| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 1,979,486 | IS5 (+) +4 bp | 100% | intergenic (‑271/‑264) | insA‑5 ← / → uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1979486 = | 0 (0.000) | 47 (0.930) | 40/264 | NT | 100% | intergenic (‑271/‑267) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
| ? | NC_000913 | 2101749 = | NA (NA) | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 1979489 | 0 (0.000) | 38 (0.750) | 31/264 | NT | 100% | intergenic (‑274/‑264) | insA‑5/uspC | IS1 protein InsA/universal stress protein C |
| ? | NC_000913 | = 2290113 | NA (NA) | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region | |||||
AATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1979627‑1979486‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA > NC_000913/2101749‑2101890 AATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGG < 2:57529/143‑1 TCCCGGTGATCATATCATTTCAAATGTAATTATAAGAACATAGTGTACTGCTTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTCGGGAAGGT > 1:638921/1‑143 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ATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAATACATTTTATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGA < 1:302221/143‑1 ATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTTAGTCATTTCATTCCTTCATGTTCGA > 1:339456/1‑143 tacACAATTGCTTAACCTCTGTAAAACATTTCATTCACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAACTACGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGC < 1:309886/140‑1 ATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCC < 1:676381/143‑1 TATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTA < 1:821391/143‑1 TGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAA < 1:509162/143‑1 AACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGGGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCT > 1:564537/1‑143 ACATTTCATTAACATTCAGCGGTTTTTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTT < 2:5352/143‑1 TTTCATTAACATTAAGTGGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGG‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCGGACTCAGTCAGTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAA < 2:164158/143‑1 TTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTACTTGCCTTGAAT > 2:426537/1‑143 CATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCA < 1:398860/143‑1 TTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGC < 1:304591/143‑1 TTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGC < 1:326762/143‑1 ATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTTTTTAATTAGGGAAGTT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCCCGGCTCACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTCAATGCCTTGAATCAGCCTATT < 2:379264/143‑1 ATTAAGTTGAGTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATT < 2:369097/143‑1 TAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTA > 1:279555/1‑143 GATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGT < 1:931654/143‑1 GATGGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGG‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGT < 2:625759/143‑1 ATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGCAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTCTTTCTCCCGTAAATCCCTTGAATCCGCCTATTTAGACCCTT > 2:746781/1‑143 TTGCCGTTCTTTGTATTGCATTAGGGACGGG‑TCGAATAAGCGGTGAAATTCTTCTCGGCTGTCTTAGTCATTTCATTTCTTTATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTT < 2:889342/143‑1 GCCTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCG > 2:354220/1‑143 CTTTCTTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGCATAAGCGGGGCAATTCTTCTCGGCGGAGTCAGTCATTTCATTTCTGCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATGGGCCTATTTAGACCGGTTCTTCACC > 2:160319/1‑143 TTTGTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGAGCGTTTCTTCGCTATTTA > 1:26543/1‑143 TTGTATTTAATTAGGGAAGAA‑GAAATTAATGGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCAGTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCTCGTAAATGACTTGAATCAGCCTATTTAGAGCGTTTCTTCGCCATTTAA > 2:864304/1‑143 GTATTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGG < 1:941074/143‑1 TTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAACTTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGT > 2:41520/1‑143 TTTAATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTNAATGCCTTGAATCAGCATATTTAGACCATTTCTTCGCCATTTAAGGCGT > 1:465477/1‑143 AATTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGCATCAGCCCATTTACACCTCTCCTTCCCCCTTTAATTCGTTAT > 2:732408/1‑143 TTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTGTTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCC > 2:775382/1‑143 TTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTACGGCGTTATCC > 1:214812/1‑143 TTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCC > 1:162266/1‑143 TTAGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCC > 2:313428/1‑143 gAGGGAAGGG‑GCGAATAAGCGGGGACATTCTTCTCGGCTGTCTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCC < 2:286358/142‑1 TAGGGAAGGT‑GCGAATAGGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCAGTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCC < 1:303009/143‑1 AGGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCC < 2:473121/143‑1 GGGAAGGT‑GCGAATACGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA < 1:954274/143‑1 GGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCCTTTAAGGCGTTATCCCCA > 1:523504/1‑143 GGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA < 1:507992/143‑1 GGGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA > 1:752381/1‑143 AATCACTCCCGGTGATCATATAATTTCAAATGTAATTATAAGAAAATAGTGTACTGATTCTCCGCATTAAACAAGTGGTTAATATATGTAAAACATTTCATTAACATTAAGTTGATTGTTGCCTTTCTTTGTATTTAATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1979627‑1979486‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGAAGGT‑GCGAATAAGCGGGGAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCA > NC_000913/2101749‑2101890 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |