| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,026,927 | A→T | 100% | V30E (GTG→GAG) | mgsA ← | methylglyoxal synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,026,927 | 0 | A | T | 100.0% | 120.3 / ‑6.7 | 42 | V30E (GTG→GAG) | mgsA | methylglyoxal synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (21/20); minor base G (0/1); total (21/21) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CCAACCTGCTGGTCACCCCCCATTGGGCCACTCAACATCGCGTTGACGTTCATGCCGGTCGCGCGGGAAATTAAGTTACCGGTAG‑‑TGCCTGTTGCATACAGTACGTGTTGTTCCAGTAACGGTTGATGCCGTTCCACCCAGCTCATCAGCATTTGTTTGCAGTGATCGTGTGCCACCAGCGCAATATGTTTCCGCGCAGGTAAAGTGCGAGTCGTCAGTTCCATAATGTACATCCGTAGTTAACTTTCCTACAGATTACTGTAAGCACTTATC > NC_000913/1026792‑1027064 | ccAACCTGCTGGTCACCCCCCATTGGGCCACTCAACATCGCGTTGACGTTCATGCCGGTCGCGCGGGAAATTAAGTTACCGGTAG‑‑TGCCTGTTGCATACAGTACGTGTTGTTCCAGTAACGGTTGATGCCGTTCCTCCCAGCt < 1:737388/143‑1 (MQ=255) ctgGGCACCCCCCATTGGGCCACTCAACATCGCGTTGACGTTCATGCCGGTCGCGCGGGAAATTAAGTTACCGGTAG‑‑TGCCTGTTGCATACAGTACGTGTTGTTCCAGTAACGGTTGATGCCGTTCCTCCCAGCTCATCAGCa < 1:843786/143‑1 (MQ=255) aCCCCCCTTGGGGCCCTTCACCATCGCGTTGACGTTCATGCCGGTGGCGCGGGAAATTACGTTACCGGTAG‑‑TGCCTGTTGCATACAGTACCTGTTGTTCCAGTAACGGTTGATGCCGTTCCTCCCAGCTCATCAGCAtttgtt < 2:251877/143‑1 (MQ=255) gccATTGGGCCACGCAACATCGCGTTGACGTTCATGCCGGTCGCGCGGGAAATTAAGTTACCGGTAG‑‑TGCCTGTTGCATACAGTACGTGTTGTTCCAGTAACGGTTGATGCCGTTCCTCCCAGCTCATCAGCATTTGTTTGCa < 1:111962/142‑1 (MQ=255) cccATTGGGCCACTCAACATCGCGTTGACGTTCATGCCGGTCGCGCGGGAGATAAAGTCACCGGAAGCATTGCAATCTC‑TTTTG‑ACGTGTTGTTCCAGTAACGGTTGATGCCGTTCCTCCCAGCTCATCAGAATTTGTTTGCa > 1:843178/1‑143 (MQ=255) cccATTGGGCCACTCAACATCGCGTTGACGTTCATGCCGGTCGCGCGGGAAATTAAGTTACCGGTAG‑‑TGCCTGTTGCATACAGTACGTGTTGTTCCAGTAACGGTTGATGCCGTTCCTCCCAGCTCATCAGCATTTGTTTGCa > 1:128837/1‑143 (MQ=255) cccATTGGGCCACTCAACATCGCGTTGACGTTCATGCCGGTCGCGCGGGAAATTAAGTTACCGGTAG‑‑TGCCTGTTGCATACAGTACGTGTTGTTCCAGTAACGGTTGATGCCGTTCCTCCCAGCTCATCAGCATTTGTTTGCa < 2:283466/143‑1 (MQ=255) cccATTGGGCCACTCAACATCGCGTTGACGTTCATGCCGGTCGCGCGGGAAATTAAGTTACCGGTAG‑‑TGCCTGTTGCATACAGTACGTGTTGTTCCAGTAACGGTTGATGCCGGTCCTCCCAGCTCCTCAGCCtttgtttgac > 1:178968/1‑141 (MQ=255) aCTCAACATCGCGTTGACGTTCATGCCGGTCGCGCGGGAAATTAAGTTACCGGTAG‑‑TGCCTGTTGCATAAAGTACGTGTTGTTCGAGTAGCGGTTGATGCCGTTCCTCCCCGCTCATCAGCATTTGTTTGAGGTGATCGtgtg > 1:300537/1‑143 (MQ=255) 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gCCGGTCGCGCGGGAAATTAAGTTACCGGTAG‑‑TGCCTGTTGCAGACAGTACGTGTTGTTCCAGTAACGGTTGATGCCGTTCCTCCCAGCTCATCAGCATTTGTTTGCAGTGATCGTGTGCCACCAGCGCAATATGTTTCcgcg < 1:720749/143‑1 (MQ=255) ccGGTCGCGCGGGAAATTAAGTTACCGGTAG‑‑TGCCTGTTGCATACAGTACGTGTTGTTCCAGTAACGGTTGATGCCGTTCCTCCCAGCTCATCAGCATTTGTTTGCAGTGATCGTCTGCCACCAGCGCAATATGTTTCCgcgc > 2:455373/1‑143 (MQ=255) cgGGATATTAAGTTACCGGTAG‑‑TGCCTGTTGCATACAGTACGTGTTGTTCCAGTAACGGTTGATGCCGTTCCTCCCAGCTCATCAGCATTTGTTTGCAGTGATCGTGTGCCACCAGCGCAATATGTTTCCGCCCCGGTAAAGt > 2:620878/1‑143 (MQ=255) cgGGAAATTAAGTTACCGGTAG‑‑TGCCTGTTGCATACAGTACGTGTTGTTCCAGTAACGGTTGATGCCGTTCCTCCCAGCTCATCAGCATTTGTTTGCAGTGATCGTGTGCCACCAGCGCAATATGTTTCCGCGCAGGTAAAGt > 1:794738/1‑143 (MQ=255) ggtgccGGTAG‑‑GGCCTGTTGCATACAGTACGTGTTGTTCCAGTAGCGGTGGATGCCGTTCCTCCCAGCTCATCAGCATTTGTTTGCAGTGATCGTGTGCCACCAGCGCAGTATGTTTCCGCGCAGGTAAAGTGCGAGTCGTCa < 2:38991/139‑1 (MQ=255) 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> 2:104986/1‑139 (MQ=255) aGTACGTGTTGTTCCAGTAACGGTTGATGCCGTTCCTCCCAGCTCATCAGCATTTGTTTGCAGTGATCGTGTGCCACCAGCGCAATATGTTTCCGCGCAGGTAAAGTGCGAGTCGTCAGTTCCATACTGTCCATCAGTACTTa > 1:410484/1‑143 (MQ=255) gTACGTGTTGTTGCAGTAGCGGTGGATGCCGTTCCTCCCGGCTCATCAGCATTTGTTTGCAGTGATCGTGTGCCACCAGCGCAATATGTTTCCGCGCAGGTAAAGTGCGAGTCGTCAGTTCCATAATGTACATCCGTAGTTaa < 2:353585/143‑1 (MQ=255) tACGTGTTGTTCCAGTAACGGTTGATGCCGTTCCTCCCAGCTCATCAGCATTTGTTTGCAGTGATCGTGTGCCACCAGCGCAATATGTTTCCGCGCAGGTAAAGTGCGAGTCGTCAGTTCCATGATGTACCTCCGTAGtgatc > 1:716115/1‑139 (MQ=255) tgttgtTCCAGTAGCGTTTGATGCCGTTCCTCCCAGCTCATCACCATTTGTTTGCAGTGATCGTGTGCCACCAGCGCAATATGTTTCCGCGCAGGTAAAGTGCGAGTCGTCAGTTCCATAATGTACATCCGTAGTTAACTTTc < 2:713047/143‑1 (MQ=255) gttgttCCAGTAACGGTTGATGCCGTTCCTCCCAGCTCATCAGCATTTGTTTGCAGTGATCGTGTGCCACCAGCGCAATATGTTTCCGCGCAGGTAAAGTGCGAGTCGTCAGTTCCATAATGTACATCCGTAGTTAACTTTcc > 1:737235/1‑143 (MQ=255) ttgttCCAGTAACGGTTGATGCCGTGCCTCCCAGCTCATCAGCATTTGTTTGCAGTGATCGTGTGCCACCAGCGCAATATGTTTCCGCGCAGGTAAAGTGCGAGTCGTCAGTTCCATAATGTACATCCGTAGTTAACTTTCCt < 1:329031/143‑1 (MQ=255) tCCAGTAACGGTTGATGCCGTTCCTCCCAGCTCATCAGCATTTGTTTGCAGTGATCGTGTGCCACCAGCGCAATATGTTTCCGCGCAGGTAAAGTGCGAGTCGTCAGTTCCATAATGTACATCCGTAGTTAACTTTCCTACAg > 2:18476/1‑143 (MQ=255) tCCAGTAACGGTTGATGCCGTTCCTCCCAGCTCATCAGCATTTGTTTGCAGTGATCGTGTGCCACCAGCGCAATATGTTTCCGCGCAGGTAAAGTGCGAGCCGTCAGTTCCATAATGTACATCCGTAGTTACCTTTCCTACAg > 2:235859/1‑143 (MQ=255) accGGTTGATTCCGCTCCTCCCTGCTCAGCAGCATTTGTTTGCAGTGATCGTGTGCCACCAGCGCAATATGTTTCCTCGCAGGTAAAGTGCGAGTCGTCAGTTCCATAATGTACATCCGTAGTTAACTTTCCTACAGATTACt < 2:340997/141‑1 (MQ=255) ccGGTCGACGCCGCTCCTCCCAGCTCATCAGCATCTGTTTGCAGTGATCGTGTGCCCCCAGCGCAATATGTTTCCGCGCAGGTAAAGTGCGAGTCGTCAGTTCCATAATGTACATCCGTAGTTAACTTTCCTACAGATTACTg < 1:359792/142‑1 (MQ=255) gTTGATGCCGTTCCTCCCAGCTCATCAGCATTTGTTTGCAGTGATCGTGTGCCACCAGCGCAATATGTTTCCGCGCAGGTAAAGTGCGAGTCGTCAGTTCCATAATGTACATCCGTGGTTAACTTTCCTACAGATTACTGTaa > 1:251999/1‑143 (MQ=255) gTTGATGCCGTTCCTCCCAGCTCATCAGCATTTGTTTGCAGTGATCGTGTGCCACCAGCGCAATATGTTTCCGCGCAGGTAAAGTGCGAGTCGTCAGTTCCATAATGTACATCCGTAGTTAACTTTCCTACAGATTACTGTaa > 2:486849/1‑143 (MQ=255) aggCCGGTCCTCCCAGCCCATCAGCATTTGTTTGCAGTGATCGTGTGCCACCAGCGCAATATGTTTCCGCGCAGGTAAAGTGCGAGTCGTCAGTTCCATAATGTACATCCGTAGTTAACTTTCCTACAGATTACTGTAAGCAc < 1:817395/141‑1 (MQ=255) aTGCCGTGCCTCCCAGCTCATCAGCACTTGTTTGCAGTGATCGCGTGCCTCCAGCGCAATATGTGTCCGCGCAGGTAAAGTGCGAGTCGTCAGTTCCATAATGTACATCCGTAGTTAACTTTCCTACAGATTACTGTAAGCAc < 2:672967/143‑1 (MQ=255) gCCGTTCCTCCCAGCTCATCAGCATTTGTTTGCAGTGATCGTGTGCCACCAGCGCAATATGTTTCCGCGCAGGTAAAGTGCGAGTCGTCAGTTCCATAATGTACATCCGTAGTTAACTTTCCTACAGATTACTGTAAGCACtt > 1:296798/1‑143 (MQ=255) ccGTTCCTCCCAGCTCATCAGCATTTGTTTGCAGTGATCGTGTGCCACCAGCGCAATATGTTTCCGCGCCGGTAAAGTGCGAGTCGTCAGTTCCATAATGTACATCCGGAGTTAACTTTCCTCCAGAGTCCTGTAAGCACTTa > 1:26213/1‑143 (MQ=255) gTTCCTCCCAGCTCATCAGCATTTGTTTGCAGTGATCGTGTGCCACCAGCGCAATATGTTTCCGCGCAGGTAAAGTGCGAGTCGTCAGTTCCATAATGTACATCCGTAGTTAACTTGCCTCCAGATTACGGTAAGCACTAATc > 1:553570/1‑143 (MQ=255) | CCAACCTGCTGGTCACCCCCCATTGGGCCACTCAACATCGCGTTGACGTTCATGCCGGTCGCGCGGGAAATTAAGTTACCGGTAG‑‑TGCCTGTTGCATACAGTACGTGTTGTTCCAGTAACGGTTGATGCCGTTCCACCCAGCTCATCAGCATTTGTTTGCAGTGATCGTGTGCCACCAGCGCAATATGTTTCCGCGCAGGTAAAGTGCGAGTCGTCAGTTCCATAATGTACATCCGTAGTTAACTTTCCTACAGATTACTGTAAGCACTTATC > NC_000913/1026792‑1027064 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |