| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 1,293,032 | IS1 (–) +8 bp | 100% | intergenic (‑110/‑488) | hns ← / → tdk | DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine/deoxyuridine kinase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 257908 = | NA (NA) | 22 (0.780) | 21/264 | NT | 100% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 1293039 | 0 (0.000) | intergenic (‑117/‑488) | hns/tdk | DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine/deoxyuridine kinase | |||||
| * | ? | NC_000913 | 1293032 = | 0 (0.000) | 17 (0.600) | 14/264 | NT | 100% | intergenic (‑110/‑495) | hns/tdk | DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine/deoxyuridine kinase |
| ? | NC_000913 | = 1979270 | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
TTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGA > NC_000913/1292897‑1293178 | ttaaGAACTTTGAGTGCTTGGCTGATTGTAGTAATCTCGAACTTAGATTGGGGTGGTTTGTGGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTtccg < 2:141205/140‑1 (MQ=255)ttCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTgccg < 2:438916/143‑1 (MQ=255) tCAGAATTTTAAGTGCTTCTTTCATTGTAGTAATCTCAATCTTTTTTTGGTCATCAATAAGGAGGTAATAATAGAGCTTTAAATTCAGGTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTgccgg < 1:124131/143‑2 (MQ=255) aGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggt < 1:425379‑M2/143‑4 (MQ=255) gAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggta < 1:244387‑M2/143‑5 (MQ=255) aTTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCGTTATTTTGTGCCGggtaat < 2:99372‑M2/143‑7 (MQ=255) ttttAAGTGCTTCGCTCAATGGAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAAGAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAAGGTAAGGAATTCAAAATAGTTCTCTATGTTGAACCGgttaatg < 2:67254‑M2/143‑8 (MQ=255) tttgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacacgattatacaaaaaataagtaagttggcagcatcaccTTGTGCCGCCAATAAATATCtt < 1:123729‑M1/22‑1 (MQ=255) tgccgttacgcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTTGTGCCGCCAATAAATATCtttt > 2:253032‑M1/120‑143 (MQ=255) gccgttccgcactaccccgtcactagcctaacaggatggacagctgataaaaacataagccactgcagcacctcaaaaaccccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTc > 2:303812‑M1/119‑143 (MQ=255) gccggtgcgcaccaccccgtcagtagctgaacaggaggggcagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTc > 2:113688‑M1/119‑143 (MQ=255) cATTGTAGTAATTTCAAACTTATATTGGGGTGTTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgat > 2:200446‑M2/1‑120 (MQ=255) aTTGTAGTAGTCTTAAAGGTATGTTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgata > 2:324458‑M2/1‑119 (MQ=255) gcaccaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgataccaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatccgtaagttggcagcataaccTTGTGACGCACACAAACAtcttctcacccaatt < 2:552367‑M1/33‑8 (MQ=255) accaccccgtcagtagctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttgacagcatcaccTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAg < 1:403226‑M1/35‑1 (MQ=255) gctgaacaggagggacagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactacatcagtacgttggccgcctcaccTTGTGCCGCCAATAAAAATCAATAAATAAAATAAGCAAGAAAAGacgcga < 1:509803‑M1/50‑2 (MQ=255) ccagctgatccagacagaagtcactggagcacctcaaacacaccttcgtaccctacatcagtaagttgtcagcatcaccTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGTCGCGGCATATAGGCCTAtt > 2:409504‑M1/80‑143 (MQ=255) acagctgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTAtt > 2:444841‑M1/80‑143 (MQ=255) ttgttgAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgacttt > 1:500405‑M2/1‑86 (MQ=255) tgatagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATACAATTAGCCAGAACAGACGCGGCATATAGCACTActtaaac < 2:506518‑M1/69‑4 (MQ=255) tagaaacagaagccactggagcacctcaaaaacaccatcatacactacatcagtaagttggcaacaccaccTCGTTCCGCCAATAAATATCTTTTCCTAAAATTCGCCAGAAAAGACCACGCATATAGCCCGATTTACACCga < 2:516942‑M1/72‑1 (MQ=255) ttaataatAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGTATGTAAGTAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgca > 1:205799‑M2/2‑78 (MQ=255) aataatCGTGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAACTTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccacctttttgatacggttttatgttcagataattcccgatgactttgtcatgcagc > 1:208965‑M2/1‑76 (MQ=255) ataataGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgaccgatgactttgtcatggagcg < 1:336336‑M2/143‑69 (MQ=255) gCTTTAAATTCAGTAGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgat > 1:558393‑M2/1‑67 (MQ=255) tAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATTTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttg > 2:71858‑M2/1‑63 (MQ=255) tCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgaatccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctcaaccgattttgagaac < 1:114285‑M2/143‑86 (MQ=255) cctcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCCGCAAAGACGCGCCATATAGCCCTATCTACAACGAAAAATTCACAGCACGAGAGGTTa < 1:450544‑M1/95‑1 (MQ=255) ttGTGCAATAGTCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTGATTGTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgaca > 1:196227‑M2/1‑54 (MQ=255) tcaaaaacaccatcatacactaaatcagtaagttggcagcatcaccTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAAAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTAAACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTaaa < 1:31398‑M1/97‑1 (MQ=255) caaaaacaccctccgacactcaatcaggaagttggcagcatcaccTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTaaaa > 2:426612‑M1/46‑143 (MQ=255) gCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcga > 2:244387‑M2/1‑50 (MQ=255) tAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTTTGCTGtttaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttc > 1:1883‑M2/1‑46 (MQ=255) tAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGgggaatgactccaacttattggtagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgatttttagaacgatagcggcttc < 2:317646‑M2/143‑98 (MQ=255) ggAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagatccacagattttgagaacgacagcgacttccgtccc < 1:90735‑M2/143‑104 (MQ=255) gAGTGTAAGGAATTTAAAATTGTTTTTTGTTTTGGGACGggtaatgactccaacttagtgatagtgtgtgatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtccca > 1:377056‑M2/1‑39 (MQ=255) tGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttctatgttcagataatgcccgatgactttgtcatacaacaccaccaaatttgagaacgacagcgacatccgtcacagcc < 1:243860‑M2/143‑108 (MQ=255) ggAATTCAAAATCGTTCTTTATTTTGTGCCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgcc < 1:465033‑M2/143‑113 (MQ=255) gtaagttggcagcatcaccTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTTAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTAACATTTTATg < 1:97657‑M1/124‑1 (MQ=255) taagttggcagcatcaccTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCACCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATgg < 2:106465‑M1/125‑1 (MQ=255) agttagcagcatcatcTTGTACCGTCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCATAAAAGACGAGGAATATAGACATATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATgggg > 2:68887‑M1/17‑143 (MQ=255) catTGTCCTTTATTTTGTGCCGgttaatgactccaacttattgatagtggtttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgc > 2:328276‑M2/2‑22 (MQ=255) tCTTTATTTGGTGCCGggtaatgactccaacttatggatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcaga > 1:227292‑M2/1‑16 (MQ=255) ttATTTTGTGCCTgggaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgcagctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagattc > 2:573957‑M2/1‑13 (MQ=255) tcaccTTGTGCCGTCAATAAATATCTTTTCATAATATTAGCCAGTAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTa > 1:474308‑M1/6‑143 (MQ=255) ggcgagggtaatgactccaacttcttgatagtgttttatgttcggatagtgcccgatgactttgtcatgcagctcccccgattttgagatcgacagcgacttccgtcccagccgtgccaggtgctgcctcagattcaggttat > 2:255733‑M2/6‑6 (MQ=255) gccgccCATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTCTTTCCCCCCATGCTTTCGTAGCACGTGAGGTAAAAACTTAATGAATCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTgacga > 1:373291/1‑143 (MQ=255) | TTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGA > NC_000913/1292897‑1293178 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |