/1‑143 (MQ=255) aaaGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGgttg > 1:850296/1‑143 (MQ=255) 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1:499810/137‑1 (MQ=255) cGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTaa < 1:123675/143‑1 (MQ=255) cGAAGGTGGAGCTGGTTGGATCAAGGAGATGGTGGGTAGTAATTAACATCTGAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCGCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTaa < 2:78438/143‑1 (MQ=255) aCGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAAcc < 1:894520/143‑1 (MQ=255) tgtAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAATATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTc < 2:738821/143‑1 (MQ=255) ccGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGaa < 2:813892/143‑1 (MQ=255) 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1:282838/1‑143 (MQ=255) ggATATGTTGGGGAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTGCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGCTCAGATTGCg < 1:915500/143‑1 (MQ=255) tatGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAACACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTAc < 1:364480/143‑1 (MQ=255) tGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCg < 2:339991/143‑1 (MQ=255) tGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCg < 2:34042/143‑1 (MQ=255) tGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGCTGTTTATTATCCCTTCAGGACCGCTCAGCTTGCCTACCg > 2:1117153/1‑143 (MQ=255) 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1:409115/1‑143 (MQ=255) cTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGtt > 1:678634/1‑143 (MQ=255) tAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCTCCTGCGttt < 2:1111338/143‑1 (MQ=255) tAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTCTTGCTCTGGTTGTTTCTTAACCCTGCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGttt > 2:237851/1‑143 (MQ=255) aaGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTc < 1:1032006/143‑1 (MQ=255) cGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCACCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTATCCCTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCGaa < 1:588119/143‑1 (MQ=255) aatgaCCGGATGGCGAGTTGCGATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCGAAtatt < 1:326029/139‑1 (MQ=255) aaaTACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCGTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCGAAtatt < 2:521534/143‑1 (MQ=255) tACCGGATGGCGATTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGACCGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCGAATAttatc < 2:923088/143‑1 (MQ=255) caCCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTCTCTTTTCATCTGGTTGGTTATTAACCCTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCGAATAttatc < 1:449506/142‑1 (MQ=255) cGGATGGCAACTCGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGCACGCTCTGCTTGCGTACCGCTTGCTAACCCTCCAACGTAACTAATAttatctta > 1:34390/1‑143 (MQ=255) cGGATGGCAACTCGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCGAATAttctctta > 1:145367/1‑143 (MQ=255) gCGAGTTGCCATCCGTTAAAATATCATCACATCTAAGATATTAACCATTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCGAATATTATCTTATCTTta < 2:99753/143‑1 (MQ=255) tGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGTAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCGAATATTATCTTATCTTTAtaataa < 1:884921/143‑1 (MQ=255) | ATCAGTCTTCTCAGCCGCAGCAACAGCCGCAACAGCAACCTGCTCAGCAAGAGCAGAAAGACAGCGACGGTGTAGCCGGTTGGATCAAGGATATGTTTGGTAGTAATTAACATCTAAGCGTGAAATACCGGATGGCGAGTTGCCATCCGGTAAAATAACATCCCATCTAAGATATTAACCCTTTCTTTTCATCTGGTTGTTTATTAACCCTTCAGGAACGCTCAGATTGCGTACCGCTTGCGAACCCGCCAGCGTTTCGAATATTATCTTATCTTTATAATAA > NC_000913/167155‑167437 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |