| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,661,815 | G→A | 19.6% | T106I (ACC→ATC) | iscR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,661,815 | 0 | G | A | 19.6% | 66.2 / 4.7 | 34 | T106I (ACC→ATC) | iscR | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/14); new base A (4/3); total (17/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCAC > NC_000913/2661674‑2661956 | tgtgggCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCTCTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTTATGTTGTTGAGTAAACCGGCGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGt < 1:146473/143‑1 (MQ=255) tgtgCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCa < 1:431805/143‑1 (MQ=255) tgCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGGTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGCAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCCCGCCACAGCGCGTGGGTCAgg > 1:57544/1‑143 (MQ=255) gTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTAGGTCAGGCATTTATcg < 1:165731/143‑1 (MQ=255) 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2:565625/143‑1 (MQ=255) acaTCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACg > 1:394816/1‑143 (MQ=255) acaTCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACg > 1:25749/1‑143 (MQ=255) cACGTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGTGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCAt < 1:525218/143‑1 (MQ=255) cTGGTTACTAACCTGTTCGCCTAAAGTAATTTTGTTGAGAACACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACTCCACAGCGCGTGGATCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAg < 2:257016/143‑1 (MQ=255) tGGTTATTAACCAGTTCGCCTACAGTAAGGTGGCTGAGAAAACCGGTGCGACGGTCGATCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGa < 1:107195/143‑1 (MQ=255) 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2:363255/139‑1 (MQ=255) tAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCg > 1:247945/1‑143 (MQ=255) aaaaCCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGGGGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGGCAACGGCGCTAATCACTTCGCCAACGGCGCtgc > 2:327285/1‑143 (MQ=255) cGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGATCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGctgctg > 1:66602/1‑143 (MQ=255) gcGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGGCAACGGGTGGCATCTACAGATTCGGCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCtt < 1:118025/142‑1 (MQ=255) aCGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCtt > 1:153735/1‑143 (MQ=255) aCGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGACTCGTCAACGGCGCTAATTCCTTCGCCAACGGCGATGCAGCTGGCACCtt > 2:612506/1‑143 (MQ=255) ggcGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATGTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCAGCTACAGATTCGTCACCGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGc < 1:6654/141‑1 (MQ=255) tCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCCTTAcc > 1:310443/1‑143 (MQ=255) ctaaactCACGCCGCAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTaa < 2:57544/137‑1 (MQ=255) aaacgaCGCCACAGCGCGTGGATCAGGCATTCATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAGCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAg < 2:522613/138‑1 (MQ=255) aaTCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGCTTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCCCCGGCGCTGCTGCTGGCATCTTTGCCTAGCAGa > 2:247259/1‑143 (MQ=255) cGCCACAGAGCGAGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGTCCTCTTTGCCTAACAGCTAacc > 1:127892/1‑143 (MQ=255) gCCACAGCGCGTGGATCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACAGGTGGCATCTACAGATTCGTAAACGGCGGTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCGGAGGGCATCTGTGACTAACAGATAacca > 2:315741/1‑143 (MQ=255) ggTCATGCATTTTTCGCCGCTCTGGCAGCCGCCTTCACCCGGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCAc < 1:7397/143‑1 (MQ=255) | TGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTATCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTAACAGATAACCACCGCCTGGTCCAC > NC_000913/2661674‑2661956 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |