Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,775,093 | G→A | 10.6% | intergenic (+72/‑452) | yfjW → / → ypjI | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein YfjW/putative UPF0401 protein YpjI |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,775,093 | 0 | G | A | 10.6% | 79.9 / 3.8 | 42 | intergenic (+72/‑452) | yfjW/ypjI | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein YfjW/putative UPF0401 protein YpjI |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/18); new base A (2/2); total (21/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.87e-01 |
CTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCAT > NC_000913/2774953‑2775229 | cTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTACAATATCCTAAATTAAGCCTGTTTTTAAAGCa > 1:383829/1‑143 (MQ=255) cTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAACTATCCTAAGTAAGACCTGTTTTTAACGCa > 2:421104/1‑143 (MQ=255) tAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGCTTTAAAAACAg < 1:456713/143‑1 (MQ=255) aaTTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGCTTTAAAAACAGGCtt < 1:410985/143‑1 (MQ=255) ttCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGTGCCTTTTTATGAATATTAATTAAAATATACTAAGTTAAGACTGTATTTAAAGCAggatgcat > 1:107352/1‑137 (MQ=255) cTATAAAATTCATTCATTCTTGCTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCg < 1:560048/143‑1 (MQ=255) taAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGa > 1:559048/1‑143 (MQ=255) aaaaTTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATCTATTAAAATATCCTAAGTCAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGaa < 2:293754/143‑1 (MQ=255) aaaTTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAg < 2:569777/143‑1 (MQ=255) acatcattcTTAAAGTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGACTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATACTACATTAAGCATATTATTAAAGCAGGCATGAGCGTGAGGcaggc > 2:238628/4‑139 (MQ=255) ttcattcTTACGTCAAGAATGAGGTTAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGGTCCTTTTTAGGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGacac < 2:64608/143‑1 (MQ=255) cTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCCAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATAc < 1:263923/143‑1 (MQ=255) tttAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTACGTTAAGCCTGTTTTTAAACCAAACTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTACt > 1:546345/1‑143 (MQ=255) tttAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGATTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTgat > 2:316127/1‑141 (MQ=255) aaGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCTAATTGGAGCCTTGTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTa < 2:61545/143‑1 (MQ=255) gAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTAAAGCGGACACTACTACCTGCTTTaaa > 2:179796/1‑143 (MQ=255) atgatgTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGt < 1:486531/143‑1 (MQ=255) gaatgaaAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCACGCTTGAGCCTGAAGCGCACACGCATCCCTCCCTCAAATTTGCGttc > 2:405928/1‑142 (MQ=255) gaaAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGTAGTCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAGGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGATGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGt < 2:227691/143‑1 (MQ=255) aaaaTTTATTCTTGTAACGCATTTGTCTCCAATTGGAGTCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTc < 1:98166/143‑1 (MQ=255) tttATTCTTTTATCGCATTTGGCTTCAATTGGAGCATTATAATGACTATGTATGAAAATATCCTCAGTTAAGCCTGTTGTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTa < 1:182514/143‑1 (MQ=255) ttGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATAc > 2:109002/1‑143 (MQ=255) tGTATCGCATTTGGCTCCAATTTGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAACGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATCCCTGCTTTAAAGTGGCG‑TTTTGTCGTTACCCATACCt < 2:201449/143‑1 (MQ=255) aaCGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTACGTTAAGCCCGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAACGCACACTCATACCTACTTCAAAAAAGAGATTATGTAGTTACCCATACCtat > 1:521394/1‑143 (MQ=255) aaCGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCGAAGTTAATCCTGTTTTTAAAGCTGTCTTGAGCGTGAAGCAGACACTCATACCTGATTTAAAATGGCGATTTTGTCGTTACCCATATCtat > 1:521179/1‑143 (MQ=255) tttGGCTCCAACTGGAGGCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAGGTTAAGCCTGTTTCTAAAGCAGCAGTTAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTc < 2:35074/143‑1 (MQ=255) tCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCtgttat > 1:113858/1‑141 (MQ=255) cctaTTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTAGTtttgtt < 2:93765/140‑1 (MQ=255) aaTTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTACTTTAAAGTGGCGTTATTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTa > 1:529922/1‑143 (MQ=255) ttGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAGGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTCCCCATACCTATATTTTCTGTCGTTTAAc > 2:17840/1‑143 (MQ=255) ttattaAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATACCTAAATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGaa > 2:433514/1‑143 (MQ=255) aaTATGCTCAGTTATGCCTGTTTTTAAATCACGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAg < 2:559048/143‑1 (MQ=255) aaTATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAg > 1:301241/1‑143 (MQ=255) atatCCTAGGTTAAGCTTGTTGTTAGTGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGa < 2:215881/143‑1 (MQ=255) aaGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCATGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCTTACCTTCTTTAAAGTGGCGTATTTGTCTTTACGCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCATAACTGTTCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGc < 2:465709/143‑1 (MQ=255) tcaaGCCTGCTTTAAAAACAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTACAGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTTACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCAAGAAATATGCCGa > 1:298362/3‑143 (MQ=255) tcaaGCCTGCTTTAAAAACAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTATAACTGACAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGa > 1:492784/3‑143 (MQ=255) tGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTCCCCCTCCCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGTCAGAACTGAGCAGTTAAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCg > 1:192014/1‑143 (MQ=255) tttttAAAGAAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTACTCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGc < 1:455120/143‑1 (MQ=255) ttttAAAGCAGGTTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCa < 1:405928/143‑1 (MQ=255) tttCAAGCAGGTTTGAGTGTGAAGCGGACAGTCATTCCTGCTTTAATGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATATCTATATTTTCTGTTGTTTATCTGCCATAACTGAGCGTTTTAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCAt < 2:207183/143‑1 (MQ=255) tttAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCTGTTGAAAAGTCAGAAATATGCCGAGCCAGcagaat > 2:209848/1‑138 (MQ=255) | CTAGCAATTTCTATAAAATTCATTCATTCTTACTTTAAGAATGATGTGAATGAAAATTTATTCTTGTAACGCATTTGGCTCCAATTGGAGCCTTTTTATGACTATTTATTAAAATATCCTAAGTTAAGCCTGTTTTTAAAGCAGGCTTGAGCGTGAAGCGGACACTCATACCTGCTTTAAAGTGGCGTTTTTGTCGTTACCCATACCTATATTTTCTGTTGTTTAACTGCCAGAACTGAGCGGTTGAAAAGCCAGAAATATGCCGAGCCAGCGGCAT > NC_000913/2774953‑2775229 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |