Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,325,285 | G→C | 6.9% | intergenic (‑120/+13) | phnC ← / ← yjdN | phosphonate ABC transporter ATP binding subunit/conserved protein YjdN |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,325,285 | 0 | G | C | 6.9% | 162.1 / 2.9 | 60 | intergenic (‑120/+13) | phnC/yjdN | phosphonate ABC transporter ATP binding subunit/conserved protein YjdN |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (26/29); new base C (3/2); total (29/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAGCGGCAA > NC_000913/4325151‑4325425 | gATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTCATTAAAAGTGACTAACAGATGGAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCTGGCCTCCcgg > 1:834999/1‑143 (MQ=255) gATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCcgg < 1:1019739/143‑1 (MQ=255) atcaTCGTTTGCATGATGGAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGCCCGCCCTCCcgca < 2:472013/140‑3 (MQ=255) aTAATCGTTTTCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGCCCGCCCTCCcgca < 1:810017/143‑3 (MQ=255) aaTCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGGGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCcggcgg < 1:122750/143‑1 (MQ=255) tttGCATGATGCAGCCTTCCTAAATAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTAt < 2:734029/143‑1 (MQ=255) ttGCATGATGCCGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGCCTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTAtt < 1:995935/143‑1 (MQ=255) tGCCTGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTAGTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTg < 2:27360/143‑1 (MQ=255) tGCATGATGCTGCCTCCTTAGAAAAGTGGCTCCATCGTGTCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAACAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTg < 1:863924/143‑1 (MQ=255) tGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCTATCGTGGCGTATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTg < 1:858401/143‑1 (MQ=255) tGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGGTATTg > 2:144578/1‑143 (MQ=255) tGCAGGTTGCAACCTACCTGGAAGAGTGGCGGCATGGGGGCGGATGAGGGTGGGGATTTGGTTAATTAACAGTGACGAACAGATGAAGAGGTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTg < 1:465955/143‑1 (MQ=255) cATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATGATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTACGGGGGTGCTGCCCCCCGGGCGTGGTATTGCg > 2:388697/1‑143 (MQ=255) tgatgCAGCCGCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCgtt < 2:543807/143‑1 (MQ=255) gatgCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGACTTCGCTGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTCTTGCgttg > 1:359848/1‑143 (MQ=255) 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1:829954/143‑1 (MQ=255) cTAAAAAAGTGGCTCCATCGAGGCGGATTATTTTGACGATTTGGTTGATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGGCGTTTgc > 2:587788/1‑142 (MQ=255) tAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGAAGACTTGGAACAATCGTCTTGACTAACCGCTGCTAATCATCCATGGTGTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTgac > 1:262867/1‑143 (MQ=255) aaaaaaGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTgacg < 1:579473/143‑1 (MQ=255) aaGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACAt < 1:965379/143‑1 (MQ=255) caaTCGTGGCGGATTATTGGGACGAGTGGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAatcatc < 1:869581/141‑1 (MQ=255) 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2:655599/143‑1 (MQ=255) ttcattaaAAGTGCCTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGGTGGTTGTCGTTTGACGACCTTACTCATCAACGGTACGCCAAAATAATCGATGACTTTg > 1:1095098/4‑143 (MQ=255) taattaaAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGc > 1:16771/1‑143 (MQ=255) taattaaAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTAGATGAAAGTGCGGGAGGGGAGGCATGCCGGCGGCACACAGCGTTGGCTGTTGGTTGACGCAATTAATCATCGACGGCACGCGAACATTATCATAGACTTTGc > 2:981378/1‑143 (MQ=255) aaaGGGACGAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGc < 1:333818/143‑1 (MQ=255) aGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGCATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCa < 1:35674/143‑1 (MQ=255) aCTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTAGCTCATAGTGCGGGAGTTCGGCCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGGGGTTGTTTGACGACCTTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCACAGCCATgcc > 2:683500/1‑142 (MQ=255) cTACCAGATGGAGAGTTAACGGGGCTTTCTTGTCAGTGGGGGGGCGCAGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTGGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATgcgc < 2:124458/143‑1 (MQ=255) aCAGATGAAGAGTTAACGGGAATCAGCAGTGTGATTTGTATGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTGGTTGTTTGACGACATTAATCATCTACGGTCCGCCGAATCTATCGGTGACTTTGCCCAAGCCATGCGCCCa > 2:928503/1‑143 (MQ=255) aTGGAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCGCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGaaa < 1:244491/143‑1 (MQ=255) aTGAAGCGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGaaa < 2:359848/143‑1 (MQ=255) aTGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGaaa > 1:1019117/1‑143 (MQ=255) aTGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGaaa > 1:415885/1‑143 (MQ=255) aaGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCACATCTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGtt > 2:769873/1‑143 (MQ=255) gagTTAACGGGAATTCGATGACAGTGTGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTc > 2:423927/1‑143 (MQ=255) ttAACGGGAATTCGATGACAGTGCGCGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACGTTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTCTCGGTGACTTTGCCAAACCCATGCGCCCAGCACGTTTCCTg > 2:1114420/1‑143 (MQ=255) tAACGGGGATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCACCCAGAAAGTTTCCTGc < 1:783512/143‑1 (MQ=255) aCGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGGTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGGGACTCTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAGGTTTCCTGccg > 2:77068/1‑142 (MQ=255) aCGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATAGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGccg > 2:120431/1‑142 (MQ=255) gggAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAgg > 2:498602/1‑143 (MQ=255) gggAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTGGGTTGTTGTTTGACGAAGTATGTCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCACAGCCATGCGCCCAGAAAGCCTCCAGCCAgg > 2:652645/1‑143 (MQ=255) ggAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGc < 1:963836/143‑1 (MQ=255) aaTTCGATGACGCTGCAGTAGGGAGAGCCTCCCGGCTGGTTATTGCGGTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCa < 2:973392/143‑1 (MQ=255) cgttGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTACTCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGGTAGTTTCCTGCCAGGCCATTTc < 2:1124246/140‑1 (MQ=255) gACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTGGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGCAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGAtt > 2:79671/1‑143 (MQ=255) cAGGGCGGGTGGGCGGGCCTGCCGGCGGGTGATTCCGTTGGGTGTTTTTTGACGACATTAATCATCCCCGTTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGTCCAGAAAGTTGCCTGCCAGGCCATTTCGAtttt < 2:1127092/143‑1 (MQ=255) ccgccGGGAGGCCCGCCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGCAAGTTTCCTGCCAGCCCATTTCGAttttt > 1:791747/5‑143 (MQ=255) gggAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGATCTTCCTCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGtt < 1:824655/143‑1 (MQ=255) gggAGGGCCGGCATAACTTCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTGGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGtt < 2:175754/143‑1 (MQ=255) gcgggcCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAGAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCTTGCCAGACCAATTCGATTACTCCGTTAGCGGc > 2:145328/1‑143 (MQ=255) gggcCTCCCGTCGGGTTTTTGCGTTGGTTGTGGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGTCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAGCGGCaa < 2:1002525/143‑1 (MQ=255) | GATAATCGTTTGCATGATGCAGCCTCCCTAAAAAAGTGGCTCCATCGTGGCGGATTATTGTGACGATTTGGTTAATTAAAAGTGACTAACAGATGAAGAGTTAACGGGAATTCGATGACAGTGCGGGAGGGCGGGCCTCCCGGCGGGTTATTGCGTTGGTTGTTGTTTGACGACATTAATCATCCACGGTACGCCAAATTTATCGGTGACTTTGCCAAAGCCATGCGCCCAGAAAGTTTCCTGCCAGGCCATTTCGATTTTTCCGTTAGCGGCAA > NC_000913/4325151‑4325425 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |