| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,368,982 | G→C | 7.2% | intergenic (+28/+32) | yhcG → / ← yhcH | DUF1016 domain‑containing protein YhcG/DUF386 domain‑containing protein YhcH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,368,982 | 0 | G | C | 7.2% | 151.1 / 4.1 | 55 | intergenic (+28/+32) | yhcG/yhcH | DUF1016 domain‑containing protein YhcG/DUF386 domain‑containing protein YhcH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/21); new base C (2/2); total (32/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.28e-01 | |||||||||||
TAACACCGTTCTGGCAAGCGAATATAAGATGCAACTACCTGATGAGAAACGACTCGCAGATGAACTCGTTCGAACACAGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAACTAAGTTTTAAGCCATTAAATCAGCCTTAACCTTCACCACAACCTTTTTAATCTCTCCAGGCTCGCCGACAACGCATCCTGGTTTATGCGGTTCACCTGGCATAAACACGGCGAA > NC_000913/3368843‑3369121 | tAACACCGTTCTGGCAAGCGAATATAAGATGCAACTACCTGATGAGAAACGACTCGCAGATGAACTCGTTCGAACACAGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGAGAgtgt > 1:15605/1‑143 (MQ=255)tAACACCGTTCTGGCAAGCGAATATAAGATGCAACTACCTGATGAGAAACGACTCGCAGATGAACTCGTTCGAACACAGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAgtgt > 1:430314/1‑143 (MQ=255)tAACACCGTTCTGGCAAGCGAATATAAGATGCAACTACCTGATGAGAAACGACTCGCAGATGAACTCGTTCGAACACAGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAgtgt > 1:988747/1‑143 (MQ=255)tAACACCGTTCTGGCAAGCGAATATAAGATGCAACTACCTGATGAGAAACGACTCGCAGATGAACTCGTTCGAACACAGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGGTAAGTTCAGCGGTTTCGAATCCTGCAGAAAgtgg > 2:109566/1‑142 (MQ=255) aaCACCGTTCTGGCAAGCGAATATAAGATGCAACTACCTGATGAGAAACGACTCGCAGATGAACTCGTTCGAACACAGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTc > 1:592802/1‑143 (MQ=255) acacCGTTCTGGCAAGCGAATATAAGATGCAACTACCTGATGAGAAACGACTCGCAGATGAACTCGTTCGAACACAGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCt > 1:447256/1‑143 (MQ=255) acacCGTTCTGGCAAGCGAATATAAGATGCAACTACCTGATGAGAAACGACTCGCAGATGAACTCGTTCGAACACAGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCt > 2:84765/1‑143 (MQ=255) acCGTTCTGGCAAGCGAATATAAGATGTAACTACCTGATGAGAAACGACTCGCAGATGAACTCGTTCGAACACAGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGTTACTTTCAGCGGGTTGGAATTCTGCAGACAgttgctga > 2:1064881/1‑137 (MQ=255) acCGTTCTGGCAAGCGAATATAAGATGCAACTACCTGATGAGAAACGACTCGCAGATGAACTCGTTCGAACACAGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGc > 1:586177/1‑143 (MQ=255) acCCTTCTGTCAAGCGAATATCAGATGCAACTACCGGAGGAGAAACGACTCGCAGATGAACTCGTTCGAACACAGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGc < 1:232615/143‑1 (MQ=255) ttgtGGCAAGCGAATATAAGATGCAACTACCTGATGAGAAACGACTCGCAGATGAACTCGTTCGAACACTGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTCTAGACGCCGCTAATGTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGGCAGGGTCTGCAGaa > 2:549934/4‑143 (MQ=255) ttCTGGCAAGCGAATATAAGATGCAACTACCTGATGAGAAACAACTCGCAGATGAACTCGTTCGAACACAGGCGGTGCTAGAGGGAGGCTATAGACGCCGTTGATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCCGCCCGGGGCTGCAGac > 1:294094/1‑142 (MQ=255) cTGGCAAGCGAATATAAGATGCAACTACCTGATGAGAAACGACTCGCAGATGAACTCGTTCGAACACAGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGCAGAATc > 2:889496/1‑143 (MQ=255) cTGGCAAGCGAATATAAGATGCAACTACCTGATGAGAAACGACTCGCAGATGAACTCGTTCGAACACAGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACACTGTCTGCAGAAtt < 1:202839/143‑2 (MQ=255) gCAAGCGAATATAAGATGCAACTACCTGATGAGAAACGACTCGCAGATGAACTCGTTCGAACACAGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGGTAATTGCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGGAGAATCttt > 2:824716/1‑143 (MQ=255) 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1:498966/143‑1 (MQ=255) cAACTACCTGATGAGAAACGACTCGCAGATGAACTCGTTCGAACACAGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTACAACGAACTAAGTTTTa > 1:472415/1‑143 (MQ=255) cAACTACCTGATGAGAAACGACTCGCAGATGAACTCGTTCGAACACAGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAACTAAGTTTTa < 1:899453/143‑1 (MQ=255) cAACTACCTGATGAGAAACGACTCGCAGATGAACTCGTTCGAACACAGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAAATAAGTTTTa > 2:286798/1‑143 (MQ=255) cAACTACCTGATGAGAAACGACTCGCAGATGAACTCGTTCGAACACAGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGATAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAACTAAGATTTa > 2:889109/1‑143 (MQ=255) tgatgaGAAACGACTCACAGATGAACTCGATCGAACACAGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAACTAAGTTTTAAGCCATTa > 2:472408/1‑143 (MQ=255) 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2:841827/143‑1 (MQ=255) aaCACAGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAACTAAGTTTTAAGCCATTAAATCAGCCTTAACCTTCACCACAACCTTATTaa > 2:1124729/1‑143 (MQ=255) atgcaGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTTCAGAATCTTTAAAACGAACTAAGTTTTAAGCCATTAAATCAGCCTTAACCTTCACCACAACCTTTTTAAt < 2:229614/140‑1 (MQ=255) aGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAACTAAGTTTTAAGCCATTAAATCAGCCTTAACCTTCACCACAACCTTTTTAAtctct < 1:29361/143‑1 (MQ=255) gTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAACTAAGTTTTAAGCCATTAAATCAGCCTTAACCTTCACCACAACCTTTTTAATCTCTCCAgg < 1:334794/143‑1 (MQ=255) ggtAGAGGAAGTCTCTCGACGCCGGTCATTTCAGCGGTTTCGAAGTCTGCAGACCGTGTCTGCCGAATCTTTAAAACGAACTACGTTTTAAGCCATTAAATCAGCCTTAACCTTCACCACAACCTTTTTAATCTCTCCAGGCt < 2:163467/141‑1 (MQ=255) cTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAACTAAGTTTTAAGCCATTAAATCAGCCTTAACCTTCACCACAACCTTTTTAATCTCTCCAGGCTc < 1:808106/143‑1 (MQ=255) tgagGAAGGCTATAGACTCAGTTAGTTTCAGCGGTTTCGAATCCTGTCAACTGGTTCGTCAGAATCTTCAGAACGAACTAAGTTTTAAGCCATTAAATCAGCCTTAACCTTCACCACAACCTTTTTAATCTCTCCAGGCTCGc < 2:801933/142‑1 (MQ=255) agagGAAGGCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAACTAAGTTTTAAGCCATTAAATCAGCCTTAACCTTCACCACAACCTTTTTAATCTCTCCAGGCTCGc < 1:680014/143‑1 (MQ=255) ggCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAAGTCTGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAACTAAGTTTTAAGCCATTAAATCAGCCTTAACCTTCACCACAACCTTTTTAATCTCTCCAGGCTCGCCGACAAc < 1:1010526/143‑1 (MQ=255) gCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAACTAAGTTTTAAGCCATTAAATCAGCCTTAACCTTCACCACACCCTTTTTAATCTCTTCAGGCTCGCCGACAACg > 1:517495/1‑143 (MQ=255) cGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAACTAAGTTTTAAGCCATTAAATCAGCCTTAACCTTCACCACAACCTTTTTAATCTCTCCAGGCTCGCCGACAACGCATCCTgg < 2:1016267/143‑1 (MQ=255) gtggtgaaTGTCAGCGGGTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGCACTCAGCTTTACGCCATTAAATCAGCCTTAACCTTCACCACAACCTTTTTAATCTCTCCAGGCTCGCCGACAACGCATCCTGGt < 2:279480/137‑1 (MQ=255) ccGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAACTAAGTTTTAAGCCATTAAATCAGCCTTAACCTTCACCACAACCTTTTTAATCTCTCCAGGCTCGCCGCCAACGCATCCTGGtt > 1:91721/1‑143 (MQ=255) ccGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAACTAAGTTTTAAGCCATTAAATCAGCCTTAACCTTCACCACAACCTTTTTAATCTCTCCAGGCTCGCCGACAACGCATCCTGGtt > 1:234468/1‑143 (MQ=255) aaTTTCAGCTGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAACTAAGTTTTAAGCCATTAACTCAGCCTCAACCTTCACCACAACCTCCTTCATCTCTCCAGGCTCTCCGACAACGCATCCTTGTTTATGc < 2:53245/143‑1 (MQ=255) tCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAACTAAGTTTTAAGCCATTAAATCAGCCTTAACCTTCACCACAACCTTTTTAATCTCTCCAGGCTCGCCGACAACGCATCCTGGTTTATGCGGtt < 2:205822/143‑1 (MQ=255) 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aTTCTGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAACTAAGTTTTAAGCCATTAAATCAGCCTTAACCTTCACCACAACCTTTTTAATCTCTCCAGGCTCGCCGCCAACGCATCCTGGTTTATGCTGTTCACCTGGCCTaaa > 2:142222/1‑143 (MQ=255) ttCTGCAGACACTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAACTAAGTTTTAAGCCATTAAATCAGCCTTAACCTTCACCACAACCTTTTTAATCTCTCCAGGCTCGCCGACAACGCATCCTGGTTTATGCGGTTCACCTGGCATAAac > 1:1044170/1‑143 (MQ=255) cTGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAACTAAGTTTTAAGCCATTAAATCAGCCTTAACCTTCACCACAACCGTTTTAATCGCTCCAGGCTCGCCGACAACGCATCCTGGTTTATGCGGTTCACCTGGCGTaccgcc > 1:947920/1‑138 (MQ=255) tGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAGCTACGTTTTAAGCCATTAAATCAGCCTTAGCCTTCACCGCAACCTTTTTAATCTCTCCAGGCTCGACGACAACGCATCCTGTTTTATGCGGTTCACCTGGCGTCAaccag > 2:141557/1‑140 (MQ=255) aGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAACTAAGTTTTAAGCCATTAAATCAGCCTTAACCTTCACCACAACCTTTTTAATCTCTCCAGGCTCGCCGACAACGCATCCTGGTTTATGCGGTTCACCTGGCATAAACCCGGCg > 1:979869/1‑143 (MQ=255) ataGTGTCTGCAGAATCTTTAAAGCGAACTAAGTTTTAAGCCATTAAATCAGCCTTAACCTTCACCACAACCTGTTTAATCTCTCCAGGCTCGCCGACAACGCATCCTGGTTTATGCGGTTCACCTGGCATAAACACGGCGaa < 2:115933/141‑1 (MQ=255) | TAACACCGTTCTGGCAAGCGAATATAAGATGCAACTACCTGATGAGAAACGACTCGCAGATGAACTCGTTCGAACACAGGCGGTGCTAGAGGAAGGCTATAGACGCCGTTAATTTCAGCGGTTTCGAATTCTGCAGACAGTGTCTGCAGAATCTTTAAAACGAACTAAGTTTTAAGCCATTAAATCAGCCTTAACCTTCACCACAACCTTTTTAATCTCTCCAGGCTCGCCGACAACGCATCCTGGTTTATGCGGTTCACCTGGCATAAACACGGCGAA > NC_000913/3368843‑3369121 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |