Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
JC JC | NC_000913 | 1,979,486 | IS5 (+) +4 bp | 100% | intergenic (‑271/‑264) | insA‑5 ← / → uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1979486 = | 0 (0.000) | 27 (0.840) | 23/264 | NT | 100% | intergenic (‑271/‑267) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
? | NC_000913 | 2101749 = | NA (NA) | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
* | ? | NC_000913 | = 1979489 | 0 (0.000) | 24 (0.750) | 21/264 | NT | 100% | intergenic (‑274/‑264) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
? | NC_000913 | = 2290113 | NA (NA) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
AATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1979627‑1979486 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCC > NC_000913/2101749‑2101888 AATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG < 2:333255/143‑1 CCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTCTGTATTTAATGAGGGAAGGT‑GC > 2:398169/1‑143 GTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGATAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTCTTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAA > 2:108885/1‑143 ATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTAATAATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTCAAACATTTCATTAACATTAAGTGGATTGTTGCGATTCAATGTATTTAATTAGGGCAGCT‑GCGAATAAGCGGG > 2:439320/1‑143 TAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGG > 2:334264/1‑143 AATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGA > 2:232194/1‑143 ATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGta < 1:145338/143‑3 TCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATCTATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTATTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATT > 2:308142/1‑143 ATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTCTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTC > 1:387256/1‑143 TGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTTTCTAACCACGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCT > 2:272488/1‑143 ATTATAAGAAAATGTTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGTTTAATATATGTAAAATATTTTATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGC < 2:217640/143‑1 ATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGC > 1:176785/1‑143 TTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTTATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCT > 1:392773/1‑143 TAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTTCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGAC > 2:436371/1‑143 TGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTC < 2:25440/143‑1 TGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTGTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTcc > 2:21330/1‑141 CGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTT > 1:204392/1‑143 TGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTAGGCTGAATCAGTCATTTCATTTCTTCATGCTTGAGCCGATTTTT > 1:464490/1‑143 TTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGGAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATGTTTTCT > 1:590185/1‑143 atatatAACATTTCATTTACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAA < 2:421355/137‑1 ATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTAAT‑TATAGCAATTAATGGTGGCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAA < 1:285452/143‑1 gGTAAATCATTTCATTAACATTAAGTTTATTGTTGTCTTTCTTTGTCTTTAATTATGGAATGT‑GCGAATAAGCGTGGAAAGTCTTCTCGGCTGTCTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAA < 2:407680/142‑1 AAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGC < 2:610651/143‑1 AAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGC < 2:110786/143‑1 AAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGC < 1:362247/143‑1 ATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAG > 1:463898/1‑143 TTAACATTAAGTTCCGTTTTACCTTTCTTTTTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGC < 1:82269/143‑1 TTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGAGTTTTTCTCCCGTACATGCCTTGAATCAGCCGATTCAGACCGGTTCTT > 2:18697/1‑143 TTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATGAGCCTATTTAGACCGTTTGTTCCCCATTTAACGCGTTATCg > 1:571184/1‑142 TTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCC < 2:172128/143‑1 TTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCC > 1:368394/1‑143 TTAGGGAACGT‑GCGAATAAGCGCGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGACCCGATTCTTGCTCCCGTAAATGCCCTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCC < 1:277556/143‑1 TAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCC > 1:48967/1‑143 TAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCC > 1:419732/1‑143 AATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1979627‑1979486 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCC > NC_000913/2101749‑2101888 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |