| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,439,845 | T→A | 8.3% | intergenic (+52/+27) | ytfK → / ← ytfL | DUF1107 domain‑containing protein YtfK/putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,439,845 | 0 | T | A | 8.3% | 199.3 / 8.8 | 78 | intergenic (+52/+27) | ytfK/ytfL | DUF1107 domain‑containing protein YtfK/putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/33); new base A (4/3); total (42/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.14e-01 | |||||||||||
TATCCCAAAAGTGAAGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTGGTCGATGCGGTAGTTATCGATA > NC_000913/4439706‑4439983 | tATCCCAAAAGTGTACGATAAGCTGACTTGGTCAGTGATGTCCGAAGTTAAGCGCCAGGTTATGCGGCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCa < 2:205087/143‑1 (MQ=255) cAAAAGTGAAGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGc > 2:300819/1‑143 (MQ=255) cAAAAGTGAAGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCCATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGc < 2:486440/143‑1 (MQ=255) aaaaGTGAAGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGAATCAGGAGcc < 1:371962/143‑1 (MQ=255) aaaGTGAAGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGAATCAGGAGCCg < 1:210560/143‑1 (MQ=255) gAAGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGAATCAGGAGCCGtctta < 1:230738/143‑5 (MQ=255) aaGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATg > 1:563911/1‑143 (MQ=255) aaGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTg < 2:399107/143‑1 (MQ=255) aGCTGCATTTGCCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTgg < 2:291519/143‑1 (MQ=255) aGCTGCAGTTGTCAGTGAGGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTAGGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTTCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTgg < 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1:490476/1‑143 (MQ=255) tCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAACAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTttctt > 2:249928/1‑143 (MQ=255) tCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTttctt > 1:400745/1‑143 (MQ=255) tCCGAAGTTAACCGTCAGGATATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTCAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTttctc > 2:579520/1‑142 (MQ=255) ccGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCACAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTGCTGATTCAGGAGCCGTTGATGG‑TTCTGTGGGTTACGCCACGCTttcttc > 2:447067/1‑143 (MQ=255) cGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTtcttct > 1:553185/1‑143 (MQ=255) tCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCg > 2:319443/1‑143 (MQ=255) gTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAg < 2:612907/143‑1 (MQ=255) gTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAg < 1:72293/143‑1 (MQ=255) ttATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAgc > 1:147554/1‑142 (MQ=255) aTGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTACCCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCa < 1:342278/143‑1 (MQ=255) gCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGCCGCTTGCTCCGTTATCGTTGGCGTCGGGCAGt > 2:353153/1‑143 (MQ=255) tCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGtttt > 2:224735/1‑143 (MQ=255) tGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTgg < 1:492165/143‑1 (MQ=255) cAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCg > 1:125371/1‑143 (MQ=255) accAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGaa < 1:488943/141‑1 (MQ=255) aaCAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTAGCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGCCgca > 2:56387/1‑141 (MQ=255) 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> 1:210216/1‑143 (MQ=255) taaaaagtgctatgcagtaaTAAGGCGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTGTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCAc < 2:112048/143‑1 (MQ=255) aaaagtgctatgcagtaaTAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACca > 1:211206/1‑143 (MQ=255) aaaagtgctatgcagtaaTAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGAAGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGAAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCAccg > 1:407423/1‑142 (MQ=255) aaagtgctatgcagtaaTAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCGGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGCTCACcac > 1:144979/1‑142 (MQ=255) gtgctacgcagtaaTCCGACGGCGCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACcagcag < 2:388658/143‑1 (MQ=255) tatgcagtaaTAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCTGGTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTgg < 2:458727/143‑1 (MQ=255) tatgcagtaaTAAGACGGCTCCTAATGCAGGTGGTG‑TGGTGTCGCCCGCAACTTACGCGACGCTTTCTTCTTTTTCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTgg < 1:451372/143‑1 (MQ=255) tgcagtaaTAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGCTCCGGGTCACCACCAGCTGGTc > 2:228349/1‑143 (MQ=255) tgcagtaaTAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTGGTc > 1:600475/1‑143 (MQ=255) taataaGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTCCGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCTGGCAGTTTTGTCGAAGGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCCGCTGGTCGCTGc > 1:209815/1‑143 (MQ=255) atacgccGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTGGTCGATGCgg < 1:76621/137‑1 (MQ=255) taaGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTGGTCGATGCGGt > 1:513592/1‑143 (MQ=255) caggccgCTCCCGATTGAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGAGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTGGTCGATGCGGTa < 1:453127/137‑1 (MQ=255) aaGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTGGTCGATGCGGTa < 1:370169/143‑1 (MQ=255) aaGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGCCGATCCGGGTCGCCACCAGCGGGTCGCTGCGGTa > 2:363112/1‑143 (MQ=255) aCGGCTCCTGAATCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGCTCACCAGCAGCTGGTCGATGCGGTAGtt > 2:523573/1‑143 (MQ=255) cGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGAGCCGGGTCACCAGCAGATGGCCGATGAGGTAgcga > 2:122765/1‑140 (MQ=255) cGGCTCCTGAATCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCCTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCAGCAGCAGCTGGTCGATGCGGTaccta > 2:330157/1‑139 (MQ=255) gCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTGGTCGATGCGGTAGTTATc < 1:236188/143‑1 (MQ=255) cTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTGGTCTATGCGGTACTTATCg > 2:195020/1‑143 (MQ=255) tCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTGGTCGGTGCGGTAGTTATCGa > 1:362054/1‑143 (MQ=255) tCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTGAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTGACCAGCCGCTGGTCGATGCGGTGGTCATCGa > 2:453221/1‑143 (MQ=255) ccTGATCGAGGAGCCGTTGCTGT‑TTCTGGGGGTGACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTGGTCGATGCGGTAGTTATCGat < 1:244766/143‑1 (MQ=255) cTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCGGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGCAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTGGTCGATGCGGTAGTTATCGata < 2:260794/143‑1 (MQ=255) | TATCCCAAAAGTGAAGGATAAGCTGCATTTGTCAGTGATGTCCGAAGTTAACCGTCAGGTTATGCGTCTGCAAACAGAGATGGCTTAACCAAAGTGCTATGCAGTAAAAAGTGCTATGCAGTAATAAGACGGCTCCTGATTCAGGAGCCGTTGATGT‑TTCTGGGGGTTACGCGACGCTTTCTTCTTTATCTTTAGCGTCAGGCAGTTTTGGCGAAAGGGCGGTGGCCTTGCTGTCGATCCGGGTCACCAGCAGCTGGTCGATGCGGTAGTTATCGATA > NC_000913/4439706‑4439983 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |