| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,426,178 | A→T | 6.0% | intergenic (+198/‑276) | ydaY → / → ynaA | Rac prophage; putative uncharacterized protein YdaY/Rac prophage; putative prophage tail length tape measure domain‑containing protein YnaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,426,178 | 0 | A | T | 6.0% | 242.9 / 6.8 | 95 | intergenic (+198/‑276) | ydaY/ynaA | Rac prophage; putative uncharacterized protein YdaY/Rac prophage; putative prophage tail length tape measure domain‑containing protein YnaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/44); new base T (4/2); total (49/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.27e-01 | |||||||||||
AAGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAG > NC_000913/1426037‑1426317 | aaGCGGGAAAAACTCAGGTGGCCCTCGAGAGCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGAc < 2:626304/143‑1 (MQ=255) aGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGGGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGGGCCTCTGCCTTTATCTCTGACa > 1:668586/1‑143 (MQ=255) aGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACa > 1:278261/1‑143 (MQ=255) cGAGAAAAACTCAGGTTGACACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACaga < 1:290571/143‑1 (MQ=255) gagaAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACagag > 1:767583/1‑143 (MQ=255) gaAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCGTAGGGACCTGTTGTACGCCTAAACGGCACGATGCCGTGCCCGACGATATCCTGGAATGGCTAGGGAGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGAt > 2:293862/1‑143 (MQ=255) aaaaaCTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGAGATTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCAGTAATATGCCGCGCCCGACGTTATGCTGGAATGACTGCAGTGCCATTGCCTACATCTCTGACagatgga > 2:279311/1‑139 (MQ=255) accTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAACTAATCCCTGTTCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAAt < 2:593285/141‑1 (MQ=255) aCTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGCCCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGTCAGAGATaaagg < 1:557735/143‑3 (MQ=255) tCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCGGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGCTAGATGaa > 1:331830/1‑143 (MQ=255) gTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAAGAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGGCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATATCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATAtt < 2:256834/143‑1 (MQ=255) ccACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCCCAAGGAGTTGTTGTACGCCTACTCGGCAATATCCCGTGCCCGACGTGATGCCGGGATTGCTCGGGTGCCTTCACCTTTATCTCTGACAGAGATATATGAAGAtttcga > 2:352790/1‑140 (MQ=255) cACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTCATATCCCGTGCCCGCCGTTGTGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTGTGCCTAAATCGCTGACAGGGCTAACCGCACATTTAGcc > 2:148140/1‑143 (MQ=255) gATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCACGTGCCCGACGTTATGCTGTACTGGCTGGACAGCCTTTGCCTTTTTTTCTGACAGAACTAAATGAATATCTAGCCACta > 2:357326/1‑142 (MQ=255) tACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACACAt > 2:659165/1‑143 (MQ=255) cGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTGAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTTTCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCg > 2:806496/1‑143 (MQ=255) cGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTGTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCg > 2:34783/1‑143 (MQ=255) aaCCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTa > 2:661834/1‑143 (MQ=255) aGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAAGCGTAAGGCACTCATCCGGTattga > 2:546686/1‑143 (MQ=255) ggaaTAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTattgat < 2:425779/141‑1 (MQ=255) gAAATCGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTGATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTattgat < 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2:3417/1‑143 (MQ=255) ggAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAg < 1:514508/143‑1 (MQ=255) gctgttgtACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAg < 1:218654/141‑1 (MQ=255) gttgtACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGa > 1:762325/1‑143 (MQ=255) gtACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAAGGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCt > 2:299717/1‑143 (MQ=255) tACGCCTATTCGGTAATACCCCGTGCCCGACGTCATGCTGGAACGGCTGGGGTGCCTTTGACTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCtt < 1:216244/143‑1 (MQ=255) aCGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGCATATTTAGCCACTCATCCGGTCTTTATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGCTCttc > 1:552654/1‑142 (MQ=255) aCGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCttt < 1:200091/143‑1 (MQ=255) ccTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCa > 1:264646/1‑143 (MQ=255) cTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGACGCCGCGATCTTTGCAc > 2:321334/1‑143 (MQ=255) tATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACt < 1:596252/143‑1 (MQ=255) tATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACt < 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atttATCTCTGTCAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCTGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTg > 2:793538/2‑143 (MQ=255) atttATCTCTGTCAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACtgtg > 2:304836/2‑143 (MQ=255) atttATCTCTGTCAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGGGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTg > 2:405607/2‑143 (MQ=255) tttATGTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGt < 1:802018/143‑1 (MQ=255) tttATCTCTGACAGAGATAAAAGCCTGTTTAGCCACTCATCCGGTATTGCTTGCGTGATACGGAGGCGATGCTTCCTTCTTTTCACTGTGTGACCAGTATTTTCAGGCGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGt > 2:598974/1‑143 (MQ=255) tttATCTCCGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGt > 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tctGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACaga > 1:457010/1‑143 (MQ=255) tctAACAGATATAAATGAAGATTTAGCCACTCATCCGGTAGTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTGCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACaga < 2:363201/143‑1 (MQ=255) ctGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACagag > 1:687662/1‑143 (MQ=255) | AAGCGAGAAAAACTCAGGTTGCCACCGATACCGGAACCAGAAATAGACCCGGTGCTTAAGGAGTTGTTGTACGCCTATTCGGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAG > NC_000913/1426037‑1426317 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |