| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,416,239 | C→T | 100% | T498M (ACG→ATG) | pta → | phosphate acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,416,239 | 0 | C | T | 96.5% | 40.8 / ‑6.1 | 20 | T498M (ACG→ATG) | pta | phosphate acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (11/8); total (11/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GGGTGCAGGGATTGAAATCGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCTGATCAAAACTGCACCGGGCAGCTCCCTGGTATCTTCCGTGTTCTTCATGC > NC_000913/2416102‑2416376 | tggTGCACGGATTGTATTCGTTGATCCAGTAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTATGCTGa < 2:285320/142‑1 (MQ=255) aaaTCGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTATGCTGATGCTGGAACAggct > 2:211502/1‑141 (MQ=255) tCGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGCACTGCGCATGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTATGCTGATGCTGGAACAGGATGaa < 2:49198/143‑1 (MQ=255) ttCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTGGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTATGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGGTGATGGTCTGGTTTcc > 2:322221/1‑143 (MQ=255) gAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTATGCGGATGCGGGAACACGCTGAAGTTGATGGTCCGGTTTCTGGTGc > 2:188471/1‑143 (MQ=255) aaGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGATGGAAGACAACGTGGGGCTCGGTATGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAAGACCACCCCTccgcc > 2:375135/1‑143 (MQ=255) aCCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTCTGCTGATGCTGGAACAGGATCAAGTTGATGGTCTAGTTTCAGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACGATCCGTCCGCCGCTGCAGCTGATCaa > 1:282989/1‑143 (MQ=255) cGAAACCGTTTCCCGCGAACAGTTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTATGCTGATGCTGGAACATGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCGGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCTGATCaaaa < 1:199358/143‑1 (MQ=255) cGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTATGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCCGCAGCTGATCcaaa > 2:101695/1‑143 (MQ=255) cGAAACCGTTGCCAGAGAAAAGCTGGAAGACAACGAGGTGCTCGGTATGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCTGATCaaaa > 1:492419/1‑143 (MQ=255) cGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTATGCTGATGCTGGTACAGGATGAAGTTGATGGTCTGATTTACGGTGATGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCTGATCAAAACTGCAc > 1:268789/1‑143 (MQ=255) cGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTATGCTGATGCTGGAACATGATGAAGTTGATGGTCTGAATTCCGGTACAGAACAAACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCTGATCAAACCTGCAc > 1:55491/1‑143 (MQ=255) gCCCGCGAACAGCTGGAACACAACGTCTTTCTCGTTACGTTTTTTCTTGTTTTGGATTAATTTGATGGTTTAGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCTGATCAAAACTGCACCggg < 1:35719/143‑1 (MQ=255) cAGCTGCAAGACAACGTGGTGCTCGGTATGCTGATGCGGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGATGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCTGATCAAAACTGCACCGGGCAGCTCCCt < 2:111765/143‑1 (MQ=255) tGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTATGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACAGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCTGATCAAAACTGCACCGGGCAGCTGCCTggcg > 2:147340/1‑141 (MQ=255) gttggcAACGCGGTGCCCGCTATGCTGAGTTTGTAACTGGTTGTATCTTATGGTCTGGTTGCCGGTGCTGTTCACACGTCCGCAAGTACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCTGATCAAAACTGTACCGGGCAGCTCCCTGGTATc < 2:44259/138‑1 (MQ=255) aCAACGCTGTGCTCGGGATGCTGATGCTGGAACAGGATTAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTTACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCTGATCAAAACTGCACCGGGCAGCTCCCTGGTATCTTcc < 1:129324/143‑1 (MQ=255) ttggggCTGGGTATGCGGATGCTGGAAAAGGATTAAGTTGATTGTCTCGTTCTCGGTGCTGTGCTCACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCTGATCAAAACTGCACCGGGCAGCTCCCTGGTATCTTTCGTGtt < 2:269010/142‑1 (MQ=255) tggtgCGAGGTATGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCTGATCAAAACTGCACCGGGCAGCTCCCTGGTATCTTCCGTGttc < 2:54436/143‑1 (MQ=255) cGGTATGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATCGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCAACAAAAACAGAAGATCAAAACTGCACCGGACAGCTCCCTGGTATCTTCCGTGTTCTTCAtgc > 1:137062/1‑143 (MQ=255) | GGGTGCAGGGATTGAAATCGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCTGATCAAAACTGCACCGGGCAGCTCCCTGGTATCTTCCGTGTTCTTCATGC > NC_000913/2416102‑2416376 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |