| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,661,793 | C→A | 51.4% | L113F (TTG→TTT) | iscR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,661,793 | 0 | C | A | 51.4% | ‑1.9 / 39.6 | 31 | L113F (TTG→TTT) | iscR | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/8); new base A (8/8); total (15/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.10e-02 | |||||||||||
CTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCC > NC_000913/2661655‑2661930 | cTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAAt > 2:146473/1‑143 (MQ=255) ttGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTgga < 2:346313/143‑2 (MQ=255) tgtgggCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCTCTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTTATGTTGTTGAGTAAACCGGCGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGt < 1:146473/143‑1 (MQ=255) tgtgCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCa < 1:431805/143‑1 (MQ=255) tgCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGGTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGCAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCCCGCCACAGCGCGTGGGTCAgg > 1:57544/1‑143 (MQ=255) gTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTAGGTCAGGCATTTATcg < 1:165731/143‑1 (MQ=255) tcgtGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTg > 2:331844/1‑143 (MQ=255) cgtGAGTATGCTGTCGACCAGACACATCGAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGGTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAAACGGTGAGACGGTCGCTCAAATGACGCCACAGCGCGTGGATCAGGCATTTATCGCCGCCCTgg < 2:460593/143‑1 (MQ=255) tGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGCTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGATCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAgccgcc > 2:383318/1‑143 (MQ=255) tGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGAATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCttt > 2:19021/1‑143 (MQ=255) gacCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGATCAGGCATATATCGCCGCCCTGACACGCACCCTTAccc > 2:364048/1‑143 (MQ=255) acacATCCAGCACTTCCTGGTTATGAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACaa < 2:565625/143‑1 (MQ=255) acaTCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACg > 1:394816/1‑143 (MQ=255) acaTCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACg > 1:25749/1‑143 (MQ=255) cACGTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGTGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCAt < 1:525218/143‑1 (MQ=255) cTGGTTACTAACCTGTTCGCCTAAAGTAATTTTGTTGAGAACACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACTCCACAGCGCGTGGATCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAg < 2:257016/143‑1 (MQ=255) tGGTTATTAACCAGTTCGCCTACAGTAAGGTGGCTGAGAAAACCGGTGCGACGGTCGATCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGa < 1:107195/143‑1 (MQ=255) tGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTAGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGa < 1:469478/143‑1 (MQ=255) tGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCAACAGCGCGTAGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGa > 1:271124/1‑143 (MQ=255) ttattaACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTc < 1:331844/143‑1 (MQ=255) taagtaACCAGTGCGCCCAAAGTAACGTTGTTGCGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTc < 1:1410/139‑1 (MQ=255) ccAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACg < 2:25749/143‑1 (MQ=255) catgtCGCGTAAAGTAGTGTTGGTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACgg < 2:363255/139‑1 (MQ=255) tAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCg > 1:247945/1‑143 (MQ=255) aaaaCCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGGGGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGGCAACGGCGCTAATCACTTCGCCAACGGCGCtgc > 2:327285/1‑143 (MQ=255) cGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGATCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGctgctg > 1:66602/1‑143 (MQ=255) gcGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGGCAACGGGTGGCATCTACAGATTCGGCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCtt < 1:118025/142‑1 (MQ=255) aCGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCtt > 1:153735/1‑143 (MQ=255) aCGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGACTCGTCAACGGCGCTAATTCCTTCGCCAACGGCGATGCAGCTGGCACCtt > 2:612506/1‑143 (MQ=255) ggcGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATGTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCAGCTACAGATTCGTCACCGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGc < 1:6654/141‑1 (MQ=255) tCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCCTTAcc > 1:310443/1‑143 (MQ=255) | CTTAACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCC > NC_000913/2661655‑2661930 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |