| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,661,793 | C→A | L113F (TTG→TTT) | iscR ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,661,793 | 0 | C | A | 95.5% | 130.8 / NA | 44 | L113F (TTG→TTT) | iscR | DNA‑binding transcriptional dual regulator IscR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base A (24/18); total (24/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTA > NC_000913/2661658‑2661932 | attctCGATCGCGTCTTGTGTGTCGTTGCTTTGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGTAATCCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCAc < 2:351490/139‑1 (MQ=255) cGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGc < 1:305/143‑1 (MQ=255) gTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTATAATCACGcc > 1:321646/1‑143 (MQ=255) aTCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAg > 2:891394/1‑143 (MQ=255) tgctgtgtgCGGGTGCGTGGCGCCTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTg < 1:519224/140‑1 (MQ=255) tgtgtgCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGt < 1:328443/143‑1 (MQ=255) gtgCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTAAGAAAGCCGGTGGGCAGGTCGCAAAAATAACGCCACAGCGCCTgggcgcg > 2:365408/1‑139 (MQ=255) gggTGCGTGGCGCGTCGTGTGTATGCTGACGTCCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCAt < 2:441357/143‑1 (MQ=255) tGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTa < 1:56993/143‑1 (MQ=255) gCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑t < 2:520753/143‑1 (MQ=255) tgcgcatgatgACGGCCAGACACCTCTCGCGCTTCCTGGTTATTCACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGCCGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCa < 2:390591/138‑1 (MQ=255) tGAGTATGCTGACGACCAGACACATGCAGCACTTCCTGGTTATTGAACAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACGGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCTTGGGTCAGGCATGTA‑TCGCGGCCCTGGCa > 2:590098/1‑143 (MQ=255) acgacCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAc > 1:883487/1‑143 (MQ=255) cgacCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTCACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAcc < 1:431402/143‑1 (MQ=255) cgacCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTAcc < 1:750135/143‑1 (MQ=255) gacCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGGCAGGCATTGA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTGccc > 1:494383/1‑143 (MQ=255) gacCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGCGATACGGTCGCTAAGATCACGCTACAGCGCGTGGGTCAGGCGTCTA‑TAGCATCCCTGGCCGCCGCCTTTAcac > 2:844435/1‑141 (MQ=255) acCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCATGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCt < 1:480826/143‑1 (MQ=255) acCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCt < 1:586540/143‑1 (MQ=255) acCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCt > 1:707052/1‑143 (MQ=255) acaTCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACg > 1:83555/1‑143 (MQ=255) caTCCAGCACTTCGTGGTTATTGACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACgg < 2:640882/143‑1 (MQ=255) ccAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGAGGGACAGACATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGACGTAACCCTGACACCGGGtc > 1:148584/1‑142 (MQ=255) cAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACACTGACAACGCGTgc > 2:535773/1‑142 (MQ=255) aCTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAACCGAGCGCGGACGATAGAACCTGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGGCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATc > 1:635232/1‑143 (MQ=255) aCTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTC‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATc > 1:470527/1‑143 (MQ=255) tGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGACAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGa > 1:155817/1‑143 (MQ=255) tattaACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCg > 1:454604/1‑143 (MQ=255) taACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGAG‑CAAGAAGTTAGTCTCTGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCa > 1:675469/1‑143 (MQ=255) aCCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGCGGCATCTACAGATCCGTCAAc > 2:712703/1‑143 (MQ=255) cTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAAtt > 1:782712/1‑143 (MQ=255) aaaTTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTAc < 1:404134/143‑1 (MQ=255) aaGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTAAAGGATTTA‑GGGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACt > 1:829786/1‑143 (MQ=255) aaTGTTGTGGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGc < 1:900246/143‑1 (MQ=255) gttgttGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACGGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCACCGCCCAGGCAGCCGCCTGTACCCTGACAAACGCTGGCATCTACAGAGTAGCCCACGCCGCTACTCACTACGcccg > 2:619429/1‑141 (MQ=255) gttgttGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACCGATTCGTCAACGGCGCTAATGCCCTCGccca > 2:825731/1‑141 (MQ=255) gagaAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGa < 1:355638/143‑1 (MQ=255) gaAAACCGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGAtg > 1:411740/1‑143 (MQ=255) ccGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATgctgct < 1:228668/143‑1 (MQ=255) cGGTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGctgctg < 1:891394/143‑1 (MQ=255) ggTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTgg > 1:894379/1‑143 (MQ=255) gTGAGACGGTCGCTAAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGc < 1:276380/143‑1 (MQ=255) cGGTCGTTCAAATCACGCCACAGCGCGGGGGTCAGGCATTGA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTCCCCGGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCttt < 1:528701/143‑1 (MQ=255) gCTAAAATCACGCCACAGTGCGTGGGTCAAGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGACGCTAATTACTTCGCCAACAGCGATGCAGCAGGCAACATTgaata > 2:268911/1‑139 (MQ=255) | AACGTCGATCGCGTCTTGTGTGCGGGTGCGTGGCGCGTCGTGAGTATGCTGACGACCAGACACATCCAGCACTTCCTGGTTATTAACCAGTTCGCCTAAAGTAATGTTGTTGAGAAAACCGGTGAGACGGTCGCTCAAATCACGCCACAGCGCGTGGGTCAGGCATTTA‑TCGCCGCCCTGGCAGCCGCCTTTACCCTGACAACGGGTGGCATCTACAGATTCGTCAACGGCGCTAATTACTTCGCCAACGGCGATGCTGCTGGCATCTTTGCCTA > NC_000913/2661658‑2661932 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |