| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,287,423:1 | +T | 76.9% | intergenic (‑52/‑341) | acs ← / → nrfA | acetyl‑CoA synthetase (AMP‑forming)/cytochrome c552 nitrite reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,287,423 | 1 | . | T | 76.9% | 139.5 / 45.9 | 65 | intergenic (‑52/‑341) | acs/nrfA | acetyl‑CoA synthetase (AMP‑forming)/cytochrome c552 nitrite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (6/9); new base T (29/20); total (36/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑T‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGC > NC_000913/4287281‑4287559 | aTTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTAGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑g > 2:194194/1‑143 (MQ=255) tttgATCCATCGGCTTGTACGTCTTAGGTTTTAGCAGGGAATGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑ttt < 1:360447/142‑3 (MQ=255) gttgATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGGGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑tta < 1:286322/143‑3 (MQ=255) tgATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGGGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGGTAATAATATGTGGAATAAGCGTTAAAT‑G‑T‑Aagg > 1:231410/1‑143 (MQ=255) aTCGGCGCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAGTGGTCTGCGATGTTGGTAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTGATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGGTAATAATAGGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTAtt < 1:373321/143‑1 (MQ=255) tCGCCTCGTATTGCTGAGTGTTTATCAGGCACCGGTTTGCGTTGTTGGTATGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCCCGGTGGAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTg < 1:514704/143‑1 (MQ=255) cgcgctctgctgTAGGTTTATCAGGCTGCGGTCTGCGATGTTGCCAGGAATGGGGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCTTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑T‑AGGGGTATTGGCAGt < 2:266281/137‑1 (MQ=255) gttgtgctgAGGGTTTAGAAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGAGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGttt < 1:520099/139‑1 (MQ=255) gTACCGCTGCGGGTTTATCGGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGttt < 2:389561/143‑1 (MQ=255) 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tcCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑T‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGGAGAAGTTGCATTG‑TGCAAACGATCGGCTGGTGAATTTGTGGAGGTCAGACACaaa > 2:218318/1‑143 (MQ=255) cTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATATTTGAAGGTCAGCAACaaaa > 1:213959/1‑143 (MQ=255) gTAGGAGGTTACTAAGATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTGTGTTCCGTCTCCGGAGGAGAGATCAC‑CAGCAGCAGGACTGCTACAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGtt < 1:578607/143‑1 (MQ=255) tAGGAGGTTAATATATTATGGCATTAGCGTTAAAT‑G‑T‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGa < 2:131693/143‑1 (MQ=255) aGGCTGTGAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCTACAGATCACGAAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGa < 2:374722/143‑1 (MQ=255) 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tAAGCGTTAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCa < 2:378061/143‑1 (MQ=255) ttAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATAAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTatg > 1:556678/1‑143 (MQ=255) tAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGTCGGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTatgc < 2:329602/143‑1 (MQ=255) tAAAT‑GTT‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGACGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTatgc > 1:142567/1‑143 (MQ=255) | ATTGTTGATACATCGCCTCGTACTGCTGAGGGTTTATCAGGCAACGGTCTGCGATGTTGGCAGGAATGGTGTGTTTGTGAATTTGGCTCATGCTTTTGTTCTCCTTGTAGGATGTTAATAATATGTGGCATAAGCGTTAAAT‑G‑T‑AGGGGTATTGGCAGTTTTGTTTAGTATTTGGGCGACAGATCACGCAAAAGTAGAATTG‑TGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGC > NC_000913/4287281‑4287559 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |